Sequence ID | 3L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 10,925,340 – 10,925,434 |
Length | 94 |
Max. P | 0.842725 |
Location | 10,925,340 – 10,925,434 |
---|---|
Length | 94 |
Sequences | 5 |
Columns | 108 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 82.83 |
Mean single sequence MFE | -32.00 |
Consensus MFE | -24.99 |
Energy contribution | -24.79 |
Covariance contribution | -0.20 |
Combinations/Pair | 1.09 |
Mean z-score | -1.83 |
Structure conservation index | 0.78 |
SVM decision value | 0.63 |
SVM RNA-class probability | 0.805047 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 10925340 94 + 23771897 U--U-----AUUUCAGCAU-------ACCCCAUGAUUGAUAUUGUACAGGGUACGACGACAGCAGCAGCAACAGUUGCUUGCGGUGGCAAGCUGUGGCGUCUGCGCCU .--.-----....((((.(-------((((.(..((....))..)...))))).(.(.((.((((((((....))))).))).)).))..)))).((((....)))). ( -31.00) >DroSec_CAF1 57982 94 + 1 U--U-----AUUUCAGCAU-------GCCCCAUGAUUGGUAUUUUACAGGGUACGACGACAGCAGCAGCAACAGUUGCUUGCGGUGGCAAGCUGUGGCGUCUGCGCCU .--.-----....((((.(-------(((((.......((((((....)))))).......((((((((....))))).))))).)))).)))).((((....)))). ( -35.90) >DroSim_CAF1 53495 94 + 1 U--U-----AUUUCAGCAU-------GCACCAUGAUUGGUAUUUUACAGGGUACGACGACAGCAGCAGCAACAGUUGCUUGCGGUGGCAAGCUGUGGCGUCUGCGCCU .--.-----....((((.(-------(((((.......((((((....)))))).......((((((((....))))).)))))).))).)))).((((....)))). ( -33.60) >DroEre_CAF1 57757 100 + 1 UGUUAAAAAA-UUCAGCAU-------ACCCCAUAAUUAUUUUUGUACAGGGUACGACGACAGCAGCAGCAACAGUUGCUUGCGGUGGCAAGCUGUGGCGUCUGCGCCU ..........-..((((.(-------((((.((((......))))...))))).(.(.((.((((((((....))))).))).)).))..)))).((((....)))). ( -31.20) >DroAna_CAF1 53632 95 + 1 C--U-----AUUCUAACAUACCACACACCCCCUAAU------ACCAUAGGGUAUCACAACGGCAGCAGCAACAGUUGCUUGCGGUGGCAAGCUGUGGCGUCUGCGCCC .--.-----......(((.......(((((((((..------....)))))..........((((((((....))))).)))))))......)))((((....)))). ( -28.32) >consensus U__U_____AUUUCAGCAU_______ACCCCAUGAUUGGUAUUGUACAGGGUACGACGACAGCAGCAGCAACAGUUGCUUGCGGUGGCAAGCUGUGGCGUCUGCGCCU ..........................((((..................))))......(((((.(((((....)))))((((....)))))))))((((....)))). (-24.99 = -24.79 + -0.20)
Location | 10,925,340 – 10,925,434 |
---|---|
Length | 94 |
Sequences | 5 |
Columns | 108 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 82.83 |
Mean single sequence MFE | -31.56 |
Consensus MFE | -23.90 |
Energy contribution | -24.14 |
Covariance contribution | 0.24 |
Combinations/Pair | 1.04 |
Mean z-score | -1.93 |
Structure conservation index | 0.76 |
SVM decision value | 0.76 |
SVM RNA-class probability | 0.842725 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 10925340 94 - 23771897 AGGCGCAGACGCCACAGCUUGCCACCGCAAGCAACUGUUGCUGCUGCUGUCGUCGUACCCUGUACAAUAUCAAUCAUGGGGU-------AUGCUGAAAU-----A--A .(((((((..((.(((((((((....))))))...))).))..)))).)))(.((((((((((............)))))))-------))))......-----.--. ( -32.50) >DroSec_CAF1 57982 94 - 1 AGGCGCAGACGCCACAGCUUGCCACCGCAAGCAACUGUUGCUGCUGCUGUCGUCGUACCCUGUAAAAUACCAAUCAUGGGGC-------AUGCUGAAAU-----A--A .((((....)))).((((.((((.(((((.(((.(....).))))))((..((..(((...)))..))..)).....)))))-------).))))....-----.--. ( -29.10) >DroSim_CAF1 53495 94 - 1 AGGCGCAGACGCCACAGCUUGCCACCGCAAGCAACUGUUGCUGCUGCUGUCGUCGUACCCUGUAAAAUACCAAUCAUGGUGC-------AUGCUGAAAU-----A--A .(((((((..((.(((((((((....))))))...))).))..)))).......(((((.((............)).)))))-------..))).....-----.--. ( -28.60) >DroEre_CAF1 57757 100 - 1 AGGCGCAGACGCCACAGCUUGCCACCGCAAGCAACUGUUGCUGCUGCUGUCGUCGUACCCUGUACAAAAAUAAUUAUGGGGU-------AUGCUGAA-UUUUUUAACA .(((((((..((.(((((((((....))))))...))).))..)))).)))(.(((((((((((..........))))))))-------))))....-.......... ( -33.90) >DroAna_CAF1 53632 95 - 1 GGGCGCAGACGCCACAGCUUGCCACCGCAAGCAACUGUUGCUGCUGCCGUUGUGAUACCCUAUGGU------AUUAGGGGGUGUGUGGUAUGUUAGAAU-----A--G .((((....))))...((((((....))))))..(((.(((..(((((.((.(((((((....)))------)))).)))))).)..)))...)))...-----.--. ( -33.70) >consensus AGGCGCAGACGCCACAGCUUGCCACCGCAAGCAACUGUUGCUGCUGCUGUCGUCGUACCCUGUAAAAUACCAAUCAUGGGGU_______AUGCUGAAAU_____A__A .(((((((..((.(((((((((....))))))...))).))..)))).)))......((((((............))))))........................... (-23.90 = -24.14 + 0.24)
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