Sequence ID | 3L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 10,886,217 – 10,886,349 |
Length | 132 |
Max. P | 0.658874 |
Location | 10,886,217 – 10,886,312 |
---|---|
Length | 95 |
Sequences | 6 |
Columns | 113 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 80.54 |
Mean single sequence MFE | -36.65 |
Consensus MFE | -21.84 |
Energy contribution | -22.71 |
Covariance contribution | 0.86 |
Combinations/Pair | 1.14 |
Mean z-score | -1.87 |
Structure conservation index | 0.60 |
SVM decision value | 0.26 |
SVM RNA-class probability | 0.658874 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 10886217 95 - 23771897 CCAG----CAGGA----CGAGCCAUUCAUUCAUUUGGUUUUUAUGAGCCGAGGCGGCAAGCGGCGAUGAAUGUGCAGCAGGAUCUGCUG-------GUCGUCCUGU---UUGC ..((----(((((----(((((((((((((..((((((((....))))))))((.(....).)))))))))).))(((((...))))).-------.)))))))))---)... ( -41.50) >DroSec_CAF1 18554 95 - 1 CAGG----CAGGA----CUAGCCAUUCAUUCAUUUGGUUUUUAUGAGCCGAGGCGGCAAGCGGCGAUGAAUGUGCAGCAGGAUCUGCAG-------GUCGUCCUGU---UUGC ((((----(((((----(..((((((((((..((((((((....))))))))((.(....).)))))))))).)).((((...))))..-------...)))))))---))). ( -40.10) >DroSim_CAF1 14447 95 - 1 CAGG----CAGGA----CUAGCCAUUCAUUCAUUUGGUUUUUAUGAGCCGAGGCGGCAAGCGGCGAUGAAUGUGCAGCAGGAUCUGCAG-------GUCGUCCUGU---UUGC ((((----(((((----(..((((((((((..((((((((....))))))))((.(....).)))))))))).)).((((...))))..-------...)))))))---))). ( -40.10) >DroEre_CAF1 17469 102 - 1 CAGC----CAGCAGAAGCCAGCCACUCAUUCAUUUGGUUUUUAUGAGCCGAGGCGGCAAGCGGCGAUGAAUGUGCAGCAGGAUCUGCAG-------GUCGUCCAGUGUCCUGC ..((----(.(((((..((.((..(.((((((((((((((....))))))).((.(....).)).))))))).)..)).)).))))).)-------))....(((....))). ( -31.90) >DroYak_CAF1 15421 102 - 1 CAGCAGGCCAGGAGUAG-AAGCCAUUCAUUCAUUUGGUUUUUAUGAGCCGAGGCGGCGAGUGGCGAUGAAUGUGCAGCAGGAUCUGCAG-------GUCGUCCUGU---UUGC ......(((.((.((((-((((((..........))))))))))...))..))).(((((..(.(((((.(.(((((......))))).-------)))))))..)---)))) ( -37.80) >DroAna_CAF1 7720 103 - 1 CUGG----CAUAGAGAG-AGAGCAGCCAUUCAUUUGGUUUUUAUGAGCCGGGGCAGCAAGUGGCGAUGAAUGUGCUA--CGACCUGGACGAGGAUAGAGGUCCUGU---UUCU ....----...(((((.-((.(.(((((((((((((((((....)))))).....((.....)))))))))).))).--)(((((............))))))).)---)))) ( -28.50) >consensus CAGG____CAGGA____CAAGCCAUUCAUUCAUUUGGUUUUUAUGAGCCGAGGCGGCAAGCGGCGAUGAAUGUGCAGCAGGAUCUGCAG_______GUCGUCCUGU___UUGC ....................((((((((((..((((((((....))))))))((.(....).)))))))))).)).(((((((................)))))))....... (-21.84 = -22.71 + 0.86)
Location | 10,886,247 – 10,886,349 |
---|---|
Length | 102 |
Sequences | 6 |
Columns | 113 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 84.65 |
Mean single sequence MFE | -39.23 |
Consensus MFE | -24.47 |
Energy contribution | -25.08 |
Covariance contribution | 0.61 |
Combinations/Pair | 1.14 |
Mean z-score | -3.30 |
Structure conservation index | 0.62 |
SVM decision value | 0.25 |
SVM RNA-class probability | 0.654051 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 10886247 102 - 23771897 --UUCUGUUUCGCAUUUUU-UCGCCACUUGGCUCAGGCUUCCAG----CAGGA----CGAGCCAUUCAUUCAUUUGGUUUUUAUGAGCCGAGGCGGCAAGCGGCGAUGAAUGU --.........((((((..-(((((.((((((((((((((((..----..)))----..))))..(((......)))......)))))))))((.....))))))).)))))) ( -39.60) >DroSec_CAF1 18584 102 - 1 --UUCUGUUUCGCAUUUUU-UCGCCACUUGGCUCAGGCUUCAGG----CAGGA----CUAGCCAUUCAUUCAUUUGGUUUUUAUGAGCCGAGGCGGCAAGCGGCGAUGAAUGU --.........((((((..-(((((.(((((((((((((..((.----.....----))))))..(((......)))......)))))))))((.....))))))).)))))) ( -37.10) >DroSim_CAF1 14477 102 - 1 --UUCUGUUUCGCAUUUUU-UCGCCACUUGGCUCAGGCUUCAGG----CAGGA----CUAGCCAUUCAUUCAUUUGGUUUUUAUGAGCCGAGGCGGCAAGCGGCGAUGAAUGU --.........((((((..-(((((.(((((((((((((..((.----.....----))))))..(((......)))......)))))))))((.....))))))).)))))) ( -37.10) >DroEre_CAF1 17502 105 - 1 --UUCUGUUUCGCAUUUUU-UCGCCACUUGCCUC-GGCUUCAGC----CAGCAGAAGCCAGCCACUCAUUCAUUUGGUUUUUAUGAGCCGAGGCGGCAAGCGGCGAUGAAUGU --.........((((((..-(((((.((((((..-((((((...----.....)))))).(((..........(((((((....)))))))))))))))).))))).)))))) ( -44.40) >DroYak_CAF1 15451 110 - 1 GUUUCUGUUUCGCAUUUUU-UCGCCACUUGCCUC-GACUUCAGCAGGCCAGGAGUAG-AAGCCAUUCAUUCAUUUGGUUUUUAUGAGCCGAGGCGGCGAGUGGCGAUGAAUGU ...........((((((..-((((((((((((..-(....).....(((.((.((((-((((((..........))))))))))...))..))))))))))))))).)))))) ( -45.80) >DroAna_CAF1 7755 103 - 1 --UUCUGUUUCGCAUUUUUUUCGCAGUUUUGC---AGCUUCUGG----CAUAGAGAG-AGAGCAGCCAUUCAUUUGGUUUUUAUGAGCCGGGGCAGCAAGUGGCGAUGAAUGU --.........((((((...((((...(((((---.(((.((((----(.((...((-(((.(((........))).))))).)).)))))))).)))))..)))).)))))) ( -31.40) >consensus __UUCUGUUUCGCAUUUUU_UCGCCACUUGGCUC_GGCUUCAGG____CAGGA____CAAGCCAUUCAUUCAUUUGGUUUUUAUGAGCCGAGGCGGCAAGCGGCGAUGAAUGU ...........((((((...(((((.((((.(...((((....................)))).........((((((((....))))))))..).)))).))))).)))))) (-24.47 = -25.08 + 0.61)
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