Locus 3748

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 10,845,742 – 10,845,887
Length 145
Max. P 0.833836
window5849 window5850

overview

Window 9

Location 10,845,742 – 10,845,853
Length 111
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 80.43
Mean single sequence MFE -53.27
Consensus MFE -26.86
Energy contribution -26.78
Covariance contribution -0.08
Combinations/Pair 1.32
Mean z-score -2.67
Structure conservation index 0.50
SVM decision value 0.72
SVM RNA-class probability 0.833836
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 10845742 111 - 23771897
---GCUGGCUCAUGCAGCCUGGUCCGGGACCCAUUCCCCCGGCGGUCAUGCCACCGGGACCCAUAGGUCCCAUCACUGGUCCUCCGGUC---GGGCCCAUGCCAUUGCCCGCC--GAC-A
---((.(((....(((....(((((((((((......(((((.((.....)).))))).......))))))...(((((....))))).---)))))..)))....))).)).--...-. ( -50.42)
>DroPse_CAF1 136924 114 - 1
GCUGCUGGCUCAUGCAGCCGGGACCGGGUCCCAUGCCAGCGCCUGCCAUGCCACCAGGUCCCAUGGGGCCCAUGACGGGUCCCCCGUUC---GGGCCCAUGCCAUUGGCAGCC--GAC-A
((((((((((.....))))((((((.(((..((((.(((...))).))))..))).))))))...((((((..((((((...)))))).---))))))........)))))).--...-. ( -59.50)
>DroEre_CAF1 56050 111 - 1
---GCUGGCUCAUGCACCCUGGUCCGGGACCCAUUCCUCCAGCGGUCAUACCACCGGGACCCAUGGGUCCCAUCACUGGUCCACCCGUG---GGUCCCAUGCCAUUAGCCGCC--GAC-A
---((.((((.(((((((((((...((((.....)))))))).))).........(((((((((((((.(((....)))...)))))))---))))))..).))).)))))).--...-. ( -51.10)
>DroYak_CAF1 56661 111 - 1
---GCUGGCUCAUGCACCCUGGACCGGGACCCAUUCCUCCAGCGGUCAUGCCACCGGGACCCAUGGGUCCCAUUACUGGUCCACCGUUG---GGACCCAUGCCAUUGGCCGCC--GAC-A
---(.((((..(((.((((((((..((((....))))))))).))))))((((...((...(((((((((((....(((....))).))---)))))))))))..)))).)))--).)-. ( -50.10)
>DroAna_CAF1 47225 111 - 1
---GCUGGCUCAUGCAACCGGGUCCAGGACCCAUACCGCCGCCUCCCAUACCGCCGGGGCCCAUGGGUCCCAUGACGGGACCGCCGCUC---GGACCCAUUCCGUUGCUGGCG--GAC-A
---((..((..(((.((..((((((.((((((((...(((.((............)))))..))))))))...(((((.....))).))---)))))).)).))).))..)).--...-. ( -46.10)
>DroPer_CAF1 103692 120 - 1
GCUGCUGGCUCAUGCAGCCGGGACCGGGUCCCAUGCCAGCGCCUGCCAUGCCACCAGGUCCCAUGGGGCCCAUGACGGGUCCCCCGUUUCGGGGGCCCAUGCCAUUGGCAGCUCGGACAA
((((((((((.....))))((((((.(((..((((.(((...))).))))..))).))))))(((((.(((..((((((...))))))...))).)))))......))))))........ ( -62.40)
>consensus
___GCUGGCUCAUGCAGCCGGGACCGGGACCCAUUCCACCGCCGGCCAUGCCACCGGGACCCAUGGGUCCCAUGACGGGUCCACCGUUC___GGGCCCAUGCCAUUGGCCGCC__GAC_A
....((((..(.........)..))))...............((((((.......((((((....))))))......(((((..........)))))........))))))......... (-26.86 = -26.78 +  -0.08)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 0

Location 10,845,776 – 10,845,887
Length 111
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 80.36
Mean single sequence MFE -50.50
Consensus MFE -32.78
Energy contribution -32.84
Covariance contribution 0.06
Combinations/Pair 1.17
Mean z-score -1.89
Structure conservation index 0.65
SVM decision value 0.61
SVM RNA-class probability 0.797813
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 10845776 111 - 23771897
AUGCCGCC------ACCGGAUCCUUGGGGCAUGAAGCGCU---GCUGGCUCAUGCAGCCUGGUCCGGGACCCAUUCCCCCGGCGGUCAUGCCACCGGGACCCAUAGGUCCCAUCACUGGU
........------(((((......(((((((((((.(((---((........))))))).(.(((((.........))))))..))))))).))((((((....))))))....))))) ( -50.70)
>DroPse_CAF1 136958 111 - 1
ACACCACC------GCCCG---CUUGUGGCAUGAAACGCUGCUGCUGGCUCAUGCAGCCGGGACCGGGUCCCAUGCCAGCGCCUGCCAUGCCACCAGGUCCCAUGGGGCCCAUGACGGGU
........------(((((---...((((((((..(.((.(((((.((((.....))))(((((...)))))..).)))))).)..))))))))..(((((....))))).....))))) ( -50.00)
>DroEre_CAF1 56084 111 - 1
AUUCCGCC------GCCGGAGCCUUGGGGCAUGAAGCGCU---GCUGGCUCAUGCACCCUGGUCCGGGACCCAUUCCUCCAGCGGUCAUACCACCGGGACCCAUGGGUCCCAUCACUGGU
...(((((------((.((((...((((((((((.((.(.---...))))))))).(((......))).))))...)))).))))).........((((((....))))))......)). ( -52.30)
>DroYak_CAF1 56695 114 - 1
AUUCCGCCG---CCGCCGGAUCCUUGGGGCAUGAAGCGCU---GCUGGCUCAUGCACCCUGGACCGGGACCCAUUCCUCCAGCGGUCAUGCCACCGGGACCCAUGGGUCCCAUUACUGGU
.....((((---(((((((.(((..(((((((((.((.(.---...))))))))).))).))))))(((........))).))))).........((((((....))))))......))) ( -51.40)
>DroAna_CAF1 47259 117 - 1
AUGCCACCGGCACCACCGGAUCCCUGGGGCAUGAAGCGCU---GCUGGCUCAUGCAACCGGGUCCAGGACCCAUACCGCCGCCUCCCAUACCGCCGGGGCCCAUGGGUCCCAUGACGGGA
......((((.....)))).((((((((((((((.((.(.---...)))))))))....(((((...)))))............)))).......((((((....)))))).....)))) ( -48.60)
>DroPer_CAF1 103732 111 - 1
ACACCACC------GCCCG---CUUGUGGCAUGAAACGCUGCUGCUGGCUCAUGCAGCCGGGACCGGGUCCCAUGCCAGCGCCUGCCAUGCCACCAGGUCCCAUGGGGCCCAUGACGGGU
........------(((((---...((((((((..(.((.(((((.((((.....))))(((((...)))))..).)))))).)..))))))))..(((((....))))).....))))) ( -50.00)
>consensus
AUACCACC______GCCGGAUCCUUGGGGCAUGAAGCGCU___GCUGGCUCAUGCAGCCGGGACCGGGACCCAUUCCACCGCCGGCCAUGCCACCGGGACCCAUGGGUCCCAUGACGGGU
..............(((((..((..((.((((((...(((......))))))))).))..))...((((((((((((...................)))...)))))))))....))))) (-32.78 = -32.84 +   0.06)

alignment

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secondary structure

Postscript

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