Locus 374

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 1,083,778 – 1,083,895
Length 117
Max. P 0.666882
window552

overview

Window 2

Location 1,083,778 – 1,083,895
Length 117
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 86.46
Mean single sequence MFE -44.40
Consensus MFE -35.82
Energy contribution -35.06
Covariance contribution -0.76
Combinations/Pair 1.28
Mean z-score -1.60
Structure conservation index 0.81
SVM decision value 0.28
SVM RNA-class probability 0.666882
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 1083778 117 + 23771897
GGUCACGUCCACGAAGCACUCGUUCUGGAGCAGCUGGUCAAAGAUGGUGGUCAGGUUCGUCUGAUAGUUGUUCCAGCGCAGGCAGAAUUGCUGG---GAGCUGGAACUGGGCGAGGCUAC
((((.((((((...(((.(((((.((((((((((((.....((((((.........))))))..)))))))))))).)).(((......)))))---).))).....)))))).)))).. ( -47.60)
>DroEre_CAF1 65176 117 + 1
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>DroWil_CAF1 91832 120 + 1
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>DroYak_CAF1 60564 117 + 1
GGUCACGUCCACGAAGCACUCGUUCUGGAGCAGCUGGUCGAAGAUGGUGGUCAGGUUCGUCUGAUAGUUGUUCCAGCGCAGGCAGAACUGCUGG---GAGGUGGAACUGGGCGAGGCCAC
((((.((((((....((.(((((.((((((((((((.....((((((.........))))))..)))))))))))).)).((((....))))..---))))).....)))))).)))).. ( -49.80)
>DroAna_CAF1 59491 117 + 1
GGUUACGUCCACGAAACACUCGUUCUGGAGCAGCUGAUCGAAGAUGGUGGUCAGGUUGGUCUGGUAGUUGUUCCAUCGCAGGCAGAACUGCUGC---GAGGUGGAGCUGGGCGAGGCCAC
(((..(((((((((.....)))).(..((.((((((((((.......)))))).)))).))..).....((((((((((((.((....))))))---))..)))))).)))))..))).. ( -48.40)
>consensus
GGUCACGUCCACGAAGCACUCGUUCUGGAGCAGCUGGUCGAAGAUGGUGGUCAGGUUCGUCUGAUAGUUGUUCCAGCGCAGGCAGAAUUGCUGG___GAGGUGGAACUGGGCGAGGCCAC
((((.((((((.......(((((.(((((((((((((((...))).....(((((....))))))))))))))))).)).((((....)))).....))).......)))))).)))).. (-35.82 = -35.06 +  -0.76)

alignment

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secondary structure

Postscript

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