Sequence ID | 3L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 10,778,450 – 10,778,551 |
Length | 101 |
Max. P | 0.942779 |
Location | 10,778,450 – 10,778,551 |
---|---|
Length | 101 |
Sequences | 5 |
Columns | 101 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 97.72 |
Mean single sequence MFE | -39.36 |
Consensus MFE | -37.34 |
Energy contribution | -37.54 |
Covariance contribution | 0.20 |
Combinations/Pair | 1.00 |
Mean z-score | -1.52 |
Structure conservation index | 0.95 |
SVM decision value | 1.33 |
SVM RNA-class probability | 0.942779 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 10778450 101 - 23771897 ACGUCUGGGUCUGGAAGCCCCGACUUUGGCGACAGCCAACCGAUCCGCUGUUGGUAAUGGUGACUCUGGUUCUGGUACGGUGUCGUCGACCAGACGAAAUC .((((((((((.((....)).))).((((((((((((((((((..((((((.....))))))..)).)))..))))....))))))))))))))))..... ( -40.20) >DroSec_CAF1 112041 101 - 1 ACGUCUGGGUCUGGAAGCCCCGACUUUGGCGACAGCCAACCGAUCCGCUGAUGGUAAUGGUGACUCUGGUUCUGCUACGGUGUCGUCGACCAGACGAAAUC .((((((((((.((....)).))).((((((((.(((((((.(((....))))))..)))).(((.(((.....))).))))))))))))))))))..... ( -38.90) >DroSim_CAF1 114941 101 - 1 ACGUCUGGGUCUGGAAGCCCCGACUUUGGCGACAGCCAACCGAUCCGCUGAUGGUAAUGGUGACUCUGGUUCUGGUACGGUGUCGUCGACCAGACGAAAUC .((((((((((.((....)).))).((((((((((((((((((..((((.........))))..)).)))..))))....))))))))))))))))..... ( -38.70) >DroEre_CAF1 117386 101 - 1 ACGUCUGGGUCUGGAAGCCCCGACUUUGGCGACAGCCAACCGAUCCGCUGGCGGUAAUGGUGACUCUGGUUCUGGUACGGUGUCGUCGACCAGACGAAAUC .((((((((((.((....)).))).(((((((((((((((((..(((....)))....(....)..))))..))))....))))))))))))))))..... ( -40.30) >DroYak_CAF1 130507 101 - 1 ACGUCUGGGUCUGGAAGCCCCGACUUUGGCGACAGCCAACCGAUCCGCUGAUGGUAAUGGUGACUCUGGUUCUGGUGCAGUGUCGUCGACCAGACGAAAUC .((((((((((.((....)).))).((((((((((((((((((..((((.........))))..)).)))..))))....))))))))))))))))..... ( -38.70) >consensus ACGUCUGGGUCUGGAAGCCCCGACUUUGGCGACAGCCAACCGAUCCGCUGAUGGUAAUGGUGACUCUGGUUCUGGUACGGUGUCGUCGACCAGACGAAAUC .((((((((((.((....)).))).((((((((((((((((((..((((.........))))..)).)))..))))....))))))))))))))))..... (-37.34 = -37.54 + 0.20)
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