Locus 3711

Sequence ID	3L_DroMel_CAF1
Location	10,775,563 – 10,775,695
Length	132
Max. P	0.979313

overview

Window 2

Location	10,775,563 – 10,775,655
Length	92
Sequences	4
Columns	92
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	97.83
Mean single sequence MFE	-42.07
Consensus MFE	-41.44
Energy contribution	-41.50
Covariance contribution	0.06
Combinations/Pair	1.04
Mean z-score	-3.01
Structure conservation index	0.98
SVM decision value	1.83
SVM RNA-class probability	0.979313
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 10775563 92 + 23771897
GGCUAUGGAGGUUCGUCUGGAGGAUAUGGUGGUGCAUCUGGUGGCGGUUGGUCAUCGGGUGGUGCUUCCAGCGGUGGCUGGUCCUCUGGAGG
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>DroSec_CAF1 109146 92 + 1
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.............((((..((((((..((.((..(((((((((((.....)))))))))).)..)).))(((....))).))))))..)))) ( -42.30)
>DroSim_CAF1 112120 92 + 1
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.............((((..((((((..((.((..(((((((((((.....)))))))))).)..)).))(((....))).))))))..)))) ( -42.30)
>DroYak_CAF1 125828 92 + 1
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>consensus
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.............((((..((((((..((.((..(((((((((((.....)))))))))).)..)).))(((....))).))))))..)))) (-41.44 = -41.50 +   0.06)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 3

Location	10,775,587 – 10,775,695
Length	108
Sequences	5
Columns	108
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	88.15
Mean single sequence MFE	-42.54
Consensus MFE	-33.28
Energy contribution	-34.76
Covariance contribution	1.48
Combinations/Pair	1.15
Mean z-score	-1.47
Structure conservation index	0.78
SVM decision value	0.02
SVM RNA-class probability	0.544315
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 10775587 108 + 23771897
UAUGGUGGUGCAUCUGGUGGCGGUUGGUCAUCGGGUGGUGCUUCCAGCGGUGGCUGGUCCUCUGGAGGUGGAGGUGGUGCUGAAGCUGUGAAGAUCAUCAAAAUCAUC
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>DroSec_CAF1 109170 108 + 1
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>DroSim_CAF1 112144 108 + 1
UAUGGUGGUGCAUCUGGUGGCGGCUGGUCAUCGGGUGGUGCUUCCAGCGGUGGCUGGUCCUCUGGAGGUGGCGGUGGUGCUGAAGCUGUGAAGAUCAUCAAAGUCAUC
..(((((((.(((((((((((.....)))))))))))...((((((((..((((....((.(((.......))).)).))))..)))).)))))))))))........ ( -41.50)
>DroYak_CAF1 125852 108 + 1
UAUGGUGGUGCAUCCGGUGGCGGCUGGUCAUCGGGUGGUGCUUCCAGCGGUGGCUGGUCCUCUGGAGGUGGAGGUGCUGCUCAAGCCGUGAAGAUUAUCAAAGUCAUC
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>DroAna_CAF1 110002 108 + 1
UCCGGUGGUGCCUCCAGCGGCGGUUGGUCUUCCGGUGGUGCCUCCAGCGGCGGUUGGUCCUCCGGCGGUGGUGAUGCCAACACGGCUGUGAAAAUCAUCAAAAUCAUC
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>consensus
UAUGGUGGUGCAUCUGGUGGCGGCUGGUCAUCGGGUGGUGCUUCCAGCGGUGGCUGGUCCUCUGGAGGUGGAGGUGGUGCUGAAGCUGUGAAGAUCAUCAAAGUCAUC
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alignment

secondary structure

dotplot

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