Locus 3675

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 10,737,903 – 10,738,017
Length 114
Max. P 0.756255
window5738

overview

Window 8

Location 10,737,903 – 10,738,017
Length 114
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 89.29
Mean single sequence MFE -35.43
Consensus MFE -30.83
Energy contribution -31.58
Covariance contribution 0.75
Combinations/Pair 1.06
Mean z-score -1.67
Structure conservation index 0.87
SVM decision value 0.49
SVM RNA-class probability 0.756255
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 10737903 114 - 23771897
CGAACGGGUACAUACA--UAUAAACUUUUCUAUCCCAACCAGCCAGUCUCGAAUGUUGGUGGAUUGAGAGGGUUCAUUGCAUUUUAUGCGACGCGA----CGUUGCAGGUGGAAAUGCAA
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>DroSec_CAF1 71518 110 - 1
CGGACGGGUGC----A--UAUAAACUUUUCUAUCCCAACCAGCCAGUCUCGAAUGUUGGUGGAUUGAGAGGGUUCAUUGCAUUUUAUGCGACGCGA----CGUUGCAGGUGGAAAUGCAA
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>DroSim_CAF1 74121 110 - 1
CGGACGGGUAC----A--UAUAAACUUUUCUAUCCCAACCAGCCAGUCUCGAAUGUUGGUGGAUUGAGAGGGUUCAUUGCAUUUUAUGCGACGCGA----CGUUGCAGGUGGAAAUGCAA
.(((((....)----.--......((((((.((((..((((((...........)))))))))).)))))))))).(((((((((.(((((((...----)))))))....))))))))) ( -36.10)
>DroEre_CAF1 76528 109 - 1
CGGAGGGU-ACA------UAUAAACUUUUCUAUCCCAGCCAGCCAGUCUCGACUGCUGGUGGAUUGAGAGGGUUCAUUGCAUUUUAUGCGACGCGA----CGUUGCAGGUGGAAAUGCAA
........-...------......((((((.((((..((((((.(((....))))))))))))).)))))).....(((((((((.(((((((...----)))))))....))))))))) ( -39.90)
>DroYak_CAF1 86826 116 - 1
UGGCGGGUUACAUACAAGUAUAAACUUUUCUAUCCCAACCAGCCAGUCUCGAAUGUUGGUGGAUUGAGAGGGUUCAUUGCAUUUUAUGCGACGCGA----CGUUGCAGGUGGAAAUGCAA
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>DroAna_CAF1 74733 107 - 1
UGGUAGG--AC----A--UAUAAACAUUUCUAUCCCA----GGCAGCCUCGAAUGUUGGCGGAUUGAGAGGGUUCAUUGCAUUUUAUGCGACGCGACGGACGUUGCAGGUG-AAAUGCAA
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>consensus
CGGACGGGUAC____A__UAUAAACUUUUCUAUCCCAACCAGCCAGUCUCGAAUGUUGGUGGAUUGAGAGGGUUCAUUGCAUUUUAUGCGACGCGA____CGUUGCAGGUGGAAAUGCAA
........................((((((.((((..(((((.((........))))))))))).)))))).....(((((((((.(((((((.......)))))))....))))))))) (-30.83 = -31.58 +   0.75)

alignment

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secondary structure

Postscript

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