Locus 3647

Sequence ID	3L_DroMel_CAF1
Location	10,702,406 – 10,702,509
Length	103
Max. P	0.999965

overview

Window 7

Location	10,702,406 – 10,702,509
Length	103
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	93.99
Mean single sequence MFE	-39.52
Consensus MFE	-37.21
Energy contribution	-36.85
Covariance contribution	-0.36
Combinations/Pair	1.06
Mean z-score	-3.50
Structure conservation index	0.94
SVM decision value	4.97
SVM RNA-class probability	0.999965
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 10702406 103 + 23771897
UUGCCCACACGACGUAUACGUAAUUUGCGCAUAUUGCGUAUUCGCUGCAUUUCGCUAUUUAGCCGGCA-AG--------UUGGCAGC--------GCAGCAAGAAAUGCAGCAGGCAAAC
(((((........(.(((((((((........))))))))).)(((((((((((((.....(((((..-..--------)))))...--------..)))..)))))))))).))))).. ( -39.40)
>DroSec_CAF1 36790 103 + 1
UUGCCCACACGACGUAUACGUAAUUUGCGCAUAUUGCGUAUUCGCUGCAUUUCGCUAUUUAGCCGGCA-AG--------UUGGCAGC--------GCAGCAAGAAAUGCAGCAGGCAAAC
(((((........(.(((((((((........))))))))).)(((((((((((((.....(((((..-..--------)))))...--------..)))..)))))))))).))))).. ( -39.40)
>DroSim_CAF1 38554 103 + 1
UUGCCCACACGACGUAUACGUAAUUUGCGCAUAUUGCGUAUUCGCUGCAUUUCGCUAUUUAGCCGGCA-AG--------UUGGCAGC--------GCAGCAAGAAAUGCAGCAGGCAAAC
(((((........(.(((((((((........))))))))).)(((((((((((((.....(((((..-..--------)))))...--------..)))..)))))))))).))))).. ( -39.40)
>DroEre_CAF1 40217 103 + 1
UUGCCCACACGACGUAUACGUAAUUUGCGCAUAUUGCGUAUUCGUUGCAUUUCGCUAUUUAGCCGGCA-AG--------UUGGCAGC--------GCAGCAAGAAAUGCAGCAGGCAAAC
(((((........(.(((((((((........))))))))).)(((((((((((((.....(((((..-..--------)))))...--------..)))..)))))))))).))))).. ( -37.00)
>DroYak_CAF1 49801 111 + 1
UUGCCCACACGACGUAUACGUAAUUUGCGCAUAUUGCGUAUUCGCUGCAUUUCGCUAUUUAGCCGGCA-AGUUGGCAAGUUGGCAGC--------GCAGCAAGAAAUGCAGCAGGCAAAC
(((((........(.(((((((((........))))))))).)((((((((((((((.((.(((((..-..))))).)).)))).((--------...))..)))))))))).))))).. ( -43.10)
>DroAna_CAF1 38308 112 + 1
UUGCCCACACGACGUAUACGUAAUUUGCGCAUAUUGCGUAUUCGUUGCAUUUUGCUAUUUAGCCGGCAAAG--------UUGGCAGCAGGGCACAGCAGCAAGAAAUGCAGCAGGCAAAC
(((((........(.(((((((((........))))))))).)(((((((((((((.....((((((...)--------))))).((........))))))..))))))))).))))).. ( -38.80)
>consensus
UUGCCCACACGACGUAUACGUAAUUUGCGCAUAUUGCGUAUUCGCUGCAUUUCGCUAUUUAGCCGGCA_AG________UUGGCAGC________GCAGCAAGAAAUGCAGCAGGCAAAC
(((((........(.(((((((((........))))))))).)(((((((((((((.....(((((.............))))).((........)))))..)))))))))).))))).. (-37.21 = -36.85 +  -0.36)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 8

Location	10,702,406 – 10,702,509
Length	103
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	93.99
Mean single sequence MFE	-37.55
Consensus MFE	-33.57
Energy contribution	-34.07
Covariance contribution	0.50
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-2.84
Structure conservation index	0.89
SVM decision value	3.22
SVM RNA-class probability	0.998779
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 10702406 103 - 23771897
GUUUGCCUGCUGCAUUUCUUGCUGC--------GCUGCCAA--------CU-UGCCGGCUAAAUAGCGAAAUGCAGCGAAUACGCAAUAUGCGCAAAUUACGUAUACGUCGUGUGGGCAA
..((((((((((((((((..((((.--------...(((..--------..-....)))....))))))))))))))..(((((...((((((.......))))))...))))))))))) ( -39.70)
>DroSec_CAF1 36790 103 - 1
GUUUGCCUGCUGCAUUUCUUGCUGC--------GCUGCCAA--------CU-UGCCGGCUAAAUAGCGAAAUGCAGCGAAUACGCAAUAUGCGCAAAUUACGUAUACGUCGUGUGGGCAA
..((((((((((((((((..((((.--------...(((..--------..-....)))....))))))))))))))..(((((...((((((.......))))))...))))))))))) ( -39.70)
>DroSim_CAF1 38554 103 - 1
GUUUGCCUGCUGCAUUUCUUGCUGC--------GCUGCCAA--------CU-UGCCGGCUAAAUAGCGAAAUGCAGCGAAUACGCAAUAUGCGCAAAUUACGUAUACGUCGUGUGGGCAA
..((((((((((((((((..((((.--------...(((..--------..-....)))....))))))))))))))..(((((...((((((.......))))))...))))))))))) ( -39.70)
>DroEre_CAF1 40217 103 - 1
GUUUGCCUGCUGCAUUUCUUGCUGC--------GCUGCCAA--------CU-UGCCGGCUAAAUAGCGAAAUGCAACGAAUACGCAAUAUGCGCAAAUUACGUAUACGUCGUGUGGGCAA
..(((((..(((((((((..((((.--------...(((..--------..-....)))....))))))))))))(((.(((((.(((........))).))))).)))...)..))))) ( -33.90)
>DroYak_CAF1 49801 111 - 1
GUUUGCCUGCUGCAUUUCUUGCUGC--------GCUGCCAACUUGCCAACU-UGCCGGCUAAAUAGCGAAAUGCAGCGAAUACGCAAUAUGCGCAAAUUACGUAUACGUCGUGUGGGCAA
..((((((((((((((((..((((.--------((((.(((.........)-)).))))....))))))))))))))..(((((...((((((.......))))))...))))))))))) ( -38.70)
>DroAna_CAF1 38308 112 - 1
GUUUGCCUGCUGCAUUUCUUGCUGCUGUGCCCUGCUGCCAA--------CUUUGCCGGCUAAAUAGCAAAAUGCAACGAAUACGCAAUAUGCGCAAAUUACGUAUACGUCGUGUGGGCAA
..(((((..((((((((.....((((((.....((((.((.--------...)).))))...)))))))))))))(((.(((((.(((........))).))))).)))...)..))))) ( -33.60)
>consensus
GUUUGCCUGCUGCAUUUCUUGCUGC________GCUGCCAA________CU_UGCCGGCUAAAUAGCGAAAUGCAGCGAAUACGCAAUAUGCGCAAAUUACGUAUACGUCGUGUGGGCAA
..((((((((((((((((..((.((........)).))...................(((....)))))))))))))..(((((...((((((.......))))))...))))))))))) (-33.57 = -34.07 +   0.50)

alignment

secondary structure

dotplot

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