| Sequence ID | 3L_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 10,695,300 – 10,695,412 |
| Length | 112 |
| Max. P | 0.947477 |
| Location | 10,695,300 – 10,695,412 |
|---|---|
| Length | 112 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 94.76 |
| Mean single sequence MFE | -28.65 |
| Consensus MFE | -24.18 |
| Energy contribution | -24.35 |
| Covariance contribution | 0.17 |
| Combinations/Pair | 1.00 |
| Mean z-score | -2.44 |
| Structure conservation index | 0.84 |
| SVM decision value | 1.37 |
| SVM RNA-class probability | 0.947477 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 10695300 112 + 23771897 --AUAU------GUACUCAUCGUUUUUGUUGUGGCAUGCAAAAUCUGCUCAACUAAUGAAUUCAAGCGUAUUAAUUAUUACGCAUACGCCACAUUGUACGAAGGCCGUUGCGCACACACA --...(------((.(.((..((((((((((((((..(((.....))).................(((((........)))))....))))))....))))))))...)).).))).... ( -26.90) >DroSec_CAF1 29696 110 + 1 --AUAU------GUACUCAUCGUUUUUGUUGUGGCAUGCAAAAUCUGCUCAACUAAUGAAUUCAAGCGUAUUAAUUAUUACGCAUACGCCACAUUGUACGAAGGCCGAUGCGCAC--ACA --...(------((.(.((((((((((((((((((..(((.....))).................(((((........)))))....))))))....))))))).))))).).))--).. ( -31.30) >DroSim_CAF1 31346 110 + 1 --AUAU------GUACUCAUCGUUUUUGUUGUGGCAUGCAAAAUCUGCUCAACUAAUGAAUUCAAGCGUAUUAAUUAUUACGCAUACGCCACAUUGUACGAAGGCCGUUGCGCAC--ACA --...(------((.(.((..((((((((((((((..(((.....))).................(((((........)))))....))))))....))))))))...)).).))--).. ( -26.90) >DroEre_CAF1 33263 112 + 1 ACAUAU------GUACUCAUCGUUUUUGUUGUGGCAUGCAAAAUCUGCUCAACUAAUGAAUUCAAGCGUAUUAAUUAUUACGCAUACGCCACAUUGUACGAAGGCCGUUGAGCAC--ACA .....(------((.((((..((((((((((((((..(((.....))).................(((((........)))))....))))))....))))))))...)))).))--).. ( -31.40) >DroYak_CAF1 42478 110 + 1 --AUAU------GUACUCAUCGUUUUUGUUGUGGCAUGCAAAAUCUGCUCAACUAAUGAAUUCAAGCGUAUUAAUUAUUACGCAUACGCCACAUUGUACGAAGGCCGUUCAGCAC--ACA --...(------((.((.((.((((((((((((((..(((.....))).................(((((........)))))....))))))....)))))))).))..)).))--).. ( -26.10) >DroAna_CAF1 30130 116 + 1 --AUUUGCGUACAUAUUCAUCGUUUUUGUCGUGGCAUGCAAAAUCUGCUCAACUAAUGAAUUCAAGCGUAUUAAUUAUUACGCAUACGCCACAUUGUACGAAGGCCGUUGAGCAC--ACA --.(((((((.(((...((.......))..)))..)))))))...((((((((............(((((........)))))....(((............))).)))))))).--... ( -29.30) >consensus __AUAU______GUACUCAUCGUUUUUGUUGUGGCAUGCAAAAUCUGCUCAACUAAUGAAUUCAAGCGUAUUAAUUAUUACGCAUACGCCACAUUGUACGAAGGCCGUUGAGCAC__ACA .....................((((((((((((((..(((.....))).................(((((........)))))....))))))....))))))))............... (-24.18 = -24.35 + 0.17)
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