Locus 3619

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 10,651,424 – 10,651,530
Length 106
Max. P 0.508012
window5644

overview

Window 4

Location 10,651,424 – 10,651,530
Length 106
Sequences 5
Columns 113
Reading direction forward
Mean pairwise identity 85.69
Mean single sequence MFE -20.90
Consensus MFE -14.72
Energy contribution -14.56
Covariance contribution -0.16
Combinations/Pair 1.12
Mean z-score -1.60
Structure conservation index 0.70
SVM decision value -0.05
SVM RNA-class probability 0.508012
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 10651424 106 + 23771897
ACUGUUUCCGCAUAUAUGUAUGUACAUACCUUUAUGAGAACGUACUCUA-----UACACACCUUAUGCGGAUUGAUAGGCGGCUUGUAUA--UAUACCUAGUAUAUGUAUAUG
.(((((((((((((...((.((((((((....))))(((......))).-----)))).))..))))))))..)))))......((((((--(((((...))))))))))).. ( -27.90)
>DroSec_CAF1 13736 102 + 1
ACUGUUUCCGCAUA------UGUACAUACCUUUAUGAGAACGUACUCUAUACUAUACACACCUUAUGCGGAUUAAUAGGCGGCUUGUAUA--UAUACCU---AUAUGUAUAUG
.(((((((((((((------((((((((....))))(((......)))......)))).....))))))))..)))))......((((((--(((....---))))))))).. ( -21.40)
>DroSim_CAF1 13148 99 + 1
ACUGUUUCCGCAUA------UGUACAUACCUUUAUGAGAACGUACUCUA-----UACACACCUUAUGCGGAUUGAUAGGCGGCUUGUAUAUAUAUACCU---AUAUGUAUAUG
.(((((((((((((------((((((((....))))(((......))).-----)))).....))))))))..))))).......((((((((((....---)))))))))). ( -23.30)
>DroEre_CAF1 14164 90 + 1
ACUGUUUCCGCAU----------ACAUACCUUUAUGAGAACGUACUCUA-----UACACACCUUAUGUGGAUUGAUAGCCGGCUUGUAUA--CAUACCU---AUAUGUAC---
.((((((((((((----------(...........(((......)))..-----.........))))))))..)))))..........((--((((...---.)))))).--- ( -16.65)
>DroYak_CAF1 14055 86 + 1
ACUGUUUCCGCAU----------ACAUACCUUUAUGAGAACGUACUCUA-----UACACACCUUAUGUGGAUUGAUAGGCGGCUUGUGUA--UAUACCU---AUAU-------
......(((((((----------(...........(((......)))..-----.........))))))))...(((((..((....)).--....)))---))..------- ( -15.25)
>consensus
ACUGUUUCCGCAUA______UGUACAUACCUUUAUGAGAACGUACUCUA_____UACACACCUUAUGCGGAUUGAUAGGCGGCUUGUAUA__UAUACCU___AUAUGUAUAUG
.(((((((((((((..........((((....))))(((......)))...............))))))))..))))).......((((....))))................ (-14.72 = -14.56 +  -0.16)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

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