Locus 3593

Sequence ID	3L_DroMel_CAF1
Location	10,578,520 – 10,578,616
Length	96
Max. P	0.738716

overview

Window 9

Location	10,578,520 – 10,578,616
Length	96
Sequences	6
Columns	106
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	87.45
Mean single sequence MFE	-26.92
Consensus MFE	-22.93
Energy contribution	-23.32
Covariance contribution	0.39
Combinations/Pair	1.07
Mean z-score	-1.82
Structure conservation index	0.85
SVM decision value	0.44
SVM RNA-class probability	0.738716
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 10578520 96 + 23771897
------UUGUUA----UAUGUGGGUGAGCGCUAUGCAAAUGAGCUGCAAAGUAUGCAAUGAAAGCUUGAUUAGCAUAUUGCGUAUACGCCACAGUGCGCAGCGUAA
------((((..----..((((((((.(((((((((.(((((((((((.....)))......))))).))).)))))..)))).))).)))))....))))..... ( -28.50)
>DroSec_CAF1 457944 96 + 1
------UUGUUA----UAUGUGGGUGAGCGCUAUGCAAAUGAGCUGCAAAGUAUGCAAUGAAAGCUUGAUUAGCAUAUUGCGUAUACUCCACAGUGCGCAGCGUAA
------((((..----..((((((((.(((((((((.(((((((((((.....)))......))))).))).)))))..)))).))).)))))....))))..... ( -28.50)
>DroSim_CAF1 460775 96 + 1
------UUGUUA----UAUGUGGGUGAGCGCUAUGCAAAUGAGCUGCAAAGUAUGCAAUGAAAGCUUGAUUAUCAUAUUGCGUAUACGCCACAGUGCGCAGCGUAN
------((((..----..((((((((.((((((((..(((((((((((.....)))......))))).)))..))))..)))).))).)))))....))))..... ( -23.70)
>DroEre_CAF1 467239 96 + 1
------UGGUUA----AAUGUGGGUGAGCGCAAUGCAAAUGAGCUGCAAAGUAUGCAAUGAAAGCUUGAUUAGCAUAUUGCGUAUACGCCACAUUGCGCAGCUUAA
------..((..----((((((((((.(((((((((.(((((((((((.....)))......))))).))).))))..))))).))).)))))))..))....... ( -29.70)
>DroYak_CAF1 469016 106 + 1
UAUUUGUGGUUAUACAUAUGUGGGUGAGCGCUAUGCAAAUGAGCUGCAAAGUAUGCAAUGAAAGCUUGAUUAGCAUAUUGCGUAUACGCCACAGUGCGCAUCUUAA
(((.((((......)))).)))((((.(((((.((((.......))))..((((((((((...(((.....))).)))))))))).......))))).)))).... ( -28.70)
>DroAna_CAF1 451093 84 + 1
------UG----------GGUGGGUGAGUACUAUGCAAAUGAGCUGCAAAGUAUGCAAUGAAAGCUUGAUUAGCAUAUUGCGUAUACGCCAUGGUGAGCA------
------((----------.((((.......)))).)).....(((.....((((((((((...(((.....))).)))))))))).(((....)))))).------ ( -22.40)
>consensus
______UGGUUA____UAUGUGGGUGAGCGCUAUGCAAAUGAGCUGCAAAGUAUGCAAUGAAAGCUUGAUUAGCAUAUUGCGUAUACGCCACAGUGCGCAGCGUAA
..................((((((((.(((((((((.(((((((((((.....)))......))))).))).)))))..)))).))).)))))............. (-22.93 = -23.32 +   0.39)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 0

Location	10,578,520 – 10,578,616
Length	96
Sequences	6
Columns	106
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	87.45
Mean single sequence MFE	-22.37
Consensus MFE	-17.12
Energy contribution	-17.82
Covariance contribution	0.70
Combinations/Pair	1.04
Mean z-score	-2.40
Structure conservation index	0.77
SVM decision value	0.03
SVM RNA-class probability	0.550890
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 10578520 96 - 23771897
UUACGCUGCGCACUGUGGCGUAUACGCAAUAUGCUAAUCAAGCUUUCAUUGCAUACUUUGCAGCUCAUUUGCAUAGCGCUCACCCACAUA----UAACAA------
...(((((.((((((..(.((((..(((((..(((.....)))....))))))))).)..)))......))).)))))............----......------ ( -22.50)
>DroSec_CAF1 457944 96 - 1
UUACGCUGCGCACUGUGGAGUAUACGCAAUAUGCUAAUCAAGCUUUCAUUGCAUACUUUGCAGCUCAUUUGCAUAGCGCUCACCCACAUA----UAACAA------
...(((((.((((((..((((((..(((((..(((.....)))....)))))))))))..)))......))).)))))............----......------ ( -27.00)
>DroSim_CAF1 460775 96 - 1
NUACGCUGCGCACUGUGGCGUAUACGCAAUAUGAUAAUCAAGCUUUCAUUGCAUACUUUGCAGCUCAUUUGCAUAGCGCUCACCCACAUA----UAACAA------
...(((((.(((..((((((....))).....................(((((.....)))))..))).))).)))))............----......------ ( -19.50)
>DroEre_CAF1 467239 96 - 1
UUAAGCUGCGCAAUGUGGCGUAUACGCAAUAUGCUAAUCAAGCUUUCAUUGCAUACUUUGCAGCUCAUUUGCAUUGCGCUCACCCACAUU----UAACCA------
.......((((((((((((((((.....))))))).............(((((.....))))).......)))))))))...........----......------ ( -24.90)
>DroYak_CAF1 469016 106 - 1
UUAAGAUGCGCACUGUGGCGUAUACGCAAUAUGCUAAUCAAGCUUUCAUUGCAUACUUUGCAGCUCAUUUGCAUAGCGCUCACCCACAUAUGUAUAACCACAAAUA
.....(((((...(((((.((...(((..(((((.(((..((((......(((.....))))))).))).))))))))...)))))))..)))))........... ( -22.90)
>DroAna_CAF1 451093 84 - 1
------UGCUCACCAUGGCGUAUACGCAAUAUGCUAAUCAAGCUUUCAUUGCAUACUUUGCAGCUCAUUUGCAUAGUACUCACCCACC----------CA------
------.........(((.((....(((((..(((.....)))....))))).((((.(((((.....))))).))))...)))))..----------..------ ( -17.40)
>consensus
UUACGCUGCGCACUGUGGCGUAUACGCAAUAUGCUAAUCAAGCUUUCAUUGCAUACUUUGCAGCUCAUUUGCAUAGCGCUCACCCACAUA____UAACAA______
.............(((((.((...(((..(((((.(((..((((......(((.....))))))).))).))))))))...))))))).................. (-17.12 = -17.82 +   0.70)

alignment

secondary structure

dotplot

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