| Sequence ID | 3L_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 10,570,815 – 10,570,905 |
| Length | 90 |
| Max. P | 0.994174 |
| Location | 10,570,815 – 10,570,905 |
|---|---|
| Length | 90 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 104 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 75.50 |
| Mean single sequence MFE | -35.05 |
| Consensus MFE | -19.65 |
| Energy contribution | -19.26 |
| Covariance contribution | -0.39 |
| Combinations/Pair | 1.41 |
| Mean z-score | -2.78 |
| Structure conservation index | 0.56 |
| SVM decision value | 2.46 |
| SVM RNA-class probability | 0.994174 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 10570815 90 + 23771897 --AUCGGACUGGCA-AGG-----GGUA-CCAUUGUU---GGGCACCAUUGUGGGUCCGGUUUACGAGGCGCAUCGGUUAGAUGUGCCAUGGCAUGGCA--CAUG --((((((((.(((-(..-----(((.-(((....)---))..))).)))).))))))))......((((((((.....))))))))(((((...)).--))). ( -40.20) >DroGri_CAF1 460634 84 + 1 ACAGU-AACCGGAAACGGUAAAGCGCAUCCAAUG-----CAAC---AUUGUUGGU-UGCUUUACGAGCCGCAACCUCUGGUUGCGCG-C-----AGCU--C--A ...((-(((((....)))).....(((.(((((.-----....---...))))).-)))..)))(((((((((((...)))))))..-.-----.)))--)--. ( -33.20) >DroSec_CAF1 450292 82 + 1 --AUCGGACUGGCA-AGG-----GGCA-CCAUUGUU---GGGC---AUUGUGGGUCCGGUUUACGAGGCGCGACGGUUAGAUGUGCCAC-----GGCA--CAUG --((((((((.(((-(..-----.((.-(((....)---))))---.)))).))))))))...((.((((((.(.....).)))))).)-----)...--.... ( -34.70) >DroSim_CAF1 453060 82 + 1 --AUCGGACUGGCA-AGG-----GGCA-CCAUUGUU---GGGC---AUUGUGGGUCCGGUUUACGAGGCGCAACGGUUAGAUGUGCCAC-----GGCA--CAUG --((((((((.(((-(..-----.((.-(((....)---))))---.)))).))))))))...((.((((((.(.....).)))))).)-----)...--.... ( -35.40) >DroEre_CAF1 459433 83 + 1 --AUCGGACUGGAAAAGG-----GGCA-CCAUUGUU---GGGC---AUUGUGGGUCCGGUUUACGAGGCGCGUCGGUUAGAUGUGCCAU-----GGCA--CAUG --((((((((.(...((.-----.((.-(((....)---))))---.)).).))))))))...((.((((((((.....)))))))).)-----)...--.... ( -31.10) >DroYak_CAF1 460957 88 + 1 --UUCGGACUGGAAAAGG-----GGCA-CCAUUGUUGGUGGGU---CUUGUGGGUCCGGGUUACGAGGCGCGUCGGUUAGAUGUGCCAU-----GGCACACAUG --.(((((((.(..((((-----..((-(((....)))))..)---))).).)))))))((..((.((((((((.....)))))))).)-----)..))..... ( -35.70) >consensus __AUCGGACUGGAA_AGG_____GGCA_CCAUUGUU___GGGC___AUUGUGGGUCCGGUUUACGAGGCGCAACGGUUAGAUGUGCCAC_____GGCA__CAUG ..((((((((.(......................................).))))))))......((((((((.....))))))))................. (-19.65 = -19.26 + -0.39)
Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 11:01:41 2006