Locus 3588

Sequence ID	3L_DroMel_CAF1
Location	10,559,352 – 10,559,472
Length	120
Max. P	0.679715

overview

Window 3

Location	10,559,352 – 10,559,472
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	83.30
Mean single sequence MFE	-51.25
Consensus MFE	-36.40
Energy contribution	-37.77
Covariance contribution	1.36
Combinations/Pair	1.10
Mean z-score	-2.03
Structure conservation index	0.71
SVM decision value	0.26
SVM RNA-class probability	0.658175
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 10559352 120 + 23771897
UAUGCCGCCCGUCUAUCGGCGGCCACGGGUGCCACACAAUCGCCGCAAACAGCCGCUGCUGCUGCGGCUGCUGCUUCCAUGGCUGCGUCGGCCAAUGCGGCCAACAAUGCGGCCGCUUUG
...(((((.((.....))(((((((.(((.((..((.....((((((..((((....)))).))))))))..)).))).)))))))).))))(((.((((((........)))))).))) ( -53.90)
>DroVir_CAF1 486066 105 + 1
UAUGCGGCACGUCUCUCCGCUGCCACGG---CUUCCCAAACGCCG------GCCGCUGCUGCUGCGGCUGCUGCUUCCAUGGCAGCGUCGGCUAAUGCGGCCAACAGCG------CUUUG
...((((((((......)).))))..((---((...((...((((------((.(((((....))))).((((((.....))))))))))))...)).))))....)).------..... ( -44.20)
>DroPse_CAF1 473346 111 + 1
UAUGCCGCCCGCCUCUCGGCGGCCACUG---CUCAACAGACGCCG------GCCGCUGCUGCUGCGGCUGCUGCUUCCAUGGCAGCGUCGGCCAAUGCGGCCAACAAUGCUGCCGCUUUG
...((((((........))))))..(((---.....)))..((((------((.(((((....))))).((((((.....))))))))))))(((.(((((..........))))).))) ( -51.10)
>DroGri_CAF1 449439 108 + 1
UAUGCGGCACGCCUCUCUGCUGCAAC------AUCCCAAACGCCG------GCCGCUGCUGCUGCGGCUGCUGCUUCCAUGGCAGCGUCGGCCAAUGCGGCCAACAAUGCUGCAGCUUUG
..(((((((........)))))))..------....((((.((.(------((((((((....))))).((((((.....))))))...))))..((((((.......)))))))))))) ( -47.50)
>DroWil_CAF1 703692 114 + 1
UAUGCGGCACGUCUAUCGGCGGCAACGGCCGCAUCCCAAACCCCG------GCCGCUGCUGCUGCGGCUGCUGCUUCCAUGGCAGCGUCGGCCAAUGCGGCCAACAAUGCUGCCGCUUUG
...((((((.(((...((((((((.((((((............))------)))).)))))))).)))))))))......((((((((.((((.....))))....))))))))...... ( -57.50)
>DroAna_CAF1 432049 120 + 1
UAUGCCGCCCGCCUAUCGGCGGCAGCUGGAGCCACCCAAACGCCCCAGACGGCCGCUGCUGCUGCGGCUGCUGCUUCCAUGGCUGCGUCGGCCAAUGCGGCCAACAGCGCUGCCGCUUUG
......((..(((....)))(((((((((......)))...((..(((.(((((((.......))))))))))......(((((((((......)))))))))...)))))))))).... ( -53.30)
>consensus
UAUGCCGCACGCCUAUCGGCGGCAACGG___CAUCCCAAACGCCG______GCCGCUGCUGCUGCGGCUGCUGCUUCCAUGGCAGCGUCGGCCAAUGCGGCCAACAAUGCUGCCGCUUUG
...((((((........))))))..................((((......(((((.......))))).((((((.....))))))..))))(((.(((((..........))))).))) (-36.40 = -37.77 +   1.36)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 4

Location	10,559,352 – 10,559,472
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	83.30
Mean single sequence MFE	-56.18
Consensus MFE	-38.53
Energy contribution	-39.70
Covariance contribution	1.17
Combinations/Pair	1.12
Mean z-score	-2.26
Structure conservation index	0.69
SVM decision value	0.30
SVM RNA-class probability	0.679715
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 10559352 120 - 23771897
CAAAGCGGCCGCAUUGUUGGCCGCAUUGGCCGACGCAGCCAUGGAAGCAGCAGCCGCAGCAGCAGCGGCUGUUUGCGGCGAUUGUGUGGCACCCGUGGCCGCCGAUAGACGGGCGGCAUA
.......(((((...(((((((.....)))))))((.(((((((..((.((((((((((((((....)))).)))))))...)))...))..))))))).))..........)))))... ( -61.70)
>DroVir_CAF1 486066 105 - 1
CAAAG------CGCUGUUGGCCGCAUUAGCCGACGCUGCCAUGGAAGCAGCAGCCGCAGCAGCAGCGGC------CGGCGUUUGGGAAG---CCGUGGCAGCGGAGAGACGUGCCGCAUA
..(((------((((((((((.......))))))(((((.......))))).(((((.......)))))------.)))))))((....---))((((((.((......))))))))... ( -48.30)
>DroPse_CAF1 473346 111 - 1
CAAAGCGGCAGCAUUGUUGGCCGCAUUGGCCGACGCUGCCAUGGAAGCAGCAGCCGCAGCAGCAGCGGC------CGGCGUCUGUUGAG---CAGUGGCCGCCGAGAGGCGGGCGGCAUA
....((((((((...(((((((.....))))))))))))).((....)))).(((((..((((((((..------...)).))))))..---......(((((....))))))))))... ( -58.60)
>DroGri_CAF1 449439 108 - 1
CAAAGCUGCAGCAUUGUUGGCCGCAUUGGCCGACGCUGCCAUGGAAGCAGCAGCCGCAGCAGCAGCGGC------CGGCGUUUGGGAU------GUUGCAGCAGAGAGGCGUGCCGCAUA
....((((((((((((((((((.....)))))))(((((.......))))).(((((.((....)).).------))))......)))------))))))))...(.((....)).)... ( -50.00)
>DroWil_CAF1 703692 114 - 1
CAAAGCGGCAGCAUUGUUGGCCGCAUUGGCCGACGCUGCCAUGGAAGCAGCAGCCGCAGCAGCAGCGGC------CGGGGUUUGGGAUGCGGCCGUUGCCGCCGAUAGACGUGCCGCAUA
....((((((((...(((((((.....)))))))(((((..((....))))))).)).((.((((((((------((.(........).)))))))))).)).........))))))... ( -59.10)
>DroAna_CAF1 432049 120 - 1
CAAAGCGGCAGCGCUGUUGGCCGCAUUGGCCGACGCAGCCAUGGAAGCAGCAGCCGCAGCAGCAGCGGCCGUCUGGGGCGUUUGGGUGGCUCCAGCUGCCGCCGAUAGGCGGGCGGCAUA
....(((((.((((.(((((((.....))))))))).((.......)).)).))))).((....)).((((((((((((.........)))))))...(((((....))))))))))... ( -59.40)
>consensus
CAAAGCGGCAGCAUUGUUGGCCGCAUUGGCCGACGCUGCCAUGGAAGCAGCAGCCGCAGCAGCAGCGGC______CGGCGUUUGGGAAG___CCGUGGCCGCCGAGAGACGGGCCGCAUA
....((((((((...(((((((.....)))))))(((((.......))))).(((((.......))))).........................)))))))).................. (-38.53 = -39.70 +   1.17)

alignment

secondary structure

dotplot

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