Sequence ID | 3L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 10,547,757 – 10,547,853 |
Length | 96 |
Max. P | 0.569149 |
Location | 10,547,757 – 10,547,853 |
---|---|
Length | 96 |
Sequences | 6 |
Columns | 99 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 80.68 |
Mean single sequence MFE | -38.68 |
Consensus MFE | -26.43 |
Energy contribution | -25.93 |
Covariance contribution | -0.49 |
Combinations/Pair | 1.26 |
Mean z-score | -1.32 |
Structure conservation index | 0.68 |
SVM decision value | 0.07 |
SVM RNA-class probability | 0.569149 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 10547757 96 - 23771897 CUGUUGGUGCACCACCAUUGGCAAUGCUGUCCAAUCCGGUGGUGGGCAAAAGUCCAAC---GCCACUGCUGCUGGUGGCCGCCAAUGUGCCGGAAGCUA ..(((((((.(((((((((((((....)).)))))..))))))((((....))))...---((((((......)))))))))))))..(.(....)).. ( -36.80) >DroSim_CAF1 435994 96 - 1 CUGCUGGUGCACCACCAUUGGCAAUGCUAUCCAAUCCGGUGGUGGGCAGAAGGCCAAC---GCCACUGCUGCUGGUGGCCGCCAAUGUGCCGGAAGCUA ((.((((..((((((((((((...((.....))..))))))))))......(((....---((((((......)))))).)))..))..)))).))... ( -40.20) >DroEre_CAF1 436338 96 - 1 CUGCUGGUGCGCCACCAUUGGCAAUGCUAUCCAAUCCGGUGGUGGGCAAGAGGCCAAC---GCCACUGCUGCUGGUGGCCGCCAAUGUGCCGGAAGCUA ((.((((..((((((((((((...((.....))..)))))))).)))....(((....---((((((......)))))).)))...)..)))).))... ( -39.30) >DroYak_CAF1 437189 96 - 1 CGGCUGGUGCACCACCAUUGGCAAUGCUAUCCAAACCGGUGGUGGGCAAGAGGCCAAC---GCCACUGCUGCUGGUGGCCGCCAAUGUGCCGGAAGCUA (((((((....))).(((((((...((((.(((.(.(((((((((((.....)))..)---))))))).)..))))))).))))))).))))....... ( -41.70) >DroMoj_CAF1 546350 89 - 1 ----------GCCGCAGUUGGCAAUACUAUCCAGACCGGCUGUGGGCAGUAUUCCUGACGAGACGCUGCUGCUGGUGGCGGCCAAUGCGCCCGAAGCUA ----------.(((((((((((...........).))))))))))((((..(..(....)..)..)))).(((...((((.......))))...))).. ( -31.70) >DroAna_CAF1 420763 90 - 1 ----CG--GCAUUGCCAUUAGCGAUGGUGUCCAGUCCGGUGGUGGGCAGGAGGCCAAC---ACCGCUGCUGCUGGUGGCGGCCAAAGCGCCGGCAGCUA ----.(--((...)))...((((.((((.(((.(((((....))))).))).))))..---..))))((((((((((.(.......))))))))))).. ( -42.40) >consensus CUGCUGGUGCACCACCAUUGGCAAUGCUAUCCAAUCCGGUGGUGGGCAAGAGGCCAAC___GCCACUGCUGCUGGUGGCCGCCAAUGUGCCGGAAGCUA ...........((((((((((...((.....))..))))))))))(((...(((.......)))..))).(((..((((.((....))))))..))).. (-26.43 = -25.93 + -0.49)
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