Locus 356

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 1,041,141 – 1,041,231
Length 90
Max. P 0.960118
window525

overview

Window 5

Location 1,041,141 – 1,041,231
Length 90
Sequences 5
Columns 91
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 95.58
Mean single sequence MFE -19.82
Consensus MFE -18.64
Energy contribution -18.80
Covariance contribution 0.16
Combinations/Pair 1.12
Mean z-score -1.47
Structure conservation index 0.94
SVM decision value 1.51
SVM RNA-class probability 0.960118
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 1041141 90 - 23771897
-GCCGUUUGCUUAAUUUAUAUGUAUCGCCCGUGUAAUUGUCAAUAUGCCAAUAAGCUGCGUGUGGCAAUAUAUAUAAAAAUAAUCGAAUGC
-..((((((.(((.(((((((((((.(((((((((((((.(.....).))))....)))))).))).)))))))))))..))).)))))). ( -21.10)
>DroSec_CAF1 15816 90 - 1
-GCCGUUUGCUUAAUUUAUAUGUAUCGCCCGUGUAAUUGUCAAUAUGCCAAUAAGCUGCGUGUGGCAAUAUAUAUAAAAAUAAUCGAAUGC
-..((((((.(((.(((((((((((.(((((((((((((.(.....).))))....)))))).))).)))))))))))..))).)))))). ( -21.10)
>DroEre_CAF1 18784 90 - 1
-GCCGUUUGCUUAAUGUGUAUGUAUCGUCUAUGUAAUAGUCAAUAUGCCAAUAAGCUGCGUGUGGCAAUAUAUAUAAAAAUAAUCUAAUGC
-((((...(((((.((.((((((...(.((((...)))).).)))))))).)))))......))))......................... ( -16.10)
>DroYak_CAF1 16491 90 - 1
-GCCGUUUGCUUAAUUUAUAUGUAUCGCCCGUGUAAUUGUCAAUAUGCCAAUAAGCUGCGUGUGGCAAUAUAUAUAAAAAUAAUCGAAUGU
-..((((((.(((.(((((((((((.(((((((((((((.(.....).))))....)))))).))).)))))))))))..))).)))))). ( -21.30)
>DroAna_CAF1 14436 91 - 1
CGCCGUUUGCUUAAUUUAUAUGUAUCGCCCGUGUAAUUGUCAAUAUGCCAAUAAGCUGCGUGUGGCAAUAUAUAUAAAAAUAAUCGAAUAC
....(((((.(((.(((((((((((.(((((((((((((.(.....).))))....)))))).))).)))))))))))..))).))))).. ( -19.50)
>consensus
_GCCGUUUGCUUAAUUUAUAUGUAUCGCCCGUGUAAUUGUCAAUAUGCCAAUAAGCUGCGUGUGGCAAUAUAUAUAAAAAUAAUCGAAUGC
...((((((.(((.(((((((((((.(((((((((((((.(.....).))))....)))))).))).)))))))))))..))).)))))). (-18.64 = -18.80 +   0.16)

alignment

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secondary structure

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