| Sequence ID | 3L_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 10,418,594 – 10,418,690 |
| Length | 96 |
| Max. P | 0.980570 |
| Location | 10,418,594 – 10,418,690 |
|---|---|
| Length | 96 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 102 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 77.53 |
| Mean single sequence MFE | -24.14 |
| Consensus MFE | -18.95 |
| Energy contribution | -19.31 |
| Covariance contribution | 0.36 |
| Combinations/Pair | 1.25 |
| Mean z-score | -2.63 |
| Structure conservation index | 0.78 |
| SVM decision value | 1.87 |
| SVM RNA-class probability | 0.980570 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 10418594 96 + 23771897 ---CGUGUUAUAAAAAAAAA---AUACACGACAAAUACCUGAAUAGCGAUUGGAUCGGUGAAAAUUGCGUUGAUUUGACACUGAUCUAGUGCAGUGUUUAUG ---(((((............---..))))).........((((((((.((((((((((((.(((((.....)))))..))))))))))))))..)))))).. ( -24.44) >DroSec_CAF1 289624 97 + 1 ---CGUGUUAAAAAAAAAAA--UACACACGAAAAAUACCUGAAUAGCGAUUGGAUCGGUGAAAAUUGUUUCGAUUUGACACUGAUCUAGUGCAGUGUUUAUG ---(((((............--...))))).........((((((((.((((((((((((.((((((...))))))..))))))))))))))..)))))).. ( -24.26) >DroSim_CAF1 305356 93 + 1 ---CGUGUUAUAAAAAAA-----AUACACGAAAAAUACCUGAAUAGCG-UUGGAUCGGUGAAAAUUGUUUCGAUUUGACACUGAUCUAGUGCAGUGUUUAUG ---(((((..........-----..))))).........(((((((((-(((((((((((.((((((...))))))..))))))))))))))..)))))).. ( -25.60) >DroEre_CAF1 300442 92 + 1 AUUCGUGUUAUACAAAAAAAAAAAUACACGAUAA----------AGCGAUUGGAUCGGUGAAAAUUGCUUUGAUUUGACAUUGAUCUGAUGCAGUGUUUAUG ..((((((.................))))))...----------.((.((..((((((((.(((((.....)))))..))))))))..)))).......... ( -22.33) >DroYak_CAF1 302656 94 + 1 AUUUGUGUUAUAUAAAAAAAAA---ACACGAAAAACACCUGAGUAGCGAUUGGAUCGGUGAAAAUUGCUU-----UGACACUGAUCUAGUGCAGCGUUUAUG .((((((((............)---)))))))..........((.((.((((((((((((..((.....)-----)..)))))))))))))).))....... ( -24.50) >DroAna_CAF1 295700 96 + 1 AUUCGUGUUUGGAUAAAAA------AUAAGGAGAACACCUUGCCAGCGAUGAGAUCGGUGAAAAUUUUGUCGAUUUUACACUGAUCUGGUGCAGUGAUAAUU (((((....))))).....------.(((((......)))))...((.((.(((((((((((((((.....)))))).))))))))).)))).......... ( -23.70) >consensus ___CGUGUUAUAAAAAAAAA___AUACACGAAAAAUACCUGAAUAGCGAUUGGAUCGGUGAAAAUUGCUUCGAUUUGACACUGAUCUAGUGCAGUGUUUAUG ...(((((.................)))))...............((.((((((((((((.(((((.....)))))..)))))))))))))).......... (-18.95 = -19.31 + 0.36)
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