Sequence ID | 3L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 10,339,164 – 10,339,270 |
Length | 106 |
Max. P | 0.999350 |
Location | 10,339,164 – 10,339,270 |
---|---|
Length | 106 |
Sequences | 6 |
Columns | 118 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 87.77 |
Mean single sequence MFE | -37.94 |
Consensus MFE | -37.53 |
Energy contribution | -37.69 |
Covariance contribution | 0.17 |
Combinations/Pair | 1.00 |
Mean z-score | -5.32 |
Structure conservation index | 0.99 |
SVM decision value | 3.53 |
SVM RNA-class probability | 0.999350 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 10339164 106 + 23771897 AU------A-UUUUUUACCUGGUUUUUGCCAUCAGCGAGGUAUAGAGUUCCUACGUUCA--UUAUAAACUCGUAGGAACUUCAUACCGUGCUCUUGGAAGACCAAAAAACAACCA--- ..------.-.........((((((...(((..((((.(((((..((((((((((....--.........))))))))))..))))).))))..))).))))))...........--- ( -38.62) >DroPse_CAF1 231841 115 + 1 AUGUGUGUAUUUUUUUACCUGGUUUUUGCCAUCAGCGAGGUAUAGAGUUCCUACGUUCAUAUUAUAAACUCGUAGGAACUUCAUACCGUGCUCUUGGAAGACCAAAAGACAACGA--- .(((.((((......))).((((((...(((..((((.(((((..((((((((((...............))))))))))..))))).))))..))).))))))..).)))....--- ( -39.66) >DroGri_CAF1 232740 106 + 1 A---------UAUGCUACCUGGUUUUUGCCAUCAGCGAGGUAUAGAGUUCCUACGUUAAAUUUAAAUACUCAUAGGAACUUCAUACCGUGCUCUUGGAAGACCAAAACACAACAA--- .---------.........((((((...(((..((((.(((((..((((((((.(...............).))))))))..))))).))))..))).))))))...........--- ( -32.76) >DroWil_CAF1 331562 109 + 1 A---------UAUGCUACCUGGUUUUUGCCAUCAGCGAGGUAUAGAGUUCCUACGUUCAUUUAAUAAACUCGUAGGAACUUCAUACCGUGCUCUUGGAAGACCAAAAAACAACGUUAC .---------.........((((((...(((..((((.(((((..((((((((((...............))))))))))..))))).))))..))).)))))).............. ( -38.46) >DroMoj_CAF1 283097 106 + 1 G---------UAUGCUACCUGGUUUUUGCCAUCAGCGAGGUAUAGAGUUCCUACGUUCAAUUUAAAUACUCGUAGGAACUUCAUACCGUGCUCUUGGAAGACCAAAACACAACUC--- .---------.........((((((...(((..((((.(((((..((((((((((...............))))))))))..))))).))))..))).))))))...........--- ( -38.46) >DroPer_CAF1 226831 115 + 1 AUGUGUGUAUUUUUUUACCUGGUUUUUGCCAUCAGCGAGGUAUAGAGUUCCUACGUUCAUAUUAUAAACUCGUAGGAACUUCAUACCGUGCUCUUGGAAGACCAAAAGACAACGA--- .(((.((((......))).((((((...(((..((((.(((((..((((((((((...............))))))))))..))))).))))..))).))))))..).)))....--- ( -39.66) >consensus A_________UAUGCUACCUGGUUUUUGCCAUCAGCGAGGUAUAGAGUUCCUACGUUCAUUUUAUAAACUCGUAGGAACUUCAUACCGUGCUCUUGGAAGACCAAAAAACAACGA___ ...................((((((...(((..((((.(((((..((((((((((...............))))))))))..))))).))))..))).)))))).............. (-37.53 = -37.69 + 0.17)
Location | 10,339,164 – 10,339,270 |
---|---|
Length | 106 |
Sequences | 6 |
Columns | 118 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 87.77 |
Mean single sequence MFE | -36.04 |
Consensus MFE | -32.20 |
Energy contribution | -32.06 |
Covariance contribution | -0.14 |
Combinations/Pair | 1.04 |
Mean z-score | -4.09 |
Structure conservation index | 0.89 |
SVM decision value | 3.11 |
SVM RNA-class probability | 0.998479 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 10339164 106 - 23771897 ---UGGUUGUUUUUUGGUCUUCCAAGAGCACGGUAUGAAGUUCCUACGAGUUUAUAA--UGAACGUAGGAACUCUAUACCUCGCUGAUGGCAAAAACCAGGUAAAAAA-U------AU ---((((((((((((((....))))))).))((((((.((((((((((.........--....)))))))))).))))))..((.....))...))))).........-.------.. ( -33.92) >DroPse_CAF1 231841 115 - 1 ---UCGUUGUCUUUUGGUCUUCCAAGAGCACGGUAUGAAGUUCCUACGAGUUUAUAAUAUGAACGUAGGAACUCUAUACCUCGCUGAUGGCAAAAACCAGGUAAAAAAAUACACACAU ---..((..((.(((((....)))))(((..((((((.(((((((((..((((((...))))))))))))))).))))))..)))))..)).........(((......)))...... ( -35.00) >DroGri_CAF1 232740 106 - 1 ---UUGUUGUGUUUUGGUCUUCCAAGAGCACGGUAUGAAGUUCCUAUGAGUAUUUAAAUUUAACGUAGGAACUCUAUACCUCGCUGAUGGCAAAAACCAGGUAGCAUA---------U ---.....(((((((((....)).)))))))((((((.((((((((((..((........)).)))))))))).))))))..((((.(((......)))..))))...---------. ( -36.40) >DroWil_CAF1 331562 109 - 1 GUAACGUUGUUUUUUGGUCUUCCAAGAGCACGGUAUGAAGUUCCUACGAGUUUAUUAAAUGAACGUAGGAACUCUAUACCUCGCUGAUGGCAAAAACCAGGUAGCAUA---------U .......((((.((((((...(((..(((..((((((.(((((((((..((((((...))))))))))))))).))))))..)))..))).....)))))).))))..---------. ( -36.80) >DroMoj_CAF1 283097 106 - 1 ---GAGUUGUGUUUUGGUCUUCCAAGAGCACGGUAUGAAGUUCCUACGAGUAUUUAAAUUGAACGUAGGAACUCUAUACCUCGCUGAUGGCAAAAACCAGGUAGCAUA---------C ---.....(((((((((....)).)))))))((((((.((((((((((..((.......))..)))))))))).))))))..((((.(((......)))..))))...---------. ( -39.10) >DroPer_CAF1 226831 115 - 1 ---UCGUUGUCUUUUGGUCUUCCAAGAGCACGGUAUGAAGUUCCUACGAGUUUAUAAUAUGAACGUAGGAACUCUAUACCUCGCUGAUGGCAAAAACCAGGUAAAAAAAUACACACAU ---..((..((.(((((....)))))(((..((((((.(((((((((..((((((...))))))))))))))).))))))..)))))..)).........(((......)))...... ( -35.00) >consensus ___UCGUUGUCUUUUGGUCUUCCAAGAGCACGGUAUGAAGUUCCUACGAGUUUAUAAAAUGAACGUAGGAACUCUAUACCUCGCUGAUGGCAAAAACCAGGUAAAAAA_________U ............((((((...(((..(((..((((((.((((((((((...............)))))))))).))))))..)))..))).....))))))................. (-32.20 = -32.06 + -0.14)
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