Sequence ID | 3L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 10,256,352 – 10,256,478 |
Length | 126 |
Max. P | 0.998467 |
Location | 10,256,352 – 10,256,444 |
---|---|
Length | 92 |
Sequences | 6 |
Columns | 96 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 89.50 |
Mean single sequence MFE | -33.55 |
Consensus MFE | -29.77 |
Energy contribution | -30.42 |
Covariance contribution | 0.64 |
Combinations/Pair | 1.19 |
Mean z-score | -3.50 |
Structure conservation index | 0.89 |
SVM decision value | 3.11 |
SVM RNA-class probability | 0.998467 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 10256352 92 - 23771897 GCUGCACGCACGCGGUCUCAUUAUUGGGUCAACAAACUGGCUCGAUGAUGGAUCGAUUGCGUAUGCCAUUAAGUCUACAGA----CAAGUGCAAAA ..((((((((..(((((.(((((((((((((......))))))))))))))))))..)))............(((....))----)..)))))... ( -37.50) >DroSec_CAF1 131960 92 - 1 GCUGCACGCACGCGGUCUCAUUAUUGGGUCAACAAACUGGCUCGAUGAUGGAUCGAUUGCGUAUGCCAUUAAGUCUACAGA----CAAGUGCAAAA ..((((((((..(((((.(((((((((((((......))))))))))))))))))..)))............(((....))----)..)))))... ( -37.50) >DroSim_CAF1 137280 92 - 1 GCUGCACGCACGCGGUCUCAUUAUUGGGUCAACAAACUGGCUCGAUGAUGGAUCGAUUGCGUAUGCCAUUAAGUCUACAGA----CAAGUGCAAAA ..((((((((..(((((.(((((((((((((......))))))))))))))))))..)))............(((....))----)..)))))... ( -37.50) >DroEre_CAF1 140727 91 - 1 GCUGCACGCACGCGGUCUCAUUAUUGGGUCGGCAAACUGGCUCCAUGAUGGAUC-AUUGCGUAUGCCAUUUAGUCUACAGA----CAAGUGCAAAA ..(((((((((((((((.((((((.(((((((....))))))).))))))))))-...))))..))......(((....))----)..)))))... ( -33.00) >DroYak_CAF1 138998 92 - 1 GCUGCACGCACGCGGUCUCAUUAUUGGGUCAGCAAACUGGCUCCAUGAUGGAUCGAUUGCGUAUGCCAUUUAGUCUACAGA----CCAGUGCAAAA ..((((((((..(((((.((((((.(((((((....))))))).)))))))))))..)))(((.((......)).)))...----...)))))... ( -35.50) >DroAna_CAF1 144724 95 - 1 GCCG-AUGCACGCGCUCUCAUUACCAGGUCCACAAACUGGCUCGAUGAUGGAUCGAUUCCAUAUAACAUUAAGUAUAUGCACAAUCUAGUGCGAAA ((..-..)).(((((..(((((.((((.........))))...)))))(((((.(....((((((........))))))..).))))))))))... ( -20.30) >consensus GCUGCACGCACGCGGUCUCAUUAUUGGGUCAACAAACUGGCUCGAUGAUGGAUCGAUUGCGUAUGCCAUUAAGUCUACAGA____CAAGUGCAAAA ..((((((((..(((((.(((((((((((((......))))))))))))))))))..)))(((.((......)).)))..........)))))... (-29.77 = -30.42 + 0.64)
Location | 10,256,382 – 10,256,478 |
---|---|
Length | 96 |
Sequences | 6 |
Columns | 96 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 91.04 |
Mean single sequence MFE | -30.87 |
Consensus MFE | -25.86 |
Energy contribution | -27.08 |
Covariance contribution | 1.22 |
Combinations/Pair | 1.13 |
Mean z-score | -1.71 |
Structure conservation index | 0.84 |
SVM decision value | 0.09 |
SVM RNA-class probability | 0.580443 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 10256382 96 - 23771897 AGUUGUUGCGCCAAUGCUCCCGAAAAUUUUGUAGGCUGCACGCACGCGGUCUCAUUAUUGGGUCAACAAACUGGCUCGAUGAUGGAUCGAUUGCGU .......(((((..(((.............)))))).))(((((..(((((.(((((((((((((......))))))))))))))))))..))))) ( -35.62) >DroSec_CAF1 131990 96 - 1 AGUUGUUGCUCCAAUGCUCCCGAAAAUUAAGUAGGCUGCACGCACGCGGUCUCAUUAUUGGGUCAACAAACUGGCUCGAUGAUGGAUCGAUUGCGU .((((......))))((..((............))..))(((((..(((((.(((((((((((((......))))))))))))))))))..))))) ( -33.90) >DroSim_CAF1 137310 96 - 1 AGUUGUUGCGCCAAAGCUACCGAAAAUUAAGUAGGCUGCACGCACGCGGUCUCAUUAUUGGGUCAACAAACUGGCUCGAUGAUGGAUCGAUUGCGU .......(((((...(((...........))).))).))(((((..(((((.(((((((((((((......))))))))))))))))))..))))) ( -35.30) >DroEre_CAF1 140757 95 - 1 AGUUGUUGCACCAAUGCUCCCGAAAAUUAAGUAGGCUGCACGCACGCGGUCUCAUUAUUGGGUCGGCAAACUGGCUCCAUGAUGGAUC-AUUGCGU .......(((((..((((...........)))))).)))(((((...((((.((((((.(((((((....))))))).))))))))))-..))))) ( -28.60) >DroYak_CAF1 139028 96 - 1 AGUUGUUGCGCCAAUGCUCCCGAAAAUUAAGUAGGCUGCACGCACGCGGUCUCAUUAUUGGGUCAGCAAACUGGCUCCAUGAUGGAUCGAUUGCGU .......(((((..((((...........))))))).))(((((..(((((.((((((.(((((((....))))))).)))))))))))..))))) ( -34.80) >DroAna_CAF1 144758 95 - 1 AGUUGUUGCAACGAUGCCACCGAAAAUUAAGUACGCCG-AUGCACGCGCUCUCAUUACCAGGUCCACAAACUGGCUCGAUGAUGGAUCGAUUCCAU ........((.(((.((((((........((..(((..-......)))..))........))).........)))))).))(((((.....))))) ( -16.99) >consensus AGUUGUUGCGCCAAUGCUCCCGAAAAUUAAGUAGGCUGCACGCACGCGGUCUCAUUAUUGGGUCAACAAACUGGCUCGAUGAUGGAUCGAUUGCGU .((((......))))((..((............))..))(((((..(((((.(((((((((((((......))))))))))))))))))..))))) (-25.86 = -27.08 + 1.22)
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