Locus 3461

Sequence ID	3L_DroMel_CAF1
Location	10,170,997 – 10,171,089
Length	92
Max. P	0.949285

overview

Window 0

Location	10,170,997 – 10,171,089
Length	92
Sequences	6
Columns	104
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	80.74
Mean single sequence MFE	-35.07
Consensus MFE	-19.44
Energy contribution	-19.67
Covariance contribution	0.22
Combinations/Pair	1.10
Mean z-score	-2.68
Structure conservation index	0.55
SVM decision value	0.89
SVM RNA-class probability	0.875188
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 10170997 92 + 23771897
----------GUCAUUGUUGUG-UUG-UGCUGCUGUUGUUGCCACUGCUGGUGGCUUUUAAGUCAUGACAAUCAGCACGACCAACAGCCAGCGGCAAUGGCAAU
----------((((((((((.(-(((-(((((..(((((((((((.....)))))...........))))))))))))))))))).(((...)))))))))... ( -38.10)
>DroPse_CAF1 59148 88 + 1
-------GAUUUCAUUGUUGCCAUUGUUGCUGCUGCUGUUG---CUUUUGGUGGCUUUUUAGUCAUGACAAUCAGCACGGCCAACAGCCAACGGCU------AU
-------............(((.(((..((((..(((((.(---((.(((((((((....))))))..)))..))))))))...))))))).))).------.. ( -26.50)
>DroSec_CAF1 47781 102 + 1
GGGAAUGGCUGUCAUUGUUGCG-UUG-UGCUGCUGUUGCUGCCACUACUGGUGGCUUUUUAGUCAUGACAAUCAACACGACCAACAGCCAGCGGCAAUGGCAAU
.........(((((((((((((-...-..).(((((((..(((((.....)))))......(((.((........)).))))))))))..)))))))))))).. ( -36.10)
>DroSim_CAF1 51719 102 + 1
GGGAAUGGCUGUCAUUGUUGCG-UUG-UGCUGCUGUUGUUGCCACUACUGGUGGCUUUUUAGUCAUGACAAUCAGCACGACCAACAGCCAGCGGCAAUGGCAAU
.........(((((((((((.(-(((-(((((..(((((((((((.....)))))...........))))))))))))))))))).(((...)))))))))).. ( -38.90)
>DroYak_CAF1 50857 103 + 1
GGGCAUGGCUGUCAUUGCUGUG-CUGCUGCUGCUGUUGUUGCCAUUGGUGGUGGCUUUUUAGUCAUGACAAUCAGCACGACCAACAGCCAGCGGCUAUGGCAAU
.((((....))))(((((((((-((((((..(((((((.(((.....((.((((((....)))))).)).....)))....)))))))))))))).)))))))) ( -43.30)
>DroPer_CAF1 59043 88 + 1
-------GAUCUCAUUGUUGCCAUUGUUGGUGCUGCUGUUG---CUUUUGGUGGCUUUUUAGUCAUGACAAUCAGCACGGCCAACAGCCAACGGCU------AU
-------.......((((((...((((((((..((((((((---....(.((((((....)))))).)))).)))))..)))))))).))))))..------.. ( -27.50)
>consensus
_______GCUGUCAUUGUUGCG_UUG_UGCUGCUGUUGUUGCCACUACUGGUGGCUUUUUAGUCAUGACAAUCAGCACGACCAACAGCCAGCGGCAAUGGCAAU
............................(((((((((((((.........((((((....)))))).....((.....)).)))))).)))))))......... (-19.44 = -19.67 +   0.22)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 1

Location	10,170,997 – 10,171,089
Length	92
Sequences	6
Columns	104
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	80.74
Mean single sequence MFE	-31.47
Consensus MFE	-22.15
Energy contribution	-23.35
Covariance contribution	1.20
Combinations/Pair	1.14
Mean z-score	-2.94
Structure conservation index	0.70
SVM decision value	1.39
SVM RNA-class probability	0.949285
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 10170997 92 - 23771897
AUUGCCAUUGCCGCUGGCUGUUGGUCGUGCUGAUUGUCAUGACUUAAAAGCCACCAGCAGUGGCAACAACAGCAGCA-CAA-CACAACAAUGAC----------
.((((((((((.(.(((((...((((((((.....).)))))))....))))).).))))))))))...........-...-............---------- ( -34.30)
>DroPse_CAF1 59148 88 - 1
AU------AGCCGUUGGCUGUUGGCCGUGCUGAUUGUCAUGACUAAAAAGCCACCAAAAG---CAACAGCAGCAGCAACAAUGGCAACAAUGAAAUC-------
..------.((((((((((((((....((((..(((...((.((....)).)).))).))---))....)))))))..)))))))............------- ( -25.90)
>DroSec_CAF1 47781 102 - 1
AUUGCCAUUGCCGCUGGCUGUUGGUCGUGUUGAUUGUCAUGACUAAAAAGCCACCAGUAGUGGCAGCAACAGCAGCA-CAA-CGCAACAAUGACAGCCAUUCCC
..(((((((((.(.(((((.(((((((((........)))))))))..))))).).)))))))))((....)).((.-...-.))................... ( -34.90)
>DroSim_CAF1 51719 102 - 1
AUUGCCAUUGCCGCUGGCUGUUGGUCGUGCUGAUUGUCAUGACUAAAAAGCCACCAGUAGUGGCAACAACAGCAGCA-CAA-CGCAACAAUGACAGCCAUUCCC
.((((((((((.(.(((((.((((((((((.....).)))))))))..))))).).))))))))))........((.-...-.))................... ( -34.50)
>DroYak_CAF1 50857 103 - 1
AUUGCCAUAGCCGCUGGCUGUUGGUCGUGCUGAUUGUCAUGACUAAAAAGCCACCACCAAUGGCAACAACAGCAGCAGCAG-CACAGCAAUGACAGCCAUGCCC
(((((....((.((((((((((((((((((.....).))))))......((((.......))))..)))))))..)))).)-)...)))))............. ( -34.40)
>DroPer_CAF1 59043 88 - 1
AU------AGCCGUUGGCUGUUGGCCGUGCUGAUUGUCAUGACUAAAAAGCCACCAAAAG---CAACAGCAGCACCAACAAUGGCAACAAUGAGAUC-------
..------.((((((((((((((....((((..(((...((.((....)).)).))).))---)).))))))).....)))))))............------- ( -24.80)
>consensus
AUUGCCAUAGCCGCUGGCUGUUGGUCGUGCUGAUUGUCAUGACUAAAAAGCCACCAGAAGUGGCAACAACAGCAGCA_CAA_CGCAACAAUGACAGC_______
............((((.(((((((((((((.....).))))))......(((((.....)))))..))))))))))............................ (-22.15 = -23.35 +   1.20)

alignment

secondary structure

dotplot

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