Locus 3449

Sequence ID	3L_DroMel_CAF1
Location	10,110,948 – 10,111,044
Length	96
Max. P	0.999632

overview

Window 6

Location	10,110,948 – 10,111,044
Length	96
Sequences	5
Columns	96
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	92.62
Mean single sequence MFE	-28.12
Consensus MFE	-24.58
Energy contribution	-23.98
Covariance contribution	-0.60
Combinations/Pair	1.13
Mean z-score	-2.75
Structure conservation index	0.87
SVM decision value	3.81
SVM RNA-class probability	0.999632
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 10110948 96 + 23771897
UGUUUCCAUGUUGGUAACUGUGUGCAGUGCGUGUUCUAUAUGUGUUAUCAUUGGCAUUGUAAAACAAGUCACUUAACACACAAACAGCAUACACAG
.......((((((.....((((((.(((((.((((.((((.((((((....)))))))))).)))).).))))...))))))..))))))...... ( -24.80)
>DroSec_CAF1 49916 94 + 1
UGUAUCCCUGUUGGUAACUGUGUGCAGUGCGUGUUGUAUAUGUGUUAUCAUUGGCAUUGUAAAACAAGUCACUUAACACACAAACAGCAUACAC--
(((((..(((((......((((((.(((((.((((.((((.((((((....)))))))))).)))).).))))...))))))))))).))))).-- ( -24.50)
>DroSim_CAF1 50953 94 + 1
UGUAUCCCUGUUGGUAACUGUGUGCAGUGCGUGUUGUAUAUGUGUUAUCAUUGGCAUUGUAAAACAAGUCACUUAACACACAAACAGCAUACAC--
(((((..(((((......((((((.(((((.((((.((((.((((((....)))))))))).)))).).))))...))))))))))).))))).-- ( -24.50)
>DroEre_CAF1 54620 94 + 1
UGUAUCCCUCUUGGCAACUGUGUGCAGUGCGCGUUGUAUGUGUGUUAUCAUUGGCAUUGUAAAACAAGUCACUUAACACACAAACAGCGCACAC--
(((..........(((.(((....))))))(((((((.(((((((((....((((.(((.....)))))))..))))))))).)))))))))).-- ( -35.20)
>DroYak_CAF1 52797 94 + 1
UGUAUCCCUCUCGGUAGCUGUGUGCAGUGCGUGUUGUGUAUGUGUUAUCAUUGGCAUUGUAAAACAAGUCACUUAACACAGAGACAGCAUGCAC--
..((((......))))((.....)).(((((((((((.(.(((((((....((((.(((.....)))))))..))))))).).)))))))))))-- ( -31.60)
>consensus
UGUAUCCCUGUUGGUAACUGUGUGCAGUGCGUGUUGUAUAUGUGUUAUCAUUGGCAUUGUAAAACAAGUCACUUAACACACAAACAGCAUACAC__
(((..........(((.(((....))))))(((((((.(.(((((((....((((.(((.....)))))))..))))))).).))))))))))... (-24.58 = -23.98 +  -0.60)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 7

Location	10,110,948 – 10,111,044
Length	96
Sequences	5
Columns	96
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	92.62
Mean single sequence MFE	-24.52
Consensus MFE	-20.64
Energy contribution	-20.64
Covariance contribution	0.00
Combinations/Pair	1.14
Mean z-score	-2.01
Structure conservation index	0.84
SVM decision value	1.89
SVM RNA-class probability	0.981684
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 10110948 96 - 23771897
CUGUGUAUGCUGUUUGUGUGUUAAGUGACUUGUUUUACAAUGCCAAUGAUAACACAUAUAGAACACGCACUGCACACAGUUACCAACAUGGAAACA
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>DroSec_CAF1 49916 94 - 1
--GUGUAUGCUGUUUGUGUGUUAAGUGACUUGUUUUACAAUGCCAAUGAUAACACAUAUACAACACGCACUGCACACAGUUACCAACAGGGAUACA
--(((((((((((((((((((((..((.((((.....))).).))....)))))))))...)))).))).)))))...((..((....))...)). ( -22.90)
>DroSim_CAF1 50953 94 - 1
--GUGUAUGCUGUUUGUGUGUUAAGUGACUUGUUUUACAAUGCCAAUGAUAACACAUAUACAACACGCACUGCACACAGUUACCAACAGGGAUACA
--(((((((((((((((((((((..((.((((.....))).).))....)))))))))...)))).))).)))))...((..((....))...)). ( -22.90)
>DroEre_CAF1 54620 94 - 1
--GUGUGCGCUGUUUGUGUGUUAAGUGACUUGUUUUACAAUGCCAAUGAUAACACACAUACAACGCGCACUGCACACAGUUGCCAAGAGGGAUACA
--(((((((.(((.(((((((((..((.((((.....))).).))....))))))))).))).)))))))........((..((.....))..)). ( -29.50)
>DroYak_CAF1 52797 94 - 1
--GUGCAUGCUGUCUCUGUGUUAAGUGACUUGUUUUACAAUGCCAAUGAUAACACAUACACAACACGCACUGCACACAGCUACCGAGAGGGAUACA
--(((((((((((...(((((...(((..(((((.............))))))))..)))))))).))).))))).......((....))...... ( -22.32)
>consensus
__GUGUAUGCUGUUUGUGUGUUAAGUGACUUGUUUUACAAUGCCAAUGAUAACACAUAUACAACACGCACUGCACACAGUUACCAACAGGGAUACA
..(((((((((((((((((((((..((.((((.....))).).))....)))))))))...)))).))).))))).......((.....))..... (-20.64 = -20.64 +   0.00)

alignment

secondary structure

dotplot

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