Locus 3442

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 10,100,151 – 10,100,252
Length 101
Max. P 0.603413
window5374

overview

Window 4

Location 10,100,151 – 10,100,252
Length 101
Sequences 6
Columns 114
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 80.79
Mean single sequence MFE -32.65
Consensus MFE -19.83
Energy contribution -20.95
Covariance contribution 1.12
Combinations/Pair 1.34
Mean z-score -1.74
Structure conservation index 0.61
SVM decision value 0.14
SVM RNA-class probability 0.603413
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 10100151 101 - 23771897
---------CGAGUGUGUGGUUAUCUGAGUUGAUUUAUUGGCCAGGUCAAAGUCGCAGCCGAGUUUGGGCCAUAACUCAAAGCGA----GCUACUUGGACCACAAAUAUUUGCU
---------(((((((((((((...(((((((......(((((....((((.(((....))).))))))))))))))))...(((----(...)))))))))))..)))))).. ( -30.50)
>DroPse_CAF1 42634 101 - 1
-------UGUGUGUGUGUGG----GCUAGUUGAUUUAUUGGCCAGGCCAAAGCCACAGCACAGCUC--GCCAUAACUCAAAUACACGCCGCCCCUUGGACCACAAAUAUUUGCU
-------.((((((..((.(----((.(((((.....(((((...))))).((....)).))))).--)))...))....))))))((......(((.....)))......)). ( -26.20)
>DroSec_CAF1 39083 101 - 1
---------CGAGUGUGUGGUUAUCUGAGUUGAUUUAUUGGCCAGGCCAAAGUCGCAGCCGGGUUUGGGCUAUAACUCAAAGCGA----GCUACUUGGACCACAAAUAUUUGCU
---------(((((((((((((...(((((((((((..((((...)))))))))..((((.......))))..))))))...(((----(...)))))))))))..)))))).. ( -29.30)
>DroSim_CAF1 39888 101 - 1
---------CGAGUGUGUGGUUAUCUGAGUUGAUUUAUUGGCCAGGCCAAAGUCGCAGCCGGGUUUGGGCCAUAACUCAAAGCGA----GCUACUUGGACCACAAAUAUUUGCU
---------(((((((((((((...(((((((......((((((((((...((....))..))))).))))))))))))...(((----(...)))))))))))..)))))).. ( -31.00)
>DroEre_CAF1 43448 100 - 1
---------UGAGUGUGUGGUUGUCUGAGUUGAUUUAUUGGCCAGGCCA-AGUCGCAGCCGGGCUUGGCCCAUAACUCAAAGCGA----GCUACUUGGACCACAAAUAUUUGCU
---------.((((((...((.(((..((((((.((((.(((((((((.-.((....))..))))))))).)))).))).((...----.)))))..))).))..))))))... ( -37.30)
>DroAna_CAF1 36850 108 - 1
ACACACGCAUAGAUGUGU--GUAUUUGAGUUGAUUUAUUGGCCCGGCCAAAGCCACACUCGGCCCUUGGCCAUAACUCAAAGCGG----GCUACUUGGUCCGCAAAUAUUUGCU
..(((((((....)))))--)).(((((((((......(((((.((((............))))...))))))))))))))((((----(((....)))))))........... ( -41.60)
>consensus
_________CGAGUGUGUGGUUAUCUGAGUUGAUUUAUUGGCCAGGCCAAAGUCGCAGCCGGGCUUGGGCCAUAACUCAAAGCGA____GCUACUUGGACCACAAAUAUUUGCU
.........(((((((((((((...(((((((......((((((((((...((....))..))))).)))))))))))).(((......))).....)))))))..)))))).. (-19.83 = -20.95 +   1.12)

alignment

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