Locus 3370

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 9,848,992 – 9,849,140
Length 148
Max. P 0.917981
window5265 window5266 window5267

overview

Window 5

Location 9,848,992 – 9,849,084
Length 92
Sequences 5
Columns 94
Reading direction forward
Mean pairwise identity 83.85
Mean single sequence MFE -27.02
Consensus MFE -18.86
Energy contribution -18.46
Covariance contribution -0.40
Combinations/Pair 1.26
Mean z-score -2.35
Structure conservation index 0.70
SVM decision value 1.11
SVM RNA-class probability 0.916831
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 9848992 92 + 23771897
AGGUUUGCAGGUUUGUAAACAUAAUUGAGCAUUGCAGAUGGAAAUCUCGGUUGUGGCCUAGUC--AGAUGGCGAUAGGCUAUCUUAGCUAGAGA
..((((((......))))))(((((((((.(((.........))))))))))))...(((((.--(((((((.....)))))))..)))))... ( -26.30)
>DroSec_CAF1 10004 88 + 1
AGGUUUGCAGG----UAAACAUAAUUGAGCACCGCAGAUGGAAAUCUCGGAUGUGGCCUAGUC--AGAUGGCGGUAGGCUAUCUUAGCUAGAGA
..(((((....----)))))........((((((.((((....))))))).)))...(((((.--(((((((.....)))))))..)))))... ( -26.80)
>DroSim_CAF1 9868 87 + 1
AGGU-UGCAGG----UAAACAUAAUUGAGCACCGCAGAUGGAAAUCUCGGAUGUGGCCUAGUC--AGAUGGCGAUAGGCUAUCUUAGCUAGAGA
.(((-..((..----....((....))....(((.((((....))))))).))..)))((((.--(((((((.....)))))))..)))).... ( -27.60)
>DroYak_CAF1 10788 84 + 1
AGGUUU--------GUAGACAUAAUUGAUCGCUGCAGAUGGAAAUCUCGGAUGUGGCUAAGUC--AGAUGGCGAUAGGCUAUCUUGGCUGGAGA
.((((.--------.((....))...))))((..((..(((.....)))..))..))..((((--(((((((.....)))))).)))))..... ( -22.90)
>DroAna_CAF1 9457 86 + 1
AGGUCU--------GUAAACAUAAUUGAGUGCUGCAGAUGGAGAUCUCAAGUGGGGUCUAGUCGGAGAUGGCGAUAGGCUAUCUCGGCUGGAGA
..((((--------(((.((........))..)))))))..(((((((....)))))))(((((.(((((((.....))))))))))))..... ( -31.50)
>consensus
AGGUUUGCAGG___GUAAACAUAAUUGAGCACUGCAGAUGGAAAUCUCGGAUGUGGCCUAGUC__AGAUGGCGAUAGGCUAUCUUAGCUAGAGA
...................((((.(((((..((......))....))))).))))..(((((...(((((((.....)))))))..)))))... (-18.86 = -18.46 +  -0.40)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 6

Location 9,849,010 – 9,849,104
Length 94
Sequences 5
Columns 96
Reading direction forward
Mean pairwise identity 86.39
Mean single sequence MFE -30.22
Consensus MFE -20.82
Energy contribution -21.34
Covariance contribution 0.52
Combinations/Pair 1.19
Mean z-score -2.13
Structure conservation index 0.69
SVM decision value 0.47
SVM RNA-class probability 0.749684
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 9849010 94 + 23771897
ACAUAAUUGAGCAUUGCAGAUGGAAAUCUCGGUUGUGGCCUAGUC--AGAUGGCGAUAGGCUAUCUUAGCUAGAGAUUUGAUUUCUGUCAUCGAAG
......((((.....(((((...((((((((((((((((((((((--....)))..))))))))...)))).)))))))....)))))..)))).. ( -27.30)
>DroSec_CAF1 10018 94 + 1
ACAUAAUUGAGCACCGCAGAUGGAAAUCUCGGAUGUGGCCUAGUC--AGAUGGCGGUAGGCUAUCUUAGCUAGAGAUUUGAUGUCUGUCAGCCAAG
..........((((((.((((....))))))).)))((((((((.--(((((((.....)))))))..)))))((((.....))))....)))... ( -30.70)
>DroSim_CAF1 9881 94 + 1
ACAUAAUUGAGCACCGCAGAUGGAAAUCUCGGAUGUGGCCUAGUC--AGAUGGCGAUAGGCUAUCUUAGCUAGAGAUUUGAUGUCUGUUAGCCAAG
..........((((((.((((....))))))).)))((((((((.--(((((((.....)))))))..)))))((((.....))))....)))... ( -30.70)
>DroYak_CAF1 10798 94 + 1
ACAUAAUUGAUCGCUGCAGAUGGAAAUCUCGGAUGUGGCUAAGUC--AGAUGGCGAUAGGCUAUCUUGGCUGGAGAUUUGAUGUCUUUGAGCCCAG
.............(((.((((....))))))).((.((((.((((--(((((((.....)))))).)))))((((((.....)))))).)))))). ( -29.60)
>DroAna_CAF1 9467 96 + 1
ACAUAAUUGAGUGCUGCAGAUGGAGAUCUCAAGUGGGGUCUAGUCGGAGAUGGCGAUAGGCUAUCUCGGCUGGAGACUUGAUGCUUUUGAGCCAAG
.....((..(((.((.(((....(((((((....)))))))...(.((((((((.....)))))))).)))).)))))..))(((....))).... ( -32.80)
>consensus
ACAUAAUUGAGCACUGCAGAUGGAAAUCUCGGAUGUGGCCUAGUC__AGAUGGCGAUAGGCUAUCUUAGCUAGAGAUUUGAUGUCUGUCAGCCAAG
...............(((((((.(((((((((......))((((...(((((((.....)))))))..)))))))))))..)))))))........ (-20.82 = -21.34 +   0.52)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 7

Location 9,849,049 – 9,849,140
Length 91
Sequences 6
Columns 97
Reading direction forward
Mean pairwise identity 75.12
Mean single sequence MFE -25.80
Consensus MFE -11.93
Energy contribution -14.40
Covariance contribution 2.47
Combinations/Pair 1.09
Mean z-score -2.23
Structure conservation index 0.46
SVM decision value 1.12
SVM RNA-class probability 0.917981
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 9849049 91 + 23771897
CUAGUC--AGAUGGCGAUAGGCUAUCUUAGCUAGAGAUUUGAUUUCUGUCAUCGAAGUCGGGUAUAAUCCUAGAUCAGAUUAUUGAGUUAUAA----
(((((.--(((((((.....)))))))..))))).((((..((.((((((..((....))((......))..)).))))..))..))))....---- ( -23.90)
>DroSec_CAF1 10057 90 + 1
CUAGUC--AGAUGGCGGUAGGCUAUCUUAGCUAGAGAUUUGAUGUCUGUCAGCCAAGUAGGGUAUAAUCCUAGAUCAGAU-AUUGAGUUAUAA----
(((((.--(((((((.....)))))))..))))).((((..(((((((((.......((((((...)))))))).)))))-))..))))....---- ( -29.11)
>DroSim_CAF1 9920 91 + 1
CUAGUC--AGAUGGCGAUAGGCUAUCUUAGCUAGAGAUUUGAUGUCUGUUAGCCAAGUCGGGUAUAAUCCUAGAUCAGAUUAUUGAGUUAUUA----
(((((.--(((((((.....)))))))..))))).((((..(((((((........((((((......))).))))))).)))..))))....---- ( -23.90)
>DroEre_CAF1 10320 86 + 1
-----------UGGCGAUAGGCUAUCUUAGCUGGAGAUUUGAUGUCUGCGAGCCAAGUCGGGUAUAAUCCUAGAUCAGAUUAAUAAGUUGGAACUUG
-----------((((....(((((...)))))(.((((.....)))).)..)))).((((((......))).)))........(((((....))))) ( -16.90)
>DroYak_CAF1 10837 94 + 1
UAAGUC--AGAUGGCGAUAGGCUAUCUUGGCUGGAGAUUUGAUGUCUUUGAGCCCAGUUGGGUAUAAUCCUAGAUCAGCUU-UUAAGUUUAAUCUUG
..((((--(((((((.....)))))).))))).((((((.(((......((((....(((((......)))))....))))-....))).)))))). ( -27.30)
>DroAna_CAF1 9506 78 + 1
CUAGUCGGAGAUGGCGAUAGGCUAUCUCGGCUGGAGACUUGAUGCUUUUGAGCCAAGUUUGGG----------CUCAGAUUAAGG---CAA------
(((((((.(((((((.....))))))))))))))........((((((((((((.......))----------))))))....))---)).------ ( -33.70)
>consensus
CUAGUC__AGAUGGCGAUAGGCUAUCUUAGCUAGAGAUUUGAUGUCUGUGAGCCAAGUCGGGUAUAAUCCUAGAUCAGAUUAUUGAGUUAUAA____
(((((...(((((((.....)))))))..))))).((((((((........(((......)))..........))))))))................ (-11.93 = -14.40 +   2.47)

alignment

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secondary structure

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