Locus 3346

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 9,816,646 – 9,816,795
Length 149
Max. P 0.999007
window5213 window5214 window5215

overview

Window 3

Location 9,816,646 – 9,816,764
Length 118
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 85.87
Mean single sequence MFE -30.96
Consensus MFE -23.68
Energy contribution -24.68
Covariance contribution 1.00
Combinations/Pair 1.00
Mean z-score -1.51
Structure conservation index 0.76
SVM decision value -0.02
SVM RNA-class probability 0.522630
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 9816646 118 + 23771897
CGGGGUCUUAGCAUCUGCUUUUCGAUAUCUCGCAC--UCAGAUCUCUCUGUUCUUGUCCCAGGCUAGUAUAUGCAACCAAGACAAAAACAGAGCCAAUUGUUCAAUAAUGUUAUAAGUAA
.(((((((.(((....)))...(((....)))...--..))))).(((((((.(((((....((........))......))))).)))))))))......................... ( -23.20)
>DroSec_CAF1 110722 115 + 1
CGGGGUCUUAGCAUCUGCUCUUCGAGAUCUCGCAC--UCAGAUCCCUCUGUUCUUGUCCCAGGCUCGU--ACGCAACCGAGACAAAAACAGAGCUAAGUGUUCAAUAA-AUUAUAAGCAA
.(((((((((((....)))....))))))))((((--(.((....(((((((.((((((...((....--..))....).))))).))))))))).))))).......-........... ( -32.00)
>DroSim_CAF1 114057 115 + 1
CGGGGUCUUAGCAUCUGCUCUUCGAGAUCUCGCAC--UCAGAUCCCUCUGUUCUUGUCCCAGGCUCGU--ACGCAACCGAGACAAAAACAGAGCUAAUUGUUCAAUAA-AUUAUAAGCAA
.(((((((((((....)))....))))))))((..--........(((((((.((((((...((....--..))....).))))).))))))).(((((........)-))))...)).. ( -30.00)
>DroEre_CAF1 113599 113 + 1
CGGGGUCUUAGCAUCUGCACUUCGAGAUCUCGCGC--UCGGU--UCUCUGUUCUGGUCCCAGGCUCAU--GCGCAACCGAGACAAGAACAGAGUUAAAUGUUUGACAA-AUUACAAGCAA
(((((((((.((....)).....))))))))).((--((.((--(((.(((..((((.....((....--..)).))))..)))))))).))))....((((((....-....)))))). ( -32.70)
>DroYak_CAF1 123637 115 + 1
CGGGGUCUUAGCAUCUGCACUUCGAGAUCUCGCAGUGUCAGU--UCUCUGUUCUGGUCACAGGCUCAU--ACGCAACUGAGACGAGAACAGAGGUAAAUGUUUAACAA-AUUACAAGCAA
..........((..(((((((.(((....))).)))).))).--((((((((((.(((.(((((....--..))..))).))).))))))))))..............-.......)).. ( -36.90)
>consensus
CGGGGUCUUAGCAUCUGCUCUUCGAGAUCUCGCAC__UCAGAUCUCUCUGUUCUUGUCCCAGGCUCGU__ACGCAACCGAGACAAAAACAGAGCUAAAUGUUCAAUAA_AUUAUAAGCAA
((((((((((((....)))....))))))))).............(((((((.(((((....((........))......))))).)))))))........................... (-23.68 = -24.68 +   1.00)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 4

Location 9,816,646 – 9,816,764
Length 118
Sequences 5
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 85.87
Mean single sequence MFE -37.28
Consensus MFE -31.08
Energy contribution -31.88
Covariance contribution 0.80
Combinations/Pair 1.13
Mean z-score -2.31
Structure conservation index 0.83
SVM decision value 1.87
SVM RNA-class probability 0.980588
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 9816646 118 - 23771897
UUACUUAUAACAUUAUUGAACAAUUGGCUCUGUUUUUGUCUUGGUUGCAUAUACUAGCCUGGGACAAGAACAGAGAGAUCUGA--GUGCGAGAUAUCGAAAAGCAGAUGCUAAGACCCCG
.........................((((((((((((((((..(..((........)))..))))))))))))))(((((((.--...(((....))).....))))).))......)). ( -34.40)
>DroSec_CAF1 110722 115 - 1
UUGCUUAUAAU-UUAUUGAACACUUAGCUCUGUUUUUGUCUCGGUUGCGU--ACGAGCCUGGGACAAGAACAGAGGGAUCUGA--GUGCGAGAUCUCGAAGAGCAGAUGCUAAGACCCCG
((((((.....-........((((((((((((((((((((((((..((..--....)))))))))))))))))))....))))--)))(((....)))..)))))).............. ( -41.30)
>DroSim_CAF1 114057 115 - 1
UUGCUUAUAAU-UUAUUGAACAAUUAGCUCUGUUUUUGUCUCGGUUGCGU--ACGAGCCUGGGACAAGAACAGAGGGAUCUGA--GUGCGAGAUCUCGAAGAGCAGAUGCUAAGACCCCG
((((((.....-................((((((((((((((((..((..--....))))))))))))))))))(((((((..--.....)))))))...)))))).............. ( -38.10)
>DroEre_CAF1 113599 113 - 1
UUGCUUGUAAU-UUGUCAAACAUUUAACUCUGUUCUUGUCUCGGUUGCGC--AUGAGCCUGGGACCAGAACAGAGA--ACCGA--GCGCGAGAUCUCGAAGUGCAGAUGCUAAGACCCCG
...((((..((-((((...((......(((((((((.(((((((..((..--....))))))))).))))))))).--..(((--((....)..))))..))))))))..))))...... ( -36.30)
>DroYak_CAF1 123637 115 - 1
UUGCUUGUAAU-UUGUUAAACAUUUACCUCUGUUCUCGUCUCAGUUGCGU--AUGAGCCUGUGACCAGAACAGAGA--ACUGACACUGCGAGAUCUCGAAGUGCAGAUGCUAAGACCCCG
...((((((..-...............(((((((((.(((.(((..((..--....))))).))).))))))))).--.(((.((((.(((....))).))))))).))).)))...... ( -36.30)
>consensus
UUGCUUAUAAU_UUAUUGAACAAUUAGCUCUGUUUUUGUCUCGGUUGCGU__ACGAGCCUGGGACAAGAACAGAGAGAUCUGA__GUGCGAGAUCUCGAAGAGCAGAUGCUAAGACCCCG
...((((....................(((((((((((((((((..((........)))))))))))))))))))..(((((......(((....))).....)))))..))))...... (-31.08 = -31.88 +   0.80)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 5

Location 9,816,684 – 9,816,795
Length 111
Sequences 5
Columns 111
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 87.98
Mean single sequence MFE -32.64
Consensus MFE -29.66
Energy contribution -29.54
Covariance contribution -0.12
Combinations/Pair 1.15
Mean z-score -2.51
Structure conservation index 0.91
SVM decision value 3.32
SVM RNA-class probability 0.999007
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 9816684 111 - 23771897
UAUACUAACGUCUAGCGAGGGGUAAGAGAAAUUACUUAUAACAUUAUUGAACAAUUGGCUCUGUUUUUGUCUUGGUUGCAUAUACUAGCCUGGGACAAGAACAGAGAGAUC
.........((((.....(..(((((........)))))..)................((((((((((((((..(..((........)))..)))))))))))))))))). ( -30.50)
>DroSec_CAF1 110760 108 - 1
UAUACUAACGUCUAGCGAGGGGUAAGAGAAAUUGCUUAUAAU-UUAUUGAACACUUAGCUCUGUUUUUGUCUCGGUUGCGU--ACGAGCCUGGGACAAGAACAGAGGGAUC
....((((.((.(((..((..(((((........)))))..)-)..))).))..))))(((((((((((((((((..((..--....)))))))))))))))))))..... ( -33.40)
>DroSim_CAF1 114095 108 - 1
UAUACUAACGUCUAGCGAGGGGUAAGAGAAAUUGCUUAUAAU-UUAUUGAACAAUUAGCUCUGUUUUUGUCUCGGUUGCGU--ACGAGCCUGGGACAAGAACAGAGGGAUC
....((.((.(((....))).)).))...(((((.(((....-....))).)))))..(((((((((((((((((..((..--....)))))))))))))))))))..... ( -33.30)
>DroEre_CAF1 113637 106 - 1
UAUACUAACGUCUAGCGAGGGGUAAGAGAAAUUGCUUGUAAU-UUGUCAAACAUUUAACUCUGUUCUUGUCUCGGUUGCGC--AUGAGCCUGGGACCAGAACAGAGA--AC
..((((..((.....))...)))).((.((((((....))))-)).))..........(((((((((.(((((((..((..--....))))))))).))))))))).--.. ( -34.60)
>DroYak_CAF1 123677 106 - 1
UAUACUAACGUCUAGCGAGGGGUAAGAGAAAUUGCUUGUAAU-UUGUUAAACAUUUACCUCUGUUCUCGUCUCAGUUGCGU--AUGAGCCUGUGACCAGAACAGAGA--AC
.........((.(((((((((((((......))))))....)-)))))).))......(((((((((.(((.(((..((..--....))))).))).))))))))).--.. ( -31.40)
>consensus
UAUACUAACGUCUAGCGAGGGGUAAGAGAAAUUGCUUAUAAU_UUAUUGAACAAUUAGCUCUGUUUUUGUCUCGGUUGCGU__ACGAGCCUGGGACAAGAACAGAGAGAUC
........((.....))..((((((......)))))).....................(((((((((((((((((..((........)))))))))))))))))))..... (-29.66 = -29.54 +  -0.12)

alignment

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