Locus 3341

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 9,812,264 – 9,812,381
Length 117
Max. P 0.894159
window5192

overview

Window 2

Location 9,812,264 – 9,812,381
Length 117
Sequences 5
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 92.39
Mean single sequence MFE -40.56
Consensus MFE -35.68
Energy contribution -35.52
Covariance contribution -0.16
Combinations/Pair 1.17
Mean z-score -1.48
Structure conservation index 0.88
SVM decision value 0.98
SVM RNA-class probability 0.894159
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 9812264 117 - 23771897
UUAUAGUA---UUCAUGUUCUUUAGCGAUGGCAAAGAAUAUGCCUUGAAGCAGAUCGACGGCACCGGAUUGUCCAUGUCCGCCUGCCGCGAGAUCGCAUUGCUGCGCGAACUGAAGCAUC
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>DroSec_CAF1 106490 117 - 1
UUAUAAUG---UUCAUGUUCUGUAGCGAUGGCAAGGAAUAUGCUUUGAAGCAGAUCGAUGGCACCGGCUUGUCCAUGUCCGCCUGCCGCGAGAUCGCAUUGCUGCGCGAACUGAAGCACC
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>DroSim_CAF1 109800 117 - 1
UUAUAAUG---UUCAUGUUUUGUAGCGAUGGCAAGGAAUAUGCUUUGAAGCAGAUCGAUGGCACCGGUCUGUCCAUGUCCGCCUGCCGCGAGAUCGCAUUGCUGCGCGAACUGAAGCACC
......((---((((.(((((((((((((((((.(((.((((.......((((((((.......)))))))).)))))))...))))(((....)))))))))))).)))))).)))).. ( -39.70)
>DroEre_CAF1 108833 117 - 1
CAAUGAUG---UUCAUGUUCUGUAGCGAUGGCAAGGAAUAUGCCUUGAAGCAGAUCGACGGCACCGGCUUGUCCAUGUCCGCCUGCCGCGAGAUAGCAUUGCUACGCGAACUGAAGCACC
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>DroYak_CAF1 119389 120 - 1
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>consensus
UUAUAAUG___UUCAUGUUCUGUAGCGAUGGCAAGGAAUAUGCCUUGAAGCAGAUCGACGGCACCGGCUUGUCCAUGUCCGCCUGCCGCGAGAUCGCAUUGCUGCGCGAACUGAAGCACC
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