Locus 3339

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 9,807,370 – 9,807,486
Length 116
Max. P 0.993721
window5185 window5186 window5187 window5188

overview

Window 5

Location 9,807,370 – 9,807,461
Length 91
Sequences 6
Columns 110
Reading direction forward
Mean pairwise identity 83.90
Mean single sequence MFE -25.00
Consensus MFE -17.56
Energy contribution -17.42
Covariance contribution -0.14
Combinations/Pair 1.06
Mean z-score -2.78
Structure conservation index 0.70
SVM decision value 0.50
SVM RNA-class probability 0.761428
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 9807370 91 + 23771897
UGGAUAACGAA-------------AA-UCUCCAUGCACCCAUACUAUAUACACAUAUU-UGGAGCAUGUGCAUAUAGUAUGGCUUAGAUUGGAGA---CCAGA-ACUAUA
...........-------------..-((((((.....(((((((((((.(((((...-......))))).))))))))))).......))))))---.....-...... ( -26.10)
>DroPse_CAF1 98963 108 + 1
UGGAUAACGAAGGAGGAAGAGAUGAU-UCUCUAUGUACCCAUACUAUAUACACAUAUUUUGGAGCAUGUGCAUAUAGUAUGGCUAAGAUAGCAGAAGUUGAGA-ACUAUA
....((((...(((.(.(((((....-))))).).).))((((((((((.(((((..........))))).))))))))))((((...))))....))))...-...... ( -25.40)
>DroEre_CAF1 103852 91 + 1
UGGAUAACGAA-------------AU-UCUCCACGUACCCAUACUAUAUACACAUAUU-UGGAGCAUGUGCAUAUAGUAUGGCUAAGAUAGGAGA---CCAUA-ACUAUA
...........-------------..-(((((...((.(((((((((((.(((((...-......))))).))))))))))).)).....)))))---.....-...... ( -24.90)
>DroYak_CAF1 114517 91 + 1
UGGAUAACGAA-------------AA-UCUCCAUGUACCCAUACUAUAUACACAUAUU-UGGAGCAUGUGCAUAUAGUAUGGCCUAGAUAGGAGA---CCAGA-ACUAUA
...........-------------..-(((((((.((.(((((((((((.(((((...-......))))).)))))))))))..)).)).)))))---.....-...... ( -25.50)
>DroAna_CAF1 109087 93 + 1
UGGAUAACGAA-------------AUGGCCCUAUGUACCUAUACUAUAUACACAUAUU-UGGAGCAUGUGCAUAUAGUAUGGCUAAGAUGGCGGA---UCAGAAACUAUA
...........-------------.(((((((((.((.(((((((((((.(((((...-......))))).))))))))))).))..)))).)).---)))......... ( -22.70)
>DroPer_CAF1 100050 108 + 1
UGGAUAACGAAGGAGGAAGAGAUGAU-UCUCUAUGUACCCAUACUAUAUACACAUAUUUUGGAGCAUGUGCAUAUAGUAUGGCUAAGAUAGCAGAAGUUGAGA-ACUAUA
....((((...(((.(.(((((....-))))).).).))((((((((((.(((((..........))))).))))))))))((((...))))....))))...-...... ( -25.40)
>consensus
UGGAUAACGAA_____________AU_UCUCCAUGUACCCAUACUAUAUACACAUAUU_UGGAGCAUGUGCAUAUAGUAUGGCUAAGAUAGCAGA___CCAGA_ACUAUA
......................................(((((((((((.(((((..........))))).)))))))))))............................ (-17.56 = -17.42 +  -0.14)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 6

Location 9,807,370 – 9,807,461
Length 91
Sequences 6
Columns 110
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 83.90
Mean single sequence MFE -31.62
Consensus MFE -25.91
Energy contribution -25.92
Covariance contribution 0.00
Combinations/Pair 1.15
Mean z-score -5.60
Structure conservation index 0.82
SVM decision value 1.97
SVM RNA-class probability 0.984435
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 9807370 91 - 23771897
UAUAGU-UCUGG---UCUCCAAUCUAAGCCAUACUAUAUGCACAUGCUCCA-AAUAUGUGUAUAUAGUAUGGGUGCAUGGAGA-UU-------------UUCGUUAUCCA
......-...((---((((((.....(.((((((((((((((((((.....-..)))))))))))))))))).)...))))))-))-------------........... ( -34.50)
>DroPse_CAF1 98963 108 - 1
UAUAGU-UCUCAACUUCUGCUAUCUUAGCCAUACUAUAUGCACAUGCUCCAAAAUAUGUGUAUAUAGUAUGGGUACAUAGAGA-AUCAUCUCUUCCUCCUUCGUUAUCCA
......-.......((((.((((..((.((((((((((((((((((........)))))))))))))))))).)).)))))))-)......................... ( -30.70)
>DroEre_CAF1 103852 91 - 1
UAUAGU-UAUGG---UCUCCUAUCUUAGCCAUACUAUAUGCACAUGCUCCA-AAUAUGUGUAUAUAGUAUGGGUACGUGGAGA-AU-------------UUCGUUAUCCA
......-.....---(((((...(.((.((((((((((((((((((.....-..)))))))))))))))))).)).).)))))-..-------------........... ( -33.70)
>DroYak_CAF1 114517 91 - 1
UAUAGU-UCUGG---UCUCCUAUCUAGGCCAUACUAUAUGCACAUGCUCCA-AAUAUGUGUAUAUAGUAUGGGUACAUGGAGA-UU-------------UUCGUUAUCCA
......-...((---(((((......(.((((((((((((((((((.....-..)))))))))))))))))).)....)))))-))-------------........... ( -32.50)
>DroAna_CAF1 109087 93 - 1
UAUAGUUUCUGA---UCCGCCAUCUUAGCCAUACUAUAUGCACAUGCUCCA-AAUAUGUGUAUAUAGUAUAGGUACAUAGGGCCAU-------------UUCGUUAUCCA
..........((---...(((......(((((((((((((((((((.....-..)))))))))))))))).)))......)))...-------------.))........ ( -27.60)
>DroPer_CAF1 100050 108 - 1
UAUAGU-UCUCAACUUCUGCUAUCUUAGCCAUACUAUAUGCACAUGCUCCAAAAUAUGUGUAUAUAGUAUGGGUACAUAGAGA-AUCAUCUCUUCCUCCUUCGUUAUCCA
......-.......((((.((((..((.((((((((((((((((((........)))))))))))))))))).)).)))))))-)......................... ( -30.70)
>consensus
UAUAGU_UCUGA___UCUCCUAUCUUAGCCAUACUAUAUGCACAUGCUCCA_AAUAUGUGUAUAUAGUAUGGGUACAUAGAGA_AU_____________UUCGUUAUCCA
...............(((.((((...(.((((((((((((((((((........)))))))))))))))))).)..)))))))........................... (-25.91 = -25.92 +   0.00)

alignment

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secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 7

Location 9,807,395 – 9,807,486
Length 91
Sequences 6
Columns 96
Reading direction forward
Mean pairwise identity 86.33
Mean single sequence MFE -23.41
Consensus MFE -16.09
Energy contribution -16.28
Covariance contribution 0.20
Combinations/Pair 1.05
Mean z-score -3.13
Structure conservation index 0.69
SVM decision value 0.01
SVM RNA-class probability 0.540304
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 9807395 91 + 23771897
CAUACUAUAUACACAUAUU-UGGAGCAUGUGCAUAUAGUAUGGCUUAGAUUGGAGA---CCAGA-ACUAUAUGCUAUAUGCUAUAUAGUGCUAGAU
..((((((((...((....-)).((((((((((((((((.((((((......))).---)))..-))))))))).)))))))))))))))...... ( -31.30)
>DroPse_CAF1 99001 93 + 1
CAUACUAUAUACACAUAUUUUGGAGCAUGUGCAUAUAGUAUGGCUAAGAUAGCAGAAGUUGAGA-ACUAUAUAGUAAA--CCAUAUAGCGAUAGAU
((((((((((.(((((..........))))).))))))))))((((...))))....((((...-.((((((.(....--).)))))))))).... ( -20.50)
>DroEre_CAF1 103877 89 + 1
CAUACUAUAUACACAUAUU-UGGAGCAUGUGCAUAUAGUAUGGCUAAGAUAGGAGA---CCAUA-ACUAUAUGCCAAG--CCAUAUAGUGCUAGAU
..((((((((...((....-))(.((.((.(((((((((((((((........)).---)))).-))))))))))).)--))))))))))...... ( -26.10)
>DroYak_CAF1 114542 89 + 1
CAUACUAUAUACACAUAUU-UGGAGCAUGUGCAUAUAGUAUGGCCUAGAUAGGAGA---CCAGA-ACUAUAUGCUAAA--UCAUAUAGUGUUAGAU
((((((((((.(((((...-......))))).))))))))))..((((...(....---)....-((((((((.....--.)))))))).)))).. ( -24.10)
>DroAna_CAF1 109113 88 + 1
UAUACUAUAUACACAUAUU-UGGAGCAUGUGCAUAUAGUAUGGCUAAGAUGGCGGA---UCAGAAACUAUAUACUAAAU--C--AUAGCGUUAGAU
((((((((((.(((((...-......))))).))))))))))((((.(((......---..................))--)--.))))....... ( -17.96)
>DroPer_CAF1 100088 93 + 1
CAUACUAUAUACACAUAUUUUGGAGCAUGUGCAUAUAGUAUGGCUAAGAUAGCAGAAGUUGAGA-ACUAUAUAGUAAA--CCAUAUAGCGAUAGAU
((((((((((.(((((..........))))).))))))))))((((...))))....((((...-.((((((.(....--).)))))))))).... ( -20.50)
>consensus
CAUACUAUAUACACAUAUU_UGGAGCAUGUGCAUAUAGUAUGGCUAAGAUAGCAGA___CCAGA_ACUAUAUACUAAA__CCAUAUAGCGAUAGAU
((((((((((.(((((..........))))).))))))))))........................((((((..........))))))........ (-16.09 = -16.28 +   0.20)

alignment

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secondary structure

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dotplot

Postscript

Window 8

Location 9,807,395 – 9,807,486
Length 91
Sequences 6
Columns 96
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 86.33
Mean single sequence MFE -29.02
Consensus MFE -24.58
Energy contribution -24.83
Covariance contribution 0.25
Combinations/Pair 1.08
Mean z-score -6.03
Structure conservation index 0.85
SVM decision value 2.42
SVM RNA-class probability 0.993721
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 9807395 91 - 23771897
AUCUAGCACUAUAUAGCAUAUAGCAUAUAGU-UCUGG---UCUCCAAUCUAAGCCAUACUAUAUGCACAUGCUCCA-AAUAUGUGUAUAUAGUAUG
..((((.(((((((.((.....)))))))))-.))))---..............(((((((((((((((((.....-..))))))))))))))))) ( -31.60)
>DroPse_CAF1 99001 93 - 1
AUCUAUCGCUAUAUGG--UUUACUAUAUAGU-UCUCAACUUCUGCUAUCUUAGCCAUACUAUAUGCACAUGCUCCAAAAUAUGUGUAUAUAGUAUG
.......(((((((((--....)))))))))-...........((((...))))(((((((((((((((((........))))))))))))))))) ( -30.50)
>DroEre_CAF1 103877 89 - 1
AUCUAGCACUAUAUGG--CUUGGCAUAUAGU-UAUGG---UCUCCUAUCUUAGCCAUACUAUAUGCACAUGCUCCA-AAUAUGUGUAUAUAGUAUG
..(((..((((((((.--.....))))))))-..)))---..............(((((((((((((((((.....-..))))))))))))))))) ( -28.60)
>DroYak_CAF1 114542 89 - 1
AUCUAACACUAUAUGA--UUUAGCAUAUAGU-UCUGG---UCUCCUAUCUAGGCCAUACUAUAUGCACAUGCUCCA-AAUAUGUGUAUAUAGUAUG
.......((((((((.--.....))))))))-...((---(((.......)))))((((((((((((((((.....-..)))))))))))))))). ( -30.40)
>DroAna_CAF1 109113 88 - 1
AUCUAACGCUAU--G--AUUUAGUAUAUAGUUUCUGA---UCCGCCAUCUUAGCCAUACUAUAUGCACAUGCUCCA-AAUAUGUGUAUAUAGUAUA
.......((((.--(--((((((..........))))---......))).)))).((((((((((((((((.....-..)))))))))))))))). ( -22.50)
>DroPer_CAF1 100088 93 - 1
AUCUAUCGCUAUAUGG--UUUACUAUAUAGU-UCUCAACUUCUGCUAUCUUAGCCAUACUAUAUGCACAUGCUCCAAAAUAUGUGUAUAUAGUAUG
.......(((((((((--....)))))))))-...........((((...))))(((((((((((((((((........))))))))))))))))) ( -30.50)
>consensus
AUCUAACACUAUAUGG__UUUAGCAUAUAGU_UCUGA___UCUCCUAUCUUAGCCAUACUAUAUGCACAUGCUCCA_AAUAUGUGUAUAUAGUAUG
.......((((((((........)))))))).......................(((((((((((((((((........))))))))))))))))) (-24.58 = -24.83 +   0.25)

alignment

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