Locus 3327

Sequence ID	3L_DroMel_CAF1
Location	9,755,710 – 9,755,811
Length	101
Max. P	0.662913

overview

Window 9

Location	9,755,710 – 9,755,811
Length	101
Sequences	6
Columns	101
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	84.62
Mean single sequence MFE	-44.74
Consensus MFE	-32.26
Energy contribution	-33.73
Covariance contribution	1.48
Combinations/Pair	1.23
Mean z-score	-2.35
Structure conservation index	0.72
SVM decision value	0.18
SVM RNA-class probability	0.621960
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 9755710 101 + 23771897
GCAACCUGGCCAAGGCCAGGAGGAGCAUCUGCGUCACCUCCAGUGCUCCGCCCACGGCGGCGAUGCUCAACGUGGCCACAGCCACUGCUGCAGCGGCAGCU
....((((((....))))))..(((((((.(((.(((.....))))..((((...)))))))))))))...(((((....))))).(((((....))))). ( -49.10)
>DroSim_CAF1 52402 101 + 1
GCAACCUGGCCAAGGCCAGAAGGAGCAUCUGCGUCACCUCCAGUGCUCCGCCCACGGCGGCGAUGCUCAACGUGGCCACAGCUACCGCUGCAGCGGCAGCU
((...(((((....)))))..((((((.(((.(......))))))))))))....(((.(((........))).)))..((((.((((....)))).)))) ( -46.20)
>DroEre_CAF1 50845 101 + 1
GCAACCUGGCCAAGGCCAGGAGGAGCAUCUGCGUCACCUCCAGUGCUCCGCCCACCGCGGCGAUGCUCAACGUGGCUACAGCCACCGCUGCUGCGGCAGCU
((..((((((....)))))).((((((.(((.(......))))))))))(((((..((((((.........(((((....))))))))))))).))).)). ( -50.00)
>DroWil_CAF1 59782 92 + 1
G---------AAAGGCUAGACGCAGCAUCUGCGUCACCUCAAGUGCCCCGCCCACGGCAGCAAUGCUCAAUAUGGCAGCAGCAGCAGCCACUGCAGCAGCC
.---------...((((.(((((((...)))))))........((((........((((....))))......))))((.((((......)))).)))))) ( -32.14)
>DroYak_CAF1 61108 101 + 1
GCAACCUGGCCAAGGCCAGGAGGAGCAUCUGCGUCACCUCCAGCGCUCCGCCCACGGCGGCGAUGCUCAACGUGGCCACAGCCACCGCUGCAGCGGCAGCC
....((((((....))))))..(((((((.((((........)))).(((((...))))).)))))))...(((((....))))).(((((....))))). ( -51.90)
>DroAna_CAF1 48347 101 + 1
GAAACCUGGCCAAGGCCAGACGGAGCAUAUGCGUCACCUCCAGUGCCCCGCCCACGGCAGCGAUGUUGAACUUGGCCACUGCCACAGCCGCGGCGGCGGCC
.....(((((....)))))..((((............))))...((((((((..(((((((...))).....((((....))))..)))).))))).))). ( -39.10)
>consensus
GCAACCUGGCCAAGGCCAGAAGGAGCAUCUGCGUCACCUCCAGUGCUCCGCCCACGGCGGCGAUGCUCAACGUGGCCACAGCCACCGCUGCAGCGGCAGCC
......((((...(((((.(..(((((((.(((.(.......)))).((((.....)))).)))))))..).)))))...))))..(((((....))))). (-32.26 = -33.73 +   1.48)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 0

Location	9,755,710 – 9,755,811
Length	101
Sequences	6
Columns	101
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	84.62
Mean single sequence MFE	-50.37
Consensus MFE	-40.11
Energy contribution	-41.20
Covariance contribution	1.09
Combinations/Pair	1.31
Mean z-score	-1.89
Structure conservation index	0.80
SVM decision value	0.27
SVM RNA-class probability	0.662913
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 9755710 101 - 23771897
AGCUGCCGCUGCAGCAGUGGCUGUGGCCACGUUGAGCAUCGCCGCCGUGGGCGGAGCACUGGAGGUGACGCAGAUGCUCCUCCUGGCCUUGGCCAGGUUGC
....(((((..((((....))))..))((((.((.((...)))).)))))))(((((((((..(....).))).)))))).((((((....)))))).... ( -52.20)
>DroSim_CAF1 52402 101 - 1
AGCUGCCGCUGCAGCGGUAGCUGUGGCCACGUUGAGCAUCGCCGCCGUGGGCGGAGCACUGGAGGUGACGCAGAUGCUCCUUCUGGCCUUGGCCAGGUUGC
(((((((((....)))))))))..(.(((((.((.((...)))).))))).)(((((((((..(....).))).)))))).((((((....)))))).... ( -54.20)
>DroEre_CAF1 50845 101 - 1
AGCUGCCGCAGCAGCGGUGGCUGUAGCCACGUUGAGCAUCGCCGCGGUGGGCGGAGCACUGGAGGUGACGCAGAUGCUCCUCCUGGCCUUGGCCAGGUUGC
..(..((((..(((((.((((....))))))))).((...)).))))..)(((((((((((..(....).))).)))))).((((((....))))))..)) ( -52.40)
>DroWil_CAF1 59782 92 - 1
GGCUGCUGCAGUGGCUGCUGCUGCUGCCAUAUUGAGCAUUGCUGCCGUGGGCGGGGCACUUGAGGUGACGCAGAUGCUGCGUCUAGCCUUU---------C
(((((.((((((..((((((((.(((((....((.(((....)))))..))))))))).....(....)))))..))))))..)))))...---------. ( -39.10)
>DroYak_CAF1 61108 101 - 1
GGCUGCCGCUGCAGCGGUGGCUGUGGCCACGUUGAGCAUCGCCGCCGUGGGCGGAGCGCUGGAGGUGACGCAGAUGCUCCUCCUGGCCUUGGCCAGGUUGC
(((..((((....))))..)))..(.(((((.((.((...)))).))))).)(((((((((..(....).))).)))))).((((((....)))))).... ( -54.80)
>DroAna_CAF1 48347 101 - 1
GGCCGCCGCCGCGGCUGUGGCAGUGGCCAAGUUCAACAUCGCUGCCGUGGGCGGGGCACUGGAGGUGACGCAUAUGCUCCGUCUGGCCUUGGCCAGGUUUC
((((((.(((((....))))).))))))...............(((..((((((((((...(.(....).)...))))))))))(((....))).)))... ( -49.50)
>consensus
AGCUGCCGCUGCAGCGGUGGCUGUGGCCACGUUGAGCAUCGCCGCCGUGGGCGGAGCACUGGAGGUGACGCAGAUGCUCCUCCUGGCCUUGGCCAGGUUGC
....(((((((((((....))))))))((((.((.((...)))).)))))))(((((((((..(....).))).)))))).((((((....)))))).... (-40.11 = -41.20 +   1.09)

alignment

secondary structure

dotplot

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