Sequence ID | 3L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 9,707,625 – 9,707,732 |
Length | 107 |
Max. P | 0.515301 |
Location | 9,707,625 – 9,707,732 |
---|---|
Length | 107 |
Sequences | 6 |
Columns | 112 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 82.39 |
Mean single sequence MFE | -41.87 |
Consensus MFE | -27.95 |
Energy contribution | -28.78 |
Covariance contribution | 0.84 |
Combinations/Pair | 1.21 |
Mean z-score | -1.54 |
Structure conservation index | 0.67 |
SVM decision value | -0.04 |
SVM RNA-class probability | 0.515301 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 9707625 107 - 23771897 CUGGGUUCUGCCGCUU---UUGCUGUGGCUUCUCUGCAUGGGAUUCCCCAUUCUGCAUG-GCGC-CGAUCUCUGCCAGCCCAUCGGAUGGCGGAACUUCCAGUGCAGCGAGG .........(((((..---.....)))))(((.((((((((((((((((((.(((.(((-(.((-.(........).))))))))))))).)))).))))).))))).))). ( -42.00) >DroSec_CAF1 2716 107 - 1 CUGGGUUCUGUCGCUU---UUGCUGUGCCUUCUCUGCGUGGGAUUCCCCAUCCUGCAUG-GCGC-CGAUCUCUGCCAGCCCAUCGGCUGGCGCAACUUCCAGUGCAACGAAG (((((....((.((..---...(.(((((.....((((((((....)))))...))).)-))))-.)......(((((((....))))))))).)).))))).......... ( -38.30) >DroSim_CAF1 2221 107 - 1 CUGGGUUCUGCCGCUU---UUGCUGUGGCUUCUCUGCGUGGGAUUCCCCAUACUGCAUG-GCGC-CGAUCUCUGCCAGCCCAUCGGCUGGCGGAACUUCCAGUGCAACGAAG (((((.((.((.(((.---.(((.((.((......))(((((....))))))).))).)-))))-.))..((((((((((....))))))))))...))))).......... ( -42.90) >DroEre_CAF1 2243 107 - 1 UUGGGUUCUGCCGCUC---UUUCUGUGCCUUCUCUGCGCGGGAUUCCCCAGCCUGCAUG-GAGC-UGAUCUCUGCCAGCCCGUCGGGUGGCGGAACUUCCAGUGCAACGAGG ((((((((((((....---.((((((((.......)))))))).......(((((.(((-(.((-((........)))))))))))))))))))))..)))).......... ( -42.40) >DroYak_CAF1 11149 107 - 1 UUGGGUUCUGCCGCUU---UUUCUGUGGCUUCUCUGCGCGGGAUUCCCCAGCCUGCAUG-GUGC-CGAUCUCUGCCAGCCCAUCGGCUGGCGGAACUUCCAGUGCAACGAGG .........(((((..---.....)))))..((((((((((((((((((((((.(.(((-(.((-.(........).))))))))))))).)))).)))).)))))..))). ( -44.30) >DroAna_CAF1 1874 110 - 1 AUGGACUCUGUUGCCUUGCUUUUUGUGGCUCUUCUCGAAGGGGCUUCCC--UCCACAAGAGCUCAAGAUCUUUGCCAGCCCCGAGGUUGGCGCAACUUCGAGUGCCUUGAAG ..((((((.(((((......(((((.(((((((...(.((((....)))--).)..)))))))))))).....(((((((....))))))))))))...)))).))...... ( -41.30) >consensus CUGGGUUCUGCCGCUU___UUGCUGUGGCUUCUCUGCGUGGGAUUCCCCAUCCUGCAUG_GCGC_CGAUCUCUGCCAGCCCAUCGGCUGGCGGAACUUCCAGUGCAACGAAG .((((....(((((..........))))).((((.....))))...))))..........((((..((..((((((((((....))))))))))...))..))))....... (-27.95 = -28.78 + 0.84)
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