Sequence ID | 3L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 9,612,599 – 9,612,708 |
Length | 109 |
Max. P | 0.798282 |
Location | 9,612,599 – 9,612,708 |
---|---|
Length | 109 |
Sequences | 6 |
Columns | 109 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 90.03 |
Mean single sequence MFE | -48.54 |
Consensus MFE | -40.18 |
Energy contribution | -41.63 |
Covariance contribution | 1.45 |
Combinations/Pair | 1.18 |
Mean z-score | -2.22 |
Structure conservation index | 0.83 |
SVM decision value | 0.61 |
SVM RNA-class probability | 0.798282 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 9612599 109 + 23771897 AAGUCAUUAGCAACGGAGAAUGCGCCAGGUCAUACGGAUCGGUGGCCAGCACUGAUAUGUGCACCCGGGCCACCGAUGGCAAGUCCGUGUGCGGUGGCGACUCUGGCGG .........((..(((((....(((((...(((((((((((((((((.((((......)))).....))))))))).......))))))))...))))).))))))).. ( -49.81) >DroSec_CAF1 8301 109 + 1 AAGUCAUUAGCAACGGAGAAUGCGCCAGGUCAUACGGAUCGGUGGCCAGCACUGAUAUGUGCACCCGGGCCACCGAUGGCAAGUCCGUGUGCGGCGGCGACUCCGGCGG .........((..(((((....((((....(((((((((((((((((.((((......)))).....))))))))).......))))))))....)))).))))))).. ( -50.31) >DroSim_CAF1 8337 109 + 1 AAGUCAUUAGCAACGGAGAAUGCGCCAGGUCAUACGGAUCGGUGGCCAGCACUGAUAUGUGCACCCGGGCCACCGAUGGCAAGUCCGUGUGCGGUGGCGACUCCGGCGG .........((..(((((....(((((...(((((((((((((((((.((((......)))).....))))))))).......))))))))...))))).))))))).. ( -52.01) >DroEre_CAF1 8254 109 + 1 AAGUGAUUAGCAACGGAGAAUGUGCCAGGUCAUACGGAUCGGUGGCCAGCACUGAUAUGUGCACCCGGGCCACCGAUGGCAAGUCCGUGUGUGGUGGCGACUCCGGCGG .........((..(((((....(((((...(((((((((((((((((.((((......)))).....))))))))).......))))))))...))))).))))))).. ( -51.01) >DroYak_CAF1 8315 109 + 1 AGGUCAUUAGCAACGGAGAAUGUGCCAGGUCGUACGGAUCGGUGGCCAGCACUGACAUGUGCACCCGGGCCACCGACGGCAAGUCCGUGUGCGGUGGCGACUCCGGCGG .........((..(((((....(((((..(((((((..(((((((((.((((......)))).....)))))))))(((.....))))))))))))))).))))))).. ( -48.90) >DroAna_CAF1 12671 109 + 1 AGGUGAUCAGCAACAGCGAGUGUGCCAGGUCCUAUGGCAAUGUGGCCAGCACGGACAUGUGCACCCGCCAAACUGAUGGAAAGUCUGUAUGUGGCGGAGACUCCGGCGG .........((....(.((((((((((.((((..((((......))))....)))).)).))))((((((.((.(((.....))).))...))))))..))))).)).. ( -39.20) >consensus AAGUCAUUAGCAACGGAGAAUGCGCCAGGUCAUACGGAUCGGUGGCCAGCACUGAUAUGUGCACCCGGGCCACCGAUGGCAAGUCCGUGUGCGGUGGCGACUCCGGCGG .........((..(((((....(((((...(((((((((((((((((.((((......)))).....))))))))).......))))))))...))))).))))))).. (-40.18 = -41.63 + 1.45)
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