Locus 3275

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 9,609,062 – 9,609,222
Length 160
Max. P 0.977943
window5088 window5089 window5090 window5091

overview

Window 8

Location 9,609,062 – 9,609,182
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 92.94
Mean single sequence MFE -44.27
Consensus MFE -38.07
Energy contribution -38.35
Covariance contribution 0.28
Combinations/Pair 1.13
Mean z-score -2.50
Structure conservation index 0.86
SVM decision value 1.80
SVM RNA-class probability 0.977943
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 9609062 120 + 23771897
UUGCGAAACGUCGAACGUAAACUCCAUAGUGCGACCGGCCAGUUCCUUUUUACAGAACAUAUCCGAGUCCGGAUAUGCGCCAUAGAAAGAGAACGAUAAGCCGGCGCUGCUGCCGUCGCU
..((((.(((.....)))........(((((((.(((((..(((((((((((..(..((((((((....))))))))..)..))))))).)))).....)))))))).))))...)))). ( -45.50)
>DroVir_CAF1 4787 120 + 1
UUGGGAUACGUCGAAUGUGAAUUCCAUGGUGCGGCCGGCCAGUUCCUUUUUACAGAACAUAUCCGAGUCCGGAUAUGCGCCAUAGAAGGAGAACGAUAAGCCGGCGCUGCUGCCAUCGCU
.((((((((((...))))..))))))(((((((((((((..(((((((((((..(..((((((((....))))))))..)..))))))).)))).....))))))..))).))))..... ( -45.00)
>DroGri_CAF1 4977 120 + 1
CUGCGAGACAUCGAAUGUGAACUCCAUGGUGCGGCCGGCUAGUUCCUUUUUACAGAACAUAUCCGAGUCCGGAUAUGCGCCAUAGAAGGAGAACGAUAAGCCGGCGCUGCUGCCAUCGCU
..((((.((((...))))........((((((((((((((.(((((((((((..(..((((((((....))))))))..)..))))))).))))....)))))))..))).)))))))). ( -47.40)
>DroSec_CAF1 4785 120 + 1
UUGUGAAACGUCGAACGUAAACUCCAUAGUGCGACCGGCCAGUUCCUUUUUACAGAACAUAUCCGAGUCCGGAUAUGCGCCAUAGAAAGAGAACGAUAAGCCGGCGCUGCUGCCGUCGCU
..((((.(((.....)))........(((((((.(((((..(((((((((((..(..((((((((....))))))))..)..))))))).)))).....)))))))).))))...)))). ( -43.60)
>DroWil_CAF1 5716 120 + 1
UUGACUCACAUCGAAUGUGAAUUCCAUGGUGCGUCCAGCCAGUUCCUUUUUACAGAACAUAUCCGAGUCCGGAUAUGCGCCAUAGAAAGAGAACGAUAAGCCAGCGCUGCUGCCGUCGCU
.....((((((...)))))).......((((((..((((..(((((((((((..(..((((((((....))))))))..)..))))))).))))....(((....))))))).)).)))) ( -37.00)
>DroMoj_CAF1 4766 120 + 1
UUGCGACACGUCGAAGGUGAACUCCAUGGUGCGGCCGGCCAGUUCCUUUUUACAGAACAUAUCCGAGUCCGGAUAUGCGCCAUAGAAGGAGAACGAUAAGCCGGCGCUGCUGCCAUCGCU
..(((((((.......))).......(((((((((((((..(((((((((((..(..((((((((....))))))))..)..))))))).)))).....))))))..))).)))))))). ( -47.10)
>consensus
UUGCGAAACGUCGAAUGUGAACUCCAUGGUGCGGCCGGCCAGUUCCUUUUUACAGAACAUAUCCGAGUCCGGAUAUGCGCCAUAGAAAGAGAACGAUAAGCCGGCGCUGCUGCCAUCGCU
..((((.(((.....)))........(((((((.(((((..(((((((((((..(..((((((((....))))))))..)..))))))).)))).....)))))))).))))...)))). (-38.07 = -38.35 +   0.28)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

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Window 9

Location 9,609,062 – 9,609,182
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 92.94
Mean single sequence MFE -46.22
Consensus MFE -38.80
Energy contribution -37.92
Covariance contribution -0.89
Combinations/Pair 1.15
Mean z-score -2.73
Structure conservation index 0.84
SVM decision value 1.61
SVM RNA-class probability 0.967601
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 9609062 120 - 23771897
AGCGACGGCAGCAGCGCCGGCUUAUCGUUCUCUUUCUAUGGCGCAUAUCCGGACUCGGAUAUGUUCUGUAAAAAGGAACUGGCCGGUCGCACUAUGGAGUUUACGUUCGACGUUUCGCAA
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>DroVir_CAF1 4787 120 - 1
AGCGAUGGCAGCAGCGCCGGCUUAUCGUUCUCCUUCUAUGGCGCAUAUCCGGACUCGGAUAUGUUCUGUAAAAAGGAACUGGCCGGCCGCACCAUGGAAUUCACAUUCGACGUAUCCCAA
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>DroGri_CAF1 4977 120 - 1
AGCGAUGGCAGCAGCGCCGGCUUAUCGUUCUCCUUCUAUGGCGCAUAUCCGGACUCGGAUAUGUUCUGUAAAAAGGAACUAGCCGGCCGCACCAUGGAGUUCACAUUCGAUGUCUCGCAG
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>DroSec_CAF1 4785 120 - 1
AGCGACGGCAGCAGCGCCGGCUUAUCGUUCUCUUUCUAUGGCGCAUAUCCGGACUCGGAUAUGUUCUGUAAAAAGGAACUGGCCGGUCGCACUAUGGAGUUUACGUUCGACGUUUCACAA
.((((((((......)))((((....((((.((((.(((((.(((((((((....))))))))).))))).)))))))).)))).)))))........((..(((.....)))...)).. ( -46.10)
>DroWil_CAF1 5716 120 - 1
AGCGACGGCAGCAGCGCUGGCUUAUCGUUCUCUUUCUAUGGCGCAUAUCCGGACUCGGAUAUGUUCUGUAAAAAGGAACUGGCUGGACGCACCAUGGAAUUCACAUUCGAUGUGAGUCAA
...(((..((...((((..(((....((((.((((.(((((.(((((((((....))))))))).))))).)))))))).)))..).)))..(((.((((....)))).))))).))).. ( -44.30)
>DroMoj_CAF1 4766 120 - 1
AGCGAUGGCAGCAGCGCCGGCUUAUCGUUCUCCUUCUAUGGCGCAUAUCCGGACUCGGAUAUGUUCUGUAAAAAGGAACUGGCCGGCCGCACCAUGGAGUUCACCUUCGACGUGUCGCAA
.(((((((..((.(.(((((((....(((((..((.(((((.(((((((((....))))))))).))))).)).))))).)))))))))).)).(((((.....)))))....))))).. ( -47.40)
>consensus
AGCGACGGCAGCAGCGCCGGCUUAUCGUUCUCCUUCUAUGGCGCAUAUCCGGACUCGGAUAUGUUCUGUAAAAAGGAACUGGCCGGCCGCACCAUGGAGUUCACAUUCGACGUGUCGCAA
.(((.(((.....(((((((((....(((((..((.(((((.(((((((((....))))))))).)))))))..))))).)))))).)))...(((.......)))))).)))....... (-38.80 = -37.92 +  -0.89)

alignment

Postscript

secondary structure

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Window 0

Location 9,609,102 – 9,609,222
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 92.78
Mean single sequence MFE -48.23
Consensus MFE -40.24
Energy contribution -40.05
Covariance contribution -0.19
Combinations/Pair 1.17
Mean z-score -2.73
Structure conservation index 0.83
SVM decision value 1.47
SVM RNA-class probability 0.956868
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 9609102 120 + 23771897
AGUUCCUUUUUACAGAACAUAUCCGAGUCCGGAUAUGCGCCAUAGAAAGAGAACGAUAAGCCGGCGCUGCUGCCGUCGCUGGGUGGCACCACCUGCAGGGACGAGCUCCGGGUCACGAUC
.(((((((((((..(..((((((((....))))))))..)..))))))).))))(((...((((.(((.....((((.(((((((....))))..))).))))))).)))))))...... ( -49.10)
>DroVir_CAF1 4827 120 + 1
AGUUCCUUUUUACAGAACAUAUCCGAGUCCGGAUAUGCGCCAUAGAAGGAGAACGAUAAGCCGGCGCUGCUGCCAUCGCUGGGCGGGACCACCUGCAGCGAAGAGCUGCGUGUCACAAUC
.(((((((((((..(..((((((((....))))))))..)..))))))).))))........(((((.((.(((.(((((..(((((....)))))))))).).)).)))))))...... ( -47.70)
>DroGri_CAF1 5017 120 + 1
AGUUCCUUUUUACAGAACAUAUCCGAGUCCGGAUAUGCGCCAUAGAAGGAGAACGAUAAGCCGGCGCUGCUGCCAUCGCUGGGUGGCACCACCUGCAGCGAUGAGCUGCGUGUGACAAUC
.(((((((((((..(..((((((((....))))))))..)..))))))).)))).........((((.((.((((((((((((((....))))..)))))))).)).))))))....... ( -50.90)
>DroWil_CAF1 5756 120 + 1
AGUUCCUUUUUACAGAACAUAUCCGAGUCCGGAUAUGCGCCAUAGAAAGAGAACGAUAAGCCAGCGCUGCUGCCGUCGCUCGGCGGCACCACUUGCAGCGAGGAACUGCGCGUUACAAUG
.(((((((((((..(..((((((((....))))))))..)..))))))).)))).....((((((((((((((((((....)))))))......)))))).....))).))......... ( -47.10)
>DroMoj_CAF1 4806 120 + 1
AGUUCCUUUUUACAGAACAUAUCCGAGUCCGGAUAUGCGCCAUAGAAGGAGAACGAUAAGCCGGCGCUGCUGCCAUCGCUGGGCGGCACCACUUGUAGCGACGAGCUGCGUGUAACGAUG
.(((((((((((..(..((((((((....))))))))..)..))))))).)))).........(((((((((((.......)))))))......(((((.....)))))))))....... ( -44.20)
>DroAna_CAF1 7998 120 + 1
AGUUCCUUUUUACAGAACAUAUCCGAGUCCGGAUAUGCGCCAUAGAAGGAGAACGAUAAGCCGGCGCUGCUGCCGUCGCUGGGCGGUACGACCUGCAGCGAGGAGCUGCGGGUAACAAUC
.(((((((((((..(..((((((((....))))))))..)..))))))).))))..........((.(((((((.......)))))))))(((((((((.....)))))))))....... ( -50.40)
>consensus
AGUUCCUUUUUACAGAACAUAUCCGAGUCCGGAUAUGCGCCAUAGAAGGAGAACGAUAAGCCGGCGCUGCUGCCAUCGCUGGGCGGCACCACCUGCAGCGACGAGCUGCGUGUAACAAUC
.(((((((((((..(..((((((((....))))))))..)..))))))).))))........((.(.(((((((.......))))))).).)).(((((.....)))))........... (-40.24 = -40.05 +  -0.19)

alignment

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secondary structure

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Postscript

Window 1

Location 9,609,102 – 9,609,222
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 92.78
Mean single sequence MFE -46.41
Consensus MFE -37.76
Energy contribution -38.02
Covariance contribution 0.25
Combinations/Pair 1.11
Mean z-score -2.27
Structure conservation index 0.81
SVM decision value 0.38
SVM RNA-class probability 0.712713
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 9609102 120 - 23771897
GAUCGUGACCCGGAGCUCGUCCCUGCAGGUGGUGCCACCCAGCGACGGCAGCAGCGCCGGCUUAUCGUUCUCUUUCUAUGGCGCAUAUCCGGACUCGGAUAUGUUCUGUAAAAAGGAACU
....((((.((((.(((((((.(((..((((....))))))).)))).....))).)))).)))).((((.((((.(((((.(((((((((....))))))))).))))).)))))))). ( -49.30)
>DroVir_CAF1 4827 120 - 1
GAUUGUGACACGCAGCUCUUCGCUGCAGGUGGUCCCGCCCAGCGAUGGCAGCAGCGCCGGCUUAUCGUUCUCCUUCUAUGGCGCAUAUCCGGACUCGGAUAUGUUCUGUAAAAAGGAACU
(((.......(((.(((((((((((..((((....)))))))))).)).))).))).......)))....(((((.(((((.(((((((((....))))))))).)))))..)))))... ( -44.64)
>DroGri_CAF1 5017 120 - 1
GAUUGUCACACGCAGCUCAUCGCUGCAGGUGGUGCCACCCAGCGAUGGCAGCAGCGCCGGCUUAUCGUUCUCCUUCUAUGGCGCAUAUCCGGACUCGGAUAUGUUCUGUAAAAAGGAACU
(((.(((...(((.(((((((((((..((((....))))))))))))..))).)))..)))..)))....(((((.(((((.(((((((((....))))))))).)))))..)))))... ( -50.00)
>DroWil_CAF1 5756 120 - 1
CAUUGUAACGCGCAGUUCCUCGCUGCAAGUGGUGCCGCCGAGCGACGGCAGCAGCGCUGGCUUAUCGUUCUCUUUCUAUGGCGCAUAUCCGGACUCGGAUAUGUUCUGUAAAAAGGAACU
....((((.(((((((.....))))).((((.(((.((((.....)))).))).)))).)))))).((((.((((.(((((.(((((((((....))))))))).))))).)))))))). ( -49.90)
>DroMoj_CAF1 4806 120 - 1
CAUCGUUACACGCAGCUCGUCGCUACAAGUGGUGCCGCCCAGCGAUGGCAGCAGCGCCGGCUUAUCGUUCUCCUUCUAUGGCGCAUAUCCGGACUCGGAUAUGUUCUGUAAAAAGGAACU
...........((.((.(((((((....(((....)))..))))))))).))(((....)))........(((((.(((((.(((((((((....))))))))).)))))..)))))... ( -39.70)
>DroAna_CAF1 7998 120 - 1
GAUUGUUACCCGCAGCUCCUCGCUGCAGGUCGUACCGCCCAGCGACGGCAGCAGCGCCGGCUUAUCGUUCUCCUUCUAUGGCGCAUAUCCGGACUCGGAUAUGUUCUGUAAAAAGGAACU
(((.(((...(((.(((((((((((..((.....))...)))))).)).))).)))..)))..)))....(((((.(((((.(((((((((....))))))))).)))))..)))))... ( -44.90)
>consensus
GAUUGUGACACGCAGCUCCUCGCUGCAGGUGGUGCCGCCCAGCGACGGCAGCAGCGCCGGCUUAUCGUUCUCCUUCUAUGGCGCAUAUCCGGACUCGGAUAUGUUCUGUAAAAAGGAACU
.............(((...((((((..((((....))))))))))((((......)))))))....(((((..((.(((((.(((((((((....))))))))).)))))))..))))). (-37.76 = -38.02 +   0.25)

alignment

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