Locus 3264

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>3L_DroMel_CAF1 9566649 116 + 23771897
ACUUUCACCCUUUCCAUCGUGUAGCAAUCGCAGCUACAAAUGCUGCUGCAGGCCACGAGCAACAACAACAAUCUGGCCACGAUCAACCAACAGAUCAGCAAUCUUGGCAGCAUCAA
...................((((((.......)))))).((((((((((.(((((.((.............)))))))..((((........)))).))......))))))))... ( -32.02)
>DroVir_CAF1 1441 112 + 1
GAU---ACCCUUUCUAAC-AGCAGCAGUCGCAGCUGCAACUGCUGCUACAGGCGACCAGCAACAACAACAAUUUGGCCACAAUCAAUCAGCAGAUUAACAAUCUGGGCAACAUCAA
(((---............-(((((((((.((....)).)))))))))...(((......................)))...)))......(((((.....)))))(....)..... ( -27.35)
>DroPse_CAF1 2813 109 + 1
CCUUUCACCCAC-------CACAGCAAUCGCAGCUGCAACUGCUGCUCCAGGCCACCAGCAAUAACAACAACCUGGCGACCAUCAAUCAGCAGAUUAACAACCUGGGCAACAUCAA
.......((((.-------..((((.......))))...((((((.....((.(.((((.............)))).).))......))))))..........))))......... ( -24.22)
>DroWil_CAF1 1261 112 + 1
UAUUCCACCCCAUCC----GGCAGCAAUCGCAAUUGCAAUUACUGCUUCAGGCAACCAGCAACAACAACAAUUUGGCCACAAUUAAUCAGCAGAUCAACAAUUUGGGCAACAUAAA
........((((...----(((.(((((....)))))......((((...(....).))))..............))).......(((....)))........))))......... ( -18.10)
>DroMoj_CAF1 1493 112 + 1
GAU---ACCCUUUCCAAC-AGCAGCAGUCACAGCUGCAGCUGCUGCUCCAGGCGACCAGCAACAACAACAACUUGGCCACCAUCAAUCAGCAGAUCAACAAUCUGGGCAACAUCAA
(((---.(((........-.(((((.......)))))..((((((.....((.(.((((.............)))).).))......))))))...........)))....))).. ( -25.62)
>DroAna_CAF1 1608 111 + 1
CUCUCCUC-----CCCAAUAAUAGCAAUCGCAGCUGCAGCUGCUGCUCCAGGCCACCAGCAACAACAACAACCUGGCCACCAUCAACCAGCAGAUCAGUAACCUGGGCAGCAUCAA
........-----..........((....)).(((((..((((((.....(((((..................))))).........)))))).((((....)))))))))..... ( -26.31)
>consensus
CAUU_CACCCUUUCCAAC_AGCAGCAAUCGCAGCUGCAACUGCUGCUCCAGGCCACCAGCAACAACAACAACCUGGCCACCAUCAAUCAGCAGAUCAACAAUCUGGGCAACAUCAA
.......................((....(((((.......))))).........((((.............((((..........))))............))))))........ (-12.69 = -12.11 +  -0.58) 

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Window 5

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>3L_DroMel_CAF1 9566649 116 - 23771897
UUGAUGCUGCCAAGAUUGCUGAUCUGUUGGUUGAUCGUGGCCAGAUUGUUGUUGUUGCUCGUGGCCUGCAGCAGCAUUUGUAGCUGCGAUUGCUACACGAUGGAAAGGGUGAAAGU
...............(..((..(((((((((.(((((..(((((((.((((((((.((.....))..)))))))))))))..))..)))))...)).)))))))...))..).... ( -35.50)
>DroVir_CAF1 1441 112 - 1
UUGAUGUUGCCCAGAUUGUUAAUCUGCUGAUUGAUUGUGGCCAAAUUGUUGUUGUUGCUGGUCGCCUGUAGCAGCAGUUGCAGCUGCGACUGCUGCU-GUUAGAAAGGGU---AUC
.......(((((.....(((((((....))))))).(((((((...............)))))))...(((((((((((((....))))))))))))-).......))))---).. ( -42.36)
>DroPse_CAF1 2813 109 - 1
UUGAUGUUGCCCAGGUUGUUAAUCUGCUGAUUGAUGGUCGCCAGGUUGUUGUUAUUGCUGGUGGCCUGGAGCAGCAGUUGCAGCUGCGAUUGCUGUG-------GUGGGUGAAAGG
......(..((((((..(((((((....)))))))..)).((((((..((((....)).))..)))))).(((((((((((....))))))))))).-------.))))..).... ( -47.60)
>DroWil_CAF1 1261 112 - 1
UUUAUGUUGCCCAAAUUGUUGAUCUGCUGAUUAAUUGUGGCCAAAUUGUUGUUGUUGCUGGUUGCCUGAAGCAGUAAUUGCAAUUGCGAUUGCUGCC----GGAUGGGGUGGAAUA
......(..(((.....(((((((....))))))).(..((((...............))))..)(((..(((((((((((....))))))))))))----))...)))..).... ( -35.66)
>DroMoj_CAF1 1493 112 - 1
UUGAUGUUGCCCAGAUUGUUGAUCUGCUGAUUGAUGGUGGCCAAGUUGUUGUUGUUGCUGGUCGCCUGGAGCAGCAGCUGCAGCUGUGACUGCUGCU-GUUGGAAAGGGU---AUC
.......(((((.....((..(((....)))..))((((((((.((..........)))))))))).....(((((((.((((......)))).)))-))))....))))---).. ( -42.00)
>DroAna_CAF1 1608 111 - 1
UUGAUGCUGCCCAGGUUACUGAUCUGCUGGUUGAUGGUGGCCAGGUUGUUGUUGUUGCUGGUGGCCUGGAGCAGCAGCUGCAGCUGCGAUUGCUAUUAUUGGG-----GAGGAGAG
....(.((.(((((((((((.(((........)))))))))).((((((.(((((.((((.((........)).)))).))))).))))))........))))-----.)).)... ( -39.50)
>consensus
UUGAUGUUGCCCAGAUUGUUGAUCUGCUGAUUGAUGGUGGCCAAAUUGUUGUUGUUGCUGGUGGCCUGGAGCAGCAGUUGCAGCUGCGAUUGCUGCU_GUUGGAAAGGGUG_AAUC
........((((.....(((((((....))))))).(((((((...............))))))).....(((((((((((....)))))))))))..........))))...... (-26.10 = -26.58 +   0.48) 

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