Locus 3241

Sequence ID	3L_DroMel_CAF1
Location	9,484,246 – 9,484,474
Length	228
Max. P	0.999926

overview

Window 0

Location	9,484,246 – 9,484,357
Length	111
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	77.26
Mean single sequence MFE	-34.00
Consensus MFE	-21.14
Energy contribution	-20.14
Covariance contribution	-1.00
Combinations/Pair	1.24
Mean z-score	-2.74
Structure conservation index	0.62
SVM decision value	2.81
SVM RNA-class probability	0.997164
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 9484246 111 - 23771897
ACUCUGUUCUGUUCAGUAAGACCACUUGGGAGUCGAACAGG-CGCCAAUG--CUUGUACCGACUCUCAACGUCUGUAGAUUGCGCAUGUGACUCCG------UUCACACCAAUCGAAAAU
...........(((....((((...((((((((((.(((((-((....))--)))))..)))))))))).))))...(((((.(..(((((.....------.))))))))))))))... ( -34.60)
>DroPse_CAF1 574 106 - 1
AAUG--UGUUGUUCAGUAAGACCACUUGGGAGUCGAACAGG---CAAAUG--CCUGCACCGGCUCUCAACGUCUUUUGAUUGUGUAGAUGACUUUG------CUCACUCCAAUCUU-AAU
....--.((((.((((.(((((...((((((((((..((((---(....)--))))...)))))))))).))))))))).((.(((((....))))------).))...))))...-... ( -32.60)
>DroAna_CAF1 1553 113 - 1
ACUCU-UGUUGUUCAGUAAGACCACUUGGGAGUCGAACAAGUCGCUUAUGCGCUUGUACCGGCUCUCAACGUCUUUAGAUUGCUAUAGUGGUUCUA------GCCACUGCGAUCGUAAAU
.....-...........(((((...((((((((((.(((((.(((....))))))))..)))))))))).)))))..((((((...((((((....------))))))))))))...... ( -42.60)
>DroPer_CAF1 574 106 - 1
AAUG--UGUUGUUCAGUAAGACCACUUGGGAGUCGAACAGG---CAAAUG--CCUGCACCGGCUCUCAACGUCUUUUGAUUGUGUAGAUGACUUUG------CUCACUCCAAUCUU-AAU
....--.((((.((((.(((((...((((((((((..((((---(....)--))))...)))))))))).))))))))).((.(((((....))))------).))...))))...-... ( -32.60)
>DroWil_CAF1 1075 113 - 1
AAUUU-GAUUGUUCAGUAAGACCACUUGGGAGUCGAACAAG---CAUUGC--CUUGUACCGGCUUUCAACGUCUUUUGAUUAGGCAGUUGAUUUUGAAUAUAUUCACUCCAAUCAU-AAU
....(-((((..((((.(((((...(((..(((((.(((((---......--)))))..)))))..))).)))))))))...((.(((.((............)))))))))))).-... ( -27.60)
>consensus
AAUCU_UGUUGUUCAGUAAGACCACUUGGGAGUCGAACAGG___CAAAUG__CUUGUACCGGCUCUCAACGUCUUUUGAUUGCGCAGAUGACUUUG______CUCACUCCAAUCGU_AAU
.................(((((...((((((((((..(((((.........)))))...)))))))))).)))))..(((((.(....(((............)))..))))))...... (-21.14 = -20.14 +  -1.00)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 1

Location	9,484,280 – 9,484,394
Length	114
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	73.44
Mean single sequence MFE	-32.62
Consensus MFE	-15.52
Energy contribution	-15.84
Covariance contribution	0.32
Combinations/Pair	1.23
Mean z-score	-1.77
Structure conservation index	0.48
SVM decision value	0.28
SVM RNA-class probability	0.665792
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 9484280 114 + 23771897
AUCUACAGACGUUGAGAGUCGGUACAAG--CAUUGGCG-CCUGUUCGACUCCCAAGUGGUCUUACUGAACAGAACAGAGUUUAUAUCUGAG--AGAGCCUGGCGACGA-UGUUGUCGCCU
........((.(((.(((((((.(((.(--(......)-).)))))))))).)))))((((((.((....))..((((.......)))).)--))).)).(((((((.-...))))))). ( -35.30)
>DroPse_CAF1 607 112 + 1
AUCAAAAGACGUUGAGAGCCGGUGCAGG--CAUUUG---CCUGUUCGACUCCCAAGUGGUCUUACUGAACAACA--CAUUUUUCUUGUGAUUUAUUGCCUAGCGACGUUUGACGUCG-CU
.(((.(((((.(((.(((.(((.(((((--(....)---)))))))).))).)))...)))))..)))....((--((.......))))...........(((((((.....)))))-)) ( -36.70)
>DroAna_CAF1 1587 114 + 1
AUCUAAAGACGUUGAGAGCCGGUACAAGCGCAUAAGCGACUUGUUCGACUCCCAAGUGGUCUUACUGAACAACA-AGAGUUAUCUUCUCU----ACACAUGGCGACUC-UCUGGUCGCCU
.((..(((((.(((.(((.(((.((((((((....))).)))))))).))).)))...)))))...))......-((((.......))))----......(((((((.-...))))))). ( -35.80)
>DroPer_CAF1 607 112 + 1
AUCAAAAGACGUUGAGAGCCGGUGCAGG--CAUUUG---CCUGUUCGACUCCCAAGUGGUCUUACUGAACAACA--CAUUUUUCUUGUGAUUUAUUGCCUAGCGACGUUUGACGUCG-CU
.(((.(((((.(((.(((.(((.(((((--(....)---)))))))).))).)))...)))))..)))....((--((.......))))...........(((((((.....)))))-)) ( -36.70)
>DroWil_CAF1 1114 98 + 1
AUCAAAAGACGUUGAAAGCCGGUACAAG--GCAAUG---CUUGUUCGACUCCCAAGUGGUCUUACUGAACAAUC-AAAUUAAU--UCUC----AU----UGGCAA-----AACGCCA-UU
.(((.(((((.(((..((.(((.(((((--......---)))))))).))..)))...)))))..)))......-........--....----..----((((..-----...))))-.. ( -18.60)
>consensus
AUCAAAAGACGUUGAGAGCCGGUACAAG__CAUUUG___CCUGUUCGACUCCCAAGUGGUCUUACUGAACAACA_ACAUUUUUCUUCUGA___AUUGCCUGGCGACGU_UGACGUCG_CU
.....(((((.(((.(((.(((.(((((...........)))))))).))).)))...))))).....................................(((((((.....))))).)) (-15.52 = -15.84 +   0.32)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 2

Location	9,484,280 – 9,484,394
Length	114
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	73.44
Mean single sequence MFE	-39.34
Consensus MFE	-22.20
Energy contribution	-21.92
Covariance contribution	-0.28
Combinations/Pair	1.25
Mean z-score	-3.66
Structure conservation index	0.56
SVM decision value	4.60
SVM RNA-class probability	0.999926
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 9484280 114 - 23771897
AGGCGACAACA-UCGUCGCCAGGCUCU--CUCAGAUAUAAACUCUGUUCUGUUCAGUAAGACCACUUGGGAGUCGAACAGG-CGCCAAUG--CUUGUACCGACUCUCAACGUCUGUAGAU
.((((((....-..))))))......(--(((((((........((.(((........))).)).((((((((((.(((((-((....))--)))))..)))))))))).))))).))). ( -41.80)
>DroPse_CAF1 607 112 - 1
AG-CGACGUCAAACGUCGCUAGGCAAUAAAUCACAAGAAAAAUG--UGUUGUUCAGUAAGACCACUUGGGAGUCGAACAGG---CAAAUG--CCUGCACCGGCUCUCAACGUCUUUUGAU
((-(((((.....)))))))..((((.....((((.......))--))))))((((.(((((...((((((((((..((((---(....)--))))...)))))))))).))))))))). ( -42.60)
>DroAna_CAF1 1587 114 - 1
AGGCGACCAGA-GAGUCGCCAUGUGU----AGAGAAGAUAACUCU-UGUUGUUCAGUAAGACCACUUGGGAGUCGAACAAGUCGCUUAUGCGCUUGUACCGGCUCUCAACGUCUUUAGAU
.((((((....-..))))))..((.(----(((((.((((((...-.))))))............((((((((((.(((((.(((....))))))))..))))))))))..)))))).)) ( -43.10)
>DroPer_CAF1 607 112 - 1
AG-CGACGUCAAACGUCGCUAGGCAAUAAAUCACAAGAAAAAUG--UGUUGUUCAGUAAGACCACUUGGGAGUCGAACAGG---CAAAUG--CCUGCACCGGCUCUCAACGUCUUUUGAU
((-(((((.....)))))))..((((.....((((.......))--))))))((((.(((((...((((((((((..((((---(....)--))))...)))))))))).))))))))). ( -42.60)
>DroWil_CAF1 1114 98 - 1
AA-UGGCGUU-----UUGCCA----AU----GAGA--AUUAAUUU-GAUUGUUCAGUAAGACCACUUGGGAGUCGAACAAG---CAUUGC--CUUGUACCGGCUUUCAACGUCUUUUGAU
..-((((...-----..))))----..----....--........-......((((.(((((...(((..(((((.(((((---......--)))))..)))))..))).))))))))). ( -26.60)
>consensus
AG_CGACGUCA_ACGUCGCCAGGCAAU___UCAGAAGAAAAAUCU_UGUUGUUCAGUAAGACCACUUGGGAGUCGAACAGG___CAAAUG__CUUGUACCGGCUCUCAACGUCUUUUGAU
...((((.......))))..................................((((.(((((...((((((((((..(((((.........)))))...)))))))))).))))))))). (-22.20 = -21.92 +  -0.28)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 3

Location	9,484,357 – 9,484,474
Length	117
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	79.19
Mean single sequence MFE	-39.06
Consensus MFE	-22.18
Energy contribution	-22.34
Covariance contribution	0.16
Combinations/Pair	1.23
Mean z-score	-2.49
Structure conservation index	0.57
SVM decision value	1.69
SVM RNA-class probability	0.972308
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 9484357 117 - 23771897
CAAGCUGGGACUUGCCAAGUCCAUCCAUCAUGCUCGCGUCCUGAUCCGUCAGCGUCACAUUCGGUAAAUAUCGCUUGGACAGGCGACAACA-UCGUCGCCAGGCUCU--CUCAGAUAUAA
....((((((...(((..(((((..(...(((((.(((........))).))))).......(((....))))..))))).((((((....-..)))))).)))..)--)))))...... ( -40.00)
>DroPse_CAF1 680 119 - 1
CAAGCUUGGAUUGGCCAAGUCCAUCCAUCAUGCCCGUGUGCUGAUCCGCCAGCGUCACAUUCGGUAAAUAUCGCUUGGACAG-CGACGUCAAACGUCGCUAGGCAAUAAAUCACAAGAAA
....((((((((.(((..(((((.......((((.((((((((......))))).)))....)))).........)))))((-(((((.....))))))).)))....)))).))))... ( -42.99)
>DroAna_CAF1 1666 115 - 1
CAAGCUUGGACUUGCCAAGUCCAUCCACCACGCCCGUGUGCUGAUCCGCCAGCGUCACAUUCGGUAAAUAUCGCUUGGACAGGCGACCAGA-GAGUCGCCAUGUGU----AGAGAAGAUA
(((((.((((((.....))))))........(((.((((((((......))))).)))....))).......))))).(((((((((....-..)))))).)))..----.......... ( -37.40)
>DroPer_CAF1 680 119 - 1
CAAGCUUGGAUUGGCCAAGUCCAUCCAUCAUGCCCGUGUGCUGAUCCGCCAGCGUCACAUUCGGUAAAUAUCGCUUGGACAG-CGACGUCAAACGUCGCUAGGCAAUAAAUCACAAGAAA
....((((((((.(((..(((((.......((((.((((((((......))))).)))....)))).........)))))((-(((((.....))))))).)))....)))).))))... ( -42.99)
>DroWil_CAF1 1188 104 - 1
CAAGCUGGGUUUGGCUAAAUCCAUCCAUCAUGCCCGUGUGCUGAUCCGUCAGCGUCACAUUCGGUAAAUAUCGCUGGGCCAA-UGGCGUU-----UUGCCA----AU----GAGA--AUU
.....(((((((....)))))))....(((((((((((((((((....)))))).)))...((((....))))..))))...-((((...-----..))))----))----))..--... ( -31.90)
>consensus
CAAGCUUGGAUUGGCCAAGUCCAUCCAUCAUGCCCGUGUGCUGAUCCGCCAGCGUCACAUUCGGUAAAUAUCGCUUGGACAG_CGACGUCA_ACGUCGCCAGGCAAU___UCAGAAGAAA
(((((..(((((.....)))))........((((.((((((((......))))).)))....))))......)))))......((((.......))))...................... (-22.18 = -22.34 +   0.16)

alignment

secondary structure

dotplot

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