Locus 319

Sequence ID	3L_DroMel_CAF1
Location	930,425 – 930,534
Length	109
Max. P	0.754094

overview

Window 7

Location	930,425 – 930,517
Length	92
Sequences	5
Columns	98
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	83.11
Mean single sequence MFE	-32.00
Consensus MFE	-28.22
Energy contribution	-28.18
Covariance contribution	-0.04
Combinations/Pair	1.05
Mean z-score	-1.64
Structure conservation index	0.88
SVM decision value	0.48
SVM RNA-class probability	0.754094
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 930425 92 - 23771897
-CCCAACAGCUGUGGAUAUGUGGGUGCAUAAAAAAUGCACACGCCACCGGCCCGAGGGGAGUGGCAGCCGCCCACUU-----CGUCGUCCUGCCCAUC
-.......((...((((..((((((((((.....))))....(((((...(((...))).)))))....))))))..-----....)))).))..... ( -30.70)
>DroSec_CAF1 64388 92 - 1
-CCCAACAGCUGUGGAUAUGUGGGUGCAUAAAAAAUGCACACGCCACCGGCCCGAGGGGAGUGGCACCCACCCACUG-----CGUCCUCCUGCCACCC
-.......((.((((....((((((((((.....))))....(((((...(((...))).))))))))))))))).)-----)............... ( -33.40)
>DroSim_CAF1 57405 92 - 1
-CCCAACAGCUGUGGAUAUGUGGGUGCAUAAAAAAUGCACACGCCACCGGCCCGAGGGGAGUGGCACCCACCCACUG-----CGUCCUCCUGCCACCC
-.......((.((((....((((((((((.....))))....(((((...(((...))).))))))))))))))).)-----)............... ( -33.40)
>DroEre_CAF1 67697 82 - 1
GCCCAACAGCUGUGGAUAUGUGGGUGCAUAAAAAAUGCACACGCCACCGGCCCAGGGGGAGUGGCACACGCCCACCCACCCA----------------
((......)).((((....((((((((((.....))))....(((((...(((...))).)))))....))))))))))...---------------- ( -29.80)
>DroYak_CAF1 67051 97 - 1
-CCCAACAGCUGUGGAUAUGUGGGUGCAUAAAAAAUGCACACGCCACCGGCCCGAGGGGAGUGGCACCCGCCCACUUACCCACUUUUCCCCACCCCCC
-..........((((.((.((((((((((.....))))....(((((...(((...))).)))))....)))))).)).))))............... ( -32.70)
>consensus
_CCCAACAGCUGUGGAUAUGUGGGUGCAUAAAAAAUGCACACGCCACCGGCCCGAGGGGAGUGGCACCCGCCCACUG_____CGUCCUCCUGCCACCC
...........((((....((((((((((.....))))))..(((((...(((...))).)))))..))))))))....................... (-28.22 = -28.18 +  -0.04)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 8

Location	930,441 – 930,534
Length	93
Sequences	6
Columns	108
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	83.64
Mean single sequence MFE	-30.88
Consensus MFE	-25.75
Energy contribution	-25.62
Covariance contribution	-0.14
Combinations/Pair	1.15
Mean z-score	-1.76
Structure conservation index	0.83
SVM decision value	0.45
SVM RNA-class probability	0.741066
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 930441 93 - 23771897
AAAA--CG---CAAAA----AGCCUG---CCCAACAGCUGUGGAU--AUGUGGGUGCAUAAAAAAUGCACACGCCACCGGCCCGAGGGGAGUGGCAGCCGCCCACUU-
....--..---.....----(((.((---.....)))))((((..--..((((((((((.....))))))..(((((...(((...))).)))))..))))))))..- ( -31.00)
>DroSec_CAF1 64404 93 - 1
AAAA--CG---CAAAA----AGCCUG---CCCAACAGCUGUGGAU--AUGUGGGUGCAUAAAAAAUGCACACGCCACCGGCCCGAGGGGAGUGGCACCCACCCACUG-
....--..---.....----(((.((---.....)))))((((..--..((((((((((.....))))....(((((...(((...))).)))))))))))))))..- ( -31.60)
>DroSim_CAF1 57421 93 - 1
AAAA--CG---CAAAA----AGCCUG---CCCAACAGCUGUGGAU--AUGUGGGUGCAUAAAAAAUGCACACGCCACCGGCCCGAGGGGAGUGGCACCCACCCACUG-
....--..---.....----(((.((---.....)))))((((..--..((((((((((.....))))....(((((...(((...))).)))))))))))))))..- ( -31.60)
>DroEre_CAF1 67701 99 - 1
AAAAUGCC---CAAAA----AGCCUGCCGCCCAACAGCUGUGGAU--AUGUGGGUGCAUAAAAAAUGCACACGCCACCGGCCCAGGGGGAGUGGCACACGCCCACCCA
...(((.(---((...----(((.((........))))).))).)--))((((((((((.....))))....(((((...(((...))).)))))....))))))... ( -32.00)
>DroYak_CAF1 67071 99 - 1
AACACAAAAAAGGAAA----AGCCUG---CCCAACAGCUGUGGAU--AUGUGGGUGCAUAAAAAAUGCACACGCCACCGGCCCGAGGGGAGUGGCACCCGCCCACUUA
..((((....(((...----..)))(---(......))))))...--..((((((((((.....))))....(((((...(((...))).)))))....))))))... ( -31.80)
>DroAna_CAF1 70928 96 - 1
AGAA--UG---UAUAUAUCGAGCCUG---C----CAGCUGUGGAUAUAUGUGGGUGCAUAAAAAAUACACAUGCUACCGGCCCGCGGGGAGUGGCACCUGCCCCUGUG
....--..---.(((((((.(((...---.----..)))...)))))))((.(((((((...........)))).))).)).(((((((.(..(...)..)))))))) ( -27.30)
>consensus
AAAA__CG___CAAAA____AGCCUG___CCCAACAGCUGUGGAU__AUGUGGGUGCAUAAAAAAUGCACACGCCACCGGCCCGAGGGGAGUGGCACCCGCCCACUU_
....................(((.((........)))))((((......((((((((((.....))))))..(((((...(((...))).)))))..))))))))... (-25.75 = -25.62 +  -0.14)

alignment

secondary structure

dotplot

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