Locus 3166

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 9,203,162 – 9,203,254
Length 92
Max. P 0.776997
window4940

overview

Window 0

Location 9,203,162 – 9,203,254
Length 92
Sequences 6
Columns 98
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 82.70
Mean single sequence MFE -38.83
Consensus MFE -25.92
Energy contribution -26.73
Covariance contribution 0.81
Combinations/Pair 1.20
Mean z-score -2.50
Structure conservation index 0.67
SVM decision value 0.55
SVM RNA-class probability 0.776997
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 9203162 92 - 23771897
UGCAUUCAGACGCUGAUUUGGCUGUGGCU--UGCGGCCAGAAGAAGCCGG--GAAAAUCCAGCUUCA--GUCUCGGCCGCAGUUGCGGUACUGAGGUC
....((((((((((.....)))((..(((--.(((((((((.(((((.((--......)).))))).--.))).)))))))))..)))).)))))... ( -40.10)
>DroSec_CAF1 57024 92 - 1
GGCAUUCAAACGCUGAUUUGGCUGCGGCU--UGUGGCCAGCUGAAGCCGG--GAAAAUCCAGCUUCA--GUCUCGGCCGCAGUUGCGGUACUGAGGUC
(((........)))(((((.(((((((((--.(((((((((((((((.((--......)).))))))--).)).)))))))))))))))....))))) ( -42.70)
>DroSim_CAF1 57552 92 - 1
GGCAUUCAGACGCUGAUUUGUCUGCGGCA--UGUGGCCAGAAGAAGCCGG--GAAAAUCCAGCUUCA--CUCUCGGCCGCAGUUGCGGUACUGAGGUC
(((.(((((..((......))(((((((.--((((((((((.(((((.((--......)).))))).--.))).))))))))))))))..)))))))) ( -39.10)
>DroEre_CAF1 74689 90 - 1
GGCAUUCAGACGCUGAUUUGGCUGCGGCU--UGCGGCCAGAAGAAGCCGG--GAAAAUCCUGCUUCA--CUC--CACCGCAGUUGCGGUACUGAGGUC
(((.(((((.......(((((((((....--.))))))))).(((((.((--(.....)))))))).--...--.(((((....))))).)))))))) ( -38.00)
>DroYak_CAF1 73720 92 - 1
CGCAUUCAGACGCUGAUUUGGCUGCGGCU--UGUGGCCAGAAGAAGCCGG--GAAAAUCCUGCUUCA--CUCUCGGCCACAGUUGCGGUACUGAGGUC
.((.((((((((((.....)))(((((((--.(((((((((.(((((.((--(.....)))))))).--.))).))))))))))))))).))))))). ( -40.30)
>DroPer_CAF1 66685 93 - 1
GGUAUUCAAGCUCUGAUUUGACUGCGGCUGUUGUGGCAAGGAGCAGCUGAAGCAGGAGCAUGCCUCCAUCUCUUGGCCGCAGUUGCGGUUCC-----U
((...(((.....)))...((((((((((((...(((.(((((..((....)).((((.....))))..))))).)))))))))))))))))-----. ( -32.80)
>consensus
GGCAUUCAGACGCUGAUUUGGCUGCGGCU__UGUGGCCAGAAGAAGCCGG__GAAAAUCCAGCUUCA__CUCUCGGCCGCAGUUGCGGUACUGAGGUC
..((.(((.....)))..))((((((((...((((((((((.(((((.((........)).)))))....))).)))))))))))))))......... (-25.92 = -26.73 +   0.81)

alignment

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