Locus 3133

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 9,128,992 – 9,129,152
Length 160
Max. P 0.993818
window4888 window4889 window4890

overview

Window 8

Location 9,128,992 – 9,129,112
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 97.61
Mean single sequence MFE -33.85
Consensus MFE -31.75
Energy contribution -32.12
Covariance contribution 0.36
Combinations/Pair 1.03
Mean z-score -0.90
Structure conservation index 0.94
SVM decision value 0.16
SVM RNA-class probability 0.610649
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 9128992 120 + 23771897
AUAACGAAGCAUGUUCCCAGAUAGACGUCAAUCGAUUUGACGUACGAAAUCUUUGGCAGCGCUGCAUUUGUUGACGACAUCAAAGUGGUCAUUGUCAACACGGUUGUCACACCGAGCGCC
...........((((...((((.((((((((.....))))))).)...))))..))))(((((.....(((((((((.(((.....)))..)))))))))((((......))))))))). ( -34.30)
>DroVir_CAF1 7295 120 + 1
AUAACGAAGCAUGUUCCCAGAUAGACGUCAAUCGAUUUGACGUACGAAAUCUUUGGCAGCGCUGCGUUUGUUGACGACAUCAAAGUGGUCAUUGUCAACACGGUUGUCACACCGAGCGCC
.......(((.((((...((((.((((((((.....))))))).)...))))..))))..)))((((((((((((((.(((.....)))..)))))))))((((......))))))))). ( -35.10)
>DroGri_CAF1 4843 120 + 1
AUAACGAAGCAUGUUCCCAGAUAGACGUCAAUCGAUUUGACGUAUGAAAUCUUUGGCAGCGCUGCAUUUGUUGACGACAUCAAUGUGGUCAUUGUCAACACGGUUGUCACACCGAGCGCC
...........((((...((((..(((((((.....))))))).....))))..))))(((((.....(((((((((.(((.....)))..)))))))))((((......))))))))). ( -34.00)
>DroSec_CAF1 4046 120 + 1
AUAACGAAGCAUGUUCCCAGAUAGACGUCAAUCGACUUGACGUACGAAAUCUUUGGCAGCGCCGCAUUUGUUGACGACAUCAAAGUGGUCAUUGUCAACACGGUUGUCACACCGAGCGCC
........((.((((...((((.((((((((.....))))))).)...))))..))))))..(((...(((((((((.(((.....)))..)))))))))((((......)))).))).. ( -32.00)
>DroMoj_CAF1 4963 120 + 1
AUAACGAAGCAUGUUCCCAGAUAGACGUCAAUCGAUUUGACGUACGAAAUCUUUGGCAGCGCCGCAUUUGUUGACGACAUCAACGUUGUCAUUGUCAACACGGUUGUCACACCGAGCGCC
........((.((((...((((.((((((((.....))))))).)...))))..))))))..(((...(((((((((((.......))))...)))))))((((......)))).))).. ( -33.40)
>DroAna_CAF1 4582 120 + 1
AUAACGAAGCAUGUUCCCAGAUAGACGUCAAUCGACUUGACGUACGAAAUCUUUGGCAGCGCUGCGUUUGUUGACGACAUCAAAGUGGUCAUUGUCAACACGGUUGUCACACCGAGCGCC
.......(((.((((...((((.((((((((.....))))))).)...))))..))))..)))((((((((((((((.(((.....)))..)))))))))((((......))))))))). ( -34.30)
>consensus
AUAACGAAGCAUGUUCCCAGAUAGACGUCAAUCGAUUUGACGUACGAAAUCUUUGGCAGCGCUGCAUUUGUUGACGACAUCAAAGUGGUCAUUGUCAACACGGUUGUCACACCGAGCGCC
...........((((...((((.((((((((.....))))))).)...))))..))))(((((.....(((((((((.(((.....)))..)))))))))((((......))))))))). (-31.75 = -32.12 +   0.36)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 9

Location 9,129,032 – 9,129,152
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 98.06
Mean single sequence MFE -38.63
Consensus MFE -38.04
Energy contribution -37.98
Covariance contribution -0.06
Combinations/Pair 1.03
Mean z-score -1.07
Structure conservation index 0.98
SVM decision value 1.38
SVM RNA-class probability 0.948404
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 9129032 120 + 23771897
CGUACGAAAUCUUUGGCAGCGCUGCAUUUGUUGACGACAUCAAAGUGGUCAUUGUCAACACGGUUGUCACACCGAGCGCCACACGCGCCGGCGUUGCAUUGCGAUUGAGCCAAAAUGAUA
........((((((((((((((((....(((((((((.(((.....)))..)))))))))((((......)))).((((.....)))))))))))))...((......))))))..))). ( -37.80)
>DroVir_CAF1 7335 120 + 1
CGUACGAAAUCUUUGGCAGCGCUGCGUUUGUUGACGACAUCAAAGUGGUCAUUGUCAACACGGUUGUCACACCGAGCGCCACACGCGCCGGCGUUGCAUUGCGAUUGAGCCAAAAUGAUA
........((((((((((((((((....(((((((((.(((.....)))..)))))))))((((......)))).((((.....)))))))))))))...((......))))))..))). ( -37.80)
>DroGri_CAF1 4883 120 + 1
CGUAUGAAAUCUUUGGCAGCGCUGCAUUUGUUGACGACAUCAAUGUGGUCAUUGUCAACACGGUUGUCACACCGAGCGCCACACGCGCCGGCGUUGCAUUGCGAUUGAGCCAAAAUGAUA
........((((((((((((((((....(((((((((.(((.....)))..)))))))))((((......)))).((((.....)))))))))))))...((......))))))..))). ( -37.80)
>DroSec_CAF1 4086 120 + 1
CGUACGAAAUCUUUGGCAGCGCCGCAUUUGUUGACGACAUCAAAGUGGUCAUUGUCAACACGGUUGUCACACCGAGCGCCACACGCGCCGGCGUUGCAUUGCGAUUGAGCCAAAAUGAUA
........((((((((((((((((....(((((((((.(((.....)))..)))))))))((((......)))).((((.....)))))))))))))...((......))))))..))). ( -40.00)
>DroMoj_CAF1 5003 120 + 1
CGUACGAAAUCUUUGGCAGCGCCGCAUUUGUUGACGACAUCAACGUUGUCAUUGUCAACACGGUUGUCACACCGAGCGCCACACGCGCCGGCGUUGCAUUGCGAUUGAGCCAAAAUGAUA
........((((((((((((((((....(((((((((((.......))))...)))))))((((......)))).((((.....)))))))))))))...((......))))))..))). ( -40.60)
>DroAna_CAF1 4622 120 + 1
CGUACGAAAUCUUUGGCAGCGCUGCGUUUGUUGACGACAUCAAAGUGGUCAUUGUCAACACGGUUGUCACACCGAGCGCCACACGCGCCGGCGUUGCAUUGCGAUUGAGCCAAAAUGAUA
........((((((((((((((((....(((((((((.(((.....)))..)))))))))((((......)))).((((.....)))))))))))))...((......))))))..))). ( -37.80)
>consensus
CGUACGAAAUCUUUGGCAGCGCUGCAUUUGUUGACGACAUCAAAGUGGUCAUUGUCAACACGGUUGUCACACCGAGCGCCACACGCGCCGGCGUUGCAUUGCGAUUGAGCCAAAAUGAUA
........((((((((((((((((....(((((((((.(((.....)))..)))))))))((((......)))).((((.....)))))))))))))...((......))))))..))). (-38.04 = -37.98 +  -0.06)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 0

Location 9,129,032 – 9,129,152
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 98.06
Mean single sequence MFE -40.92
Consensus MFE -39.35
Energy contribution -39.13
Covariance contribution -0.22
Combinations/Pair 1.03
Mean z-score -1.59
Structure conservation index 0.96
SVM decision value 2.43
SVM RNA-class probability 0.993818
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 9129032 120 - 23771897
UAUCAUUUUGGCUCAAUCGCAAUGCAACGCCGGCGCGUGUGGCGCUCGGUGUGACAACCGUGUUGACAAUGACCACUUUGAUGUCGUCAACAAAUGCAGCGCUGCCAAAGAUUUCGUACG
.....(((((((.....(((..((((((((((((((.....)))).))))))........(((((((...(((.........))))))))))..)))))))..))))))).......... ( -40.10)
>DroVir_CAF1 7335 120 - 1
UAUCAUUUUGGCUCAAUCGCAAUGCAACGCCGGCGCGUGUGGCGCUCGGUGUGACAACCGUGUUGACAAUGACCACUUUGAUGUCGUCAACAAACGCAGCGCUGCCAAAGAUUUCGUACG
.....(((((((.....(((..((..((((((((((.....)))).))))))..))...(((((.....((((.((......)).))))...))))).)))..))))))).......... ( -40.10)
>DroGri_CAF1 4883 120 - 1
UAUCAUUUUGGCUCAAUCGCAAUGCAACGCCGGCGCGUGUGGCGCUCGGUGUGACAACCGUGUUGACAAUGACCACAUUGAUGUCGUCAACAAAUGCAGCGCUGCCAAAGAUUUCAUACG
.....(((((((.....(((..((((((((((((((.....)))).))))))........(((((((...(((.........))))))))))..)))))))..))))))).......... ( -40.10)
>DroSec_CAF1 4086 120 - 1
UAUCAUUUUGGCUCAAUCGCAAUGCAACGCCGGCGCGUGUGGCGCUCGGUGUGACAACCGUGUUGACAAUGACCACUUUGAUGUCGUCAACAAAUGCGGCGCUGCCAAAGAUUUCGUACG
.....(((((((....(((((.((..((((((((((.....)))).))))))..))....(((((((...(((.........))))))))))..)))))....))))))).......... ( -41.50)
>DroMoj_CAF1 5003 120 - 1
UAUCAUUUUGGCUCAAUCGCAAUGCAACGCCGGCGCGUGUGGCGCUCGGUGUGACAACCGUGUUGACAAUGACAACGUUGAUGUCGUCAACAAAUGCGGCGCUGCCAAAGAUUUCGUACG
.....(((((((....(((((.((..((((((((((.....)))).))))))..))....(((((((...((((.......)))))))))))..)))))....))))))).......... ( -43.60)
>DroAna_CAF1 4622 120 - 1
UAUCAUUUUGGCUCAAUCGCAAUGCAACGCCGGCGCGUGUGGCGCUCGGUGUGACAACCGUGUUGACAAUGACCACUUUGAUGUCGUCAACAAACGCAGCGCUGCCAAAGAUUUCGUACG
.....(((((((.....(((..((..((((((((((.....)))).))))))..))...(((((.....((((.((......)).))))...))))).)))..))))))).......... ( -40.10)
>consensus
UAUCAUUUUGGCUCAAUCGCAAUGCAACGCCGGCGCGUGUGGCGCUCGGUGUGACAACCGUGUUGACAAUGACCACUUUGAUGUCGUCAACAAAUGCAGCGCUGCCAAAGAUUUCGUACG
.....(((((((.....(((..(((.((((((((((.....)))).))))))........(((((((...(((.........))))))))))...))))))..))))))).......... (-39.35 = -39.13 +  -0.22)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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