Locus 3129

Sequence ID	3L_DroMel_CAF1
Location	9,125,420 – 9,125,641
Length	221
Max. P	0.996397

overview

Window 9

Location	9,125,420 – 9,125,540
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	97.67
Mean single sequence MFE	-36.83
Consensus MFE	-33.94
Energy contribution	-33.72
Covariance contribution	-0.22
Combinations/Pair	1.03
Mean z-score	-1.42
Structure conservation index	0.92
SVM decision value	1.22
SVM RNA-class probability	0.931716
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 9125420 120 - 23771897
UCCGCAUGCGCCCAAGCAAACAGUGAGUAACCGCCCAAUCGGCUUUUCCAAUAUCCAACAAAACGUUGGUACGCGCGGUUGCUCGAUAGUGGGACCCUUGUUCCAGGAGGUGAGAUUCAA
(((((.(((......))).....(((((((((((.(....((.....)).....(((((.....)))))...).)))))))))))...)))))(((((((...)))).)))......... ( -38.20)
>DroPse_CAF1 527 120 - 1
UCCGCAUGCUCCCAAACAAACAGUGAGUAACCGCCCAAUCGGCUUUUCCAAUAUCCAACAAAACGUUGGUACGCGCGGUUGCUCGAUAGUGGGACCCUUGUUCCAGGAGGUGAGAUUCAA
..(.(((.((((...........(((((((((((.(....((.....)).....(((((.....)))))...).)))))))))))....((((((....))))))))))))).)...... ( -37.30)
>DroWil_CAF1 453 120 - 1
UCCACAUGCGCCCAAACAAACAGUGAGUAACCGCCCAAUCGGCUUUUCAAAUAUCCAACAAAACGUUGGUACGCGCGGUUGCUCGAUAGUGGGACCCUUGUUCCAGGAGGUGAGAUUCAA
........(((((..........(((((((((((((....))............(((((.....))))).....)))))))))))....((((((....)))))).).))))........ ( -34.80)
>DroMoj_CAF1 616 120 - 1
UCCGCAUGCGCCCAAACAAACAGUGAGUAACCGCCCAAUCGGCUUUACAAAUAUCCAACAAAACGUUGGUACGCGCGGUUGCUCGAUAGUGGGACCCUUGUUCCAGGAGGUGAGAUUCAA
........(((((..........(((((((((((((....))............(((((.....))))).....)))))))))))....((((((....)))))).).))))........ ( -34.80)
>DroAna_CAF1 550 120 - 1
UCCACAUGCGCCAAAGCAAACAGUGAGUAACCGCCCAAUCGGCUUUUCCAAUAUCCAACAAAACGUUGGUACGCGCGGUUGCUCGAUAGUGGGACCCUUGUUCCAGGAGGUGAGAUUCAA
(((((.(((......))).....(((((((((((.(....((.....)).....(((((.....)))))...).)))))))))))...)))))(((((((...)))).)))......... ( -38.60)
>DroPer_CAF1 527 120 - 1
UCCGCAUGCUCCCAAACAAACAGUGAGUAACCGCCCAAUCGGCUUUUCCAAUAUCCAACAAAACGUUGGUACGCGCGGUUGCUCGAUAGUGGGACCCUUGUUCCAGGAGGUGAGAUUCAA
..(.(((.((((...........(((((((((((.(....((.....)).....(((((.....)))))...).)))))))))))....((((((....))))))))))))).)...... ( -37.30)
>consensus
UCCGCAUGCGCCCAAACAAACAGUGAGUAACCGCCCAAUCGGCUUUUCCAAUAUCCAACAAAACGUUGGUACGCGCGGUUGCUCGAUAGUGGGACCCUUGUUCCAGGAGGUGAGAUUCAA
(((((.....((...........(((((((((((((....))............(((((.....))))).....)))))))))))....((((((....))))))))..))).))..... (-33.94 = -33.72 +  -0.22)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 0

Location	9,125,460 – 9,125,577
Length	117
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	93.50
Mean single sequence MFE	-47.18
Consensus MFE	-40.75
Energy contribution	-40.83
Covariance contribution	0.09
Combinations/Pair	1.11
Mean z-score	-2.24
Structure conservation index	0.86
SVM decision value	1.53
SVM RNA-class probability	0.961551
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 9125460 117 + 23771897
AACCGCGCGUACCAACGUUUUGUUGGAUAUUGGAAAAGCCGAUUGGGCGGUUACUCACUGUUUGCUUGGGCGCAUGCGGAUGUC---CAUGGCUGUGGGCGUGGUGUCCAUGCCCGUGGC
..((((((((.(((((.....)))))............((((.(..(((((.....)))))..).))))))))..)))).....---....((..(((((((((...)))))))))..)) ( -48.30)
>DroPse_CAF1 567 117 + 1
AACCGCGCGUACCAACGUUUUGUUGGAUAUUGGAAAAGCCGAUUGGGCGGUUACUCACUGUUUGUUUGGGAGCAUGCGGAUGAC---CAUGGCUGUGGGCAUGGUGACCAUGCCCAUGCC
((((((.((..(((((.....)))))..(((((.....))))))).))))))..(((((((.((((....)))).)))).))).---...(((.((((((((((...))))))))))))) ( -47.50)
>DroWil_CAF1 493 117 + 1
AACCGCGCGUACCAACGUUUUGUUGGAUAUUUGAAAAGCCGAUUGGGCGGUUACUCACUGUUUGUUUGGGCGCAUGUGGAUGAC---CAUGGCUGUGGGCAUGAUGUCCAUGCCCAUGCC
....((((...(((((.....)))))............((((.(..(((((.....)))))..).))))))))..((((....)---)))(((.(((((((((.....)))))))))))) ( -45.70)
>DroMoj_CAF1 656 117 + 1
AACCGCGCGUACCAACGUUUUGUUGGAUAUUUGUAAAGCCGAUUGGGCGGUUACUCACUGUUUGUUUGGGCGCAUGCGGAUGAC---CAUGGCUGUGGGCAUGAUGACCAUGCCCAUGUC
..((((((((.(((((.....)))))............((((.(..(((((.....)))))..).))))))))..)))).....---...(((.(((((((((.....)))))))))))) ( -44.20)
>DroAna_CAF1 590 120 + 1
AACCGCGCGUACCAACGUUUUGUUGGAUAUUGGAAAAGCCGAUUGGGCGGUUACUCACUGUUUGCUUUGGCGCAUGUGGAUGCCCGCCGUGGCUGUGGGCGUGGUGUCCAUGCCCGUGGC
..((((((...(((((.....)))))..........(((((....(((((.((..((((((..((....))))).)))..)).))))).)))))))((((((((...)))))))))))). ( -49.90)
>DroPer_CAF1 567 117 + 1
AACCGCGCGUACCAACGUUUUGUUGGAUAUUGGAAAAGCCGAUUGGGCGGUUACUCACUGUUUGUUUGGGAGCAUGCGGAUGAC---CAUGGCUGUGGGCAUGGUGACCAUGCCCAUGCC
((((((.((..(((((.....)))))..(((((.....))))))).))))))..(((((((.((((....)))).)))).))).---...(((.((((((((((...))))))))))))) ( -47.50)
>consensus
AACCGCGCGUACCAACGUUUUGUUGGAUAUUGGAAAAGCCGAUUGGGCGGUUACUCACUGUUUGUUUGGGCGCAUGCGGAUGAC___CAUGGCUGUGGGCAUGGUGACCAUGCCCAUGCC
..((((((((.(((((.....)))))............((((.(..(((((.....)))))..).))))))))..))))...........(((.(((((((((.....)))))))))))) (-40.75 = -40.83 +   0.09)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 1

Location	9,125,540 – 9,125,641
Length	101
Sequences	6
Columns	105
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	93.29
Mean single sequence MFE	-46.67
Consensus MFE	-41.58
Energy contribution	-42.17
Covariance contribution	0.59
Combinations/Pair	1.07
Mean z-score	-2.55
Structure conservation index	0.89
SVM decision value	2.69
SVM RNA-class probability	0.996397
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 9125540 101 + 23771897
UGUC---CAUGGCUGUGGGCGUGGUGUCCAUGCCCGUGGCCAUGUUCCGGUCCCAUGCCCAUACCGACGCCCACAUUGACCCCGCCACCGGGUCCUCCGGGUCC-
.(((---((((((..(((((((((...)))))))))..))))))....(((.....)))......)))((((.....(((((.......)))))....))))..- ( -46.30)
>DroSec_CAF1 655 101 + 1
UGUC---CAUGGCUGUGGGCGUGGUGUCCAUGCCCGUGGCCAUGUUCCGGUCCCAUGCCCAUACCGACGCCCACAUUGACCCCGCCACCGGGUCCUCCGGGUCC-
.(((---((((((..(((((((((...)))))))))..))))))....(((.....)))......)))((((.....(((((.......)))))....))))..- ( -46.30)
>DroSim_CAF1 655 101 + 1
UGUC---CAUGGCUGUGGGCGUGGUGUCCAUGCCCGUGGCCAUGUUCCGGUCCCAUGCCCAUACCGACGCCCACAUUGACCCCGCCACCGGGUCCUCCGGGUCC-
.(((---((((((..(((((((((...)))))))))..))))))....(((.....)))......)))((((.....(((((.......)))))....))))..- ( -46.30)
>DroEre_CAF1 660 101 + 1
UGUC---CAUGGCUGUGGGCGUGGUGUCCAUGCCCGUGGCCAUGUUCCGGUCCCAUGCCCAUACCGACGCCCACAUUGACCCCGCCACCGGGUCCACCGGGUCC-
.(((---((((((..(((((((((...)))))))))..))))))....(((.....)))......)))((((.....(((((.......)))))....))))..- ( -46.30)
>DroYak_CAF1 640 101 + 1
UGUC---CAUGGCUGUGGGCGUGGUGUCCAUGCCCGUGGCCAUGCUCCGGUCCCAUGCCCAUACCGACGCCCACAUUGACCCCGCCACCGGGUCCUCCGGGUCC-
.(((---((((((..(((((((((...)))))))))..))))))....(((.....)))......)))((((.....(((((.......)))))....))))..- ( -46.10)
>DroAna_CAF1 670 102 + 1
UGCCCGCCGUGGCUGUGGGCGUGGUGUCCAUGCCCGUGGCCAUGCUCCGGUCCCAUGCCCAUGCCCACGCCCACAUUGGGUCCGCCUCCCA---UUCCGGGUCCC
.(((((..((((.(((((((((((.(..((((.(((..((...))..)))...)))))))))))))))).))))..((((.......))))---...)))))... ( -48.70)
>consensus
UGUC___CAUGGCUGUGGGCGUGGUGUCCAUGCCCGUGGCCAUGUUCCGGUCCCAUGCCCAUACCGACGCCCACAUUGACCCCGCCACCGGGUCCUCCGGGUCC_
.(((...((((((..(((((((((...)))))))))..))))))....(((.....)))......)))((((.....(((((.......)))))....))))... (-41.58 = -42.17 +   0.59)

alignment

secondary structure

dotplot

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 10:50:17 2006