Sequence ID | 3L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 907,119 – 907,224 |
Length | 105 |
Max. P | 0.690950 |
Location | 907,119 – 907,224 |
---|---|
Length | 105 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 79.21 |
Mean single sequence MFE | -27.58 |
Consensus MFE | -15.43 |
Energy contribution | -14.10 |
Covariance contribution | -1.33 |
Combinations/Pair | 1.25 |
Mean z-score | -1.91 |
Structure conservation index | 0.56 |
SVM decision value | 0.33 |
SVM RNA-class probability | 0.690950 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 907119 105 + 23771897 G--CCUCUUCAUUUACGUAAUGUAAGGAAUUUGCGGAAAUU--GCUG---------GCAAUUCCGCAGAUUAAAC--UGGACCCAAAGUGCAAUUGGGCGCAAAUUUCCAACCUCUGUUU .--(((...((((.....))))..)))(((((((((((.((--(...---------.))))))))))))))....--((((......((((......)))).....)))).......... ( -27.50) >DroVir_CAF1 59683 106 + 1 G--UCUCUUCAUUUACGUAAUGUAAGCAAUUUGUGAAAAUU--GCUGGCCUGGCCGGCAAUUUUACAGAUUAAAC--UGCAC-CAAAGUGCAAUUGGGCGCAAAUUUG-------UGUGC .--...(((((((.....)))).))).(((((((((((.((--((((((...)))))))))))))))))))....--.((((-((((((((......))))...))))-------.)))) ( -33.10) >DroPse_CAF1 73816 104 + 1 G--CCUCUUCAUUUACGUAAUGUAAGCAAUUUAUGAAAAUU--GCCA---------GCAAUUUCGUAGAUUAAAC--UGCAACCAAAGUGCAAUUGCGUGCAAAUUUCU-CCCACUGUAU .--..........((((((((......(((((((((((.((--(...---------.))))))))))))))....--((((.......)))))))))))).........-.......... ( -19.40) >DroGri_CAF1 55189 106 + 1 G--UCUCUUCAUUUACGUAAUGUAAGCAAUUUGUGAAAAUU--GCUGGCCUGGCCGGCAAUUUUGCAGAUUAAAC--UGCAC-CAAAGUGCAAUUGGGCGCAAAUUUG-------UGUGC .--...(((((((.....)))).))).(((((((.((((((--((((((...)))))))))))))))))))....--.((((-((((((((......))))...))))-------.)))) ( -33.00) >DroWil_CAF1 71118 95 + 1 GACCAUCUUCAUUUACGUAAUGUAAGCAAUUUGUGAAAAUUGUGCUG---------GCAAUUUCACAGAUUAAACUUUGGACCCUAAGUGCAAUUGGGCGCAAA---------------- ..(((.(((((((.....)))).))).(((((((((((.((((....---------)))))))))))))))......))).......((((......))))...---------------- ( -21.80) >DroMoj_CAF1 62520 106 + 1 G--UCUCUUCAUUUACGUAAUGUAAGCAAUUUGUGAAAAUU--GCUGGCUUGGCCGGCAAUUUUACAGAUUAAAC--UGCAG-CAAAGUGCAAUUGGGCGCAAAUUUG-------UGUGC .--...(((((((.....)))).))).(((((((((((.((--((((((...)))))))))))))))))))....--.((((-((((((((......))))...))))-------).))) ( -30.70) >consensus G__CCUCUUCAUUUACGUAAUGUAAGCAAUUUGUGAAAAUU__GCUG_________GCAAUUUCACAGAUUAAAC__UGCAC_CAAAGUGCAAUUGGGCGCAAAUUUG_______UGUGC ......(((((((.....)))).))).(((((((((((.....((...........))..)))))))))))................((((......))))................... (-15.43 = -14.10 + -1.33)
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