Locus 312

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 907,119 – 907,224
Length 105
Max. P 0.690950
window468

overview

Window 8

Location 907,119 – 907,224
Length 105
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 79.21
Mean single sequence MFE -27.58
Consensus MFE -15.43
Energy contribution -14.10
Covariance contribution -1.33
Combinations/Pair 1.25
Mean z-score -1.91
Structure conservation index 0.56
SVM decision value 0.33
SVM RNA-class probability 0.690950
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 907119 105 + 23771897
G--CCUCUUCAUUUACGUAAUGUAAGGAAUUUGCGGAAAUU--GCUG---------GCAAUUCCGCAGAUUAAAC--UGGACCCAAAGUGCAAUUGGGCGCAAAUUUCCAACCUCUGUUU
.--(((...((((.....))))..)))(((((((((((.((--(...---------.))))))))))))))....--((((......((((......)))).....)))).......... ( -27.50)
>DroVir_CAF1 59683 106 + 1
G--UCUCUUCAUUUACGUAAUGUAAGCAAUUUGUGAAAAUU--GCUGGCCUGGCCGGCAAUUUUACAGAUUAAAC--UGCAC-CAAAGUGCAAUUGGGCGCAAAUUUG-------UGUGC
.--...(((((((.....)))).))).(((((((((((.((--((((((...)))))))))))))))))))....--.((((-((((((((......))))...))))-------.)))) ( -33.10)
>DroPse_CAF1 73816 104 + 1
G--CCUCUUCAUUUACGUAAUGUAAGCAAUUUAUGAAAAUU--GCCA---------GCAAUUUCGUAGAUUAAAC--UGCAACCAAAGUGCAAUUGCGUGCAAAUUUCU-CCCACUGUAU
.--..........((((((((......(((((((((((.((--(...---------.))))))))))))))....--((((.......)))))))))))).........-.......... ( -19.40)
>DroGri_CAF1 55189 106 + 1
G--UCUCUUCAUUUACGUAAUGUAAGCAAUUUGUGAAAAUU--GCUGGCCUGGCCGGCAAUUUUGCAGAUUAAAC--UGCAC-CAAAGUGCAAUUGGGCGCAAAUUUG-------UGUGC
.--...(((((((.....)))).))).(((((((.((((((--((((((...)))))))))))))))))))....--.((((-((((((((......))))...))))-------.)))) ( -33.00)
>DroWil_CAF1 71118 95 + 1
GACCAUCUUCAUUUACGUAAUGUAAGCAAUUUGUGAAAAUUGUGCUG---------GCAAUUUCACAGAUUAAACUUUGGACCCUAAGUGCAAUUGGGCGCAAA----------------
..(((.(((((((.....)))).))).(((((((((((.((((....---------)))))))))))))))......))).......((((......))))...---------------- ( -21.80)
>DroMoj_CAF1 62520 106 + 1
G--UCUCUUCAUUUACGUAAUGUAAGCAAUUUGUGAAAAUU--GCUGGCUUGGCCGGCAAUUUUACAGAUUAAAC--UGCAG-CAAAGUGCAAUUGGGCGCAAAUUUG-------UGUGC
.--...(((((((.....)))).))).(((((((((((.((--((((((...)))))))))))))))))))....--.((((-((((((((......))))...))))-------).))) ( -30.70)
>consensus
G__CCUCUUCAUUUACGUAAUGUAAGCAAUUUGUGAAAAUU__GCUG_________GCAAUUUCACAGAUUAAAC__UGCAC_CAAAGUGCAAUUGGGCGCAAAUUUG_______UGUGC
......(((((((.....)))).))).(((((((((((.....((...........))..)))))))))))................((((......))))................... (-15.43 = -14.10 +  -1.33) 

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript


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