Sequence ID | 3L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 9,042,791 – 9,042,904 |
Length | 113 |
Max. P | 0.983759 |
Location | 9,042,791 – 9,042,904 |
---|---|
Length | 113 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 80.14 |
Mean single sequence MFE | -37.35 |
Consensus MFE | -22.64 |
Energy contribution | -24.20 |
Covariance contribution | 1.56 |
Combinations/Pair | 1.19 |
Mean z-score | -3.89 |
Structure conservation index | 0.61 |
SVM decision value | 1.95 |
SVM RNA-class probability | 0.983759 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 9042791 113 - 23771897 ACACGGCCACAGAAAAGUCAAAUCAAGAACAGAGUCU----UGGGUCA---UAAAGAGAUUGCAAAUCGACGGCCUACAUUAUGUAACCAGACCUGUUUGUAUGUGGCUGUGCAUUUAAU .((((((((((((....)).......((((((.((((----.((..((---(((.(((..((........))..)).).)))))...))))))))))))...))))))))))........ ( -34.70) >DroSec_CAF1 21193 113 - 1 ACACGGCCACAGAAAAGUCAAAACAAGAACAGAGUCU----GGGGUCA---UUAGGAGAUUGCAAAUCGACGGCCUACAUUAUGUUACCAGACCUGUUUGUAUGUGGCUGUGCAUUUAAU .((((((((((((....)).......((((((.((((----((...((---(((((.(((.....))).....))))....)))...))))))))))))...))))))))))........ ( -39.00) >DroSim_CAF1 21686 113 - 1 ACACGGCCACAGAAAAGUCAAAACAAGAACAGAGUCU----GGGGUCA---UUAAGAGAUUGCAAAUCGACGGCCUACAUUAUGUUACCAGACCUGUUUGUAUGUGGCUGUGCAUUUAAU .((((((((((((....)).......((((((.((((----((...((---(....((..((........))..)).....)))...))))))))))))...))))))))))........ ( -36.60) >DroEre_CAF1 21369 112 - 1 ACACGGCCACAGAAAAGUCAAAUCACGAACAGUGUCU----GGGGUCA---UUAAGAGAUUGAAAAUCCAUGGCCUA-AGUAUGUUAUCAGACCUGUUUUUAUGUGGCUGUGCAUUUAAU .((((((((((((....)).......((((((.((((----(((((..---((((....))))..))))(((((...-.....))))))))))))))))...))))))))))........ ( -34.90) >DroYak_CAF1 21571 112 - 1 ACACGGCCACAGAAAAGUCAAAUCAAGAACGGAGUCU----GGGGUCA---UUAAGAGAUUGAAAAUCCAUGACCUA-AAUAUGUUACCAGACCUGUUUUUAUGUGGCUGUGCAUUUAAU .((((((((((((....)).....((((((((.((((----(((((((---(...(.(((.....))))))))))((-(.....))))))))))))))))).))))))))))........ ( -38.80) >DroAna_CAF1 22780 105 - 1 ACGCGGCCACGAAAAAGGGAAAU-----ACUGUGUCGUCGGGGGAUCACCCUUCAGAUAUUCAAUAUCC----------UUGUAUUAGGACACACAUUUUCCCGUGGCCGUGAACCUAAU .((((((((((.....(((((((-----..((((((...((((.....))))...(((((...))))).----------.........)))))).)))))))))))))))))........ ( -40.10) >consensus ACACGGCCACAGAAAAGUCAAAUCAAGAACAGAGUCU____GGGGUCA___UUAAGAGAUUGAAAAUCCACGGCCUA_AUUAUGUUACCAGACCUGUUUGUAUGUGGCUGUGCAUUUAAU .((((((((((((....)).......((((((.((((.....(((((........................))))).............))))))))))...))))))))))........ (-22.64 = -24.20 + 1.56)
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