Locus 3103

Sequence ID	3L_DroMel_CAF1
Location	8,981,596 – 8,981,700
Length	104
Max. P	0.892518

overview

Window 8

Location	8,981,596 – 8,981,700
Length	104
Sequences	6
Columns	113
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	78.54
Mean single sequence MFE	-38.03
Consensus MFE	-22.75
Energy contribution	-23.45
Covariance contribution	0.70
Combinations/Pair	1.05
Mean z-score	-1.58
Structure conservation index	0.60
SVM decision value	0.19
SVM RNA-class probability	0.627876
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 8981596 104 + 23771897
AGAUCAGAGCGAGCCGCAUCUUAAACGCUGGCGCCGGCGCCAAGUUAAAUGCGCUGAUUGAGCGCCACGAUCACC-GGCAAACCUGGCGAGCAGUCCAA--UU--CAAA----
......(((..(((.((((....(((..(((((....))))).)))..)))))))(((((..(((((.(.....)-((....)))))))..)))))...--))--)...---- ( -30.70)
>DroVir_CAF1 22987 98 + 1
AGAUCAGAGAGCGCCGCAUCUUAAAUGCUGGCGCCAGCGCC------AGUGCGCUGAUUGAGCGCGACGAUCGCCAGGUAAUCCUGGCCAGCGGUUCGC--CG--CAA-----
.((((...(.(((((((((.....)))).)))))).(((((------(((......)))).))))...))))((((((....))))))..((((....)--))--)..----- ( -47.70)
>DroGri_CAF1 21943 100 + 1
AGAUCAGAGAGCACCGCAUCUUAAAUGCUGGCGCCAGCGCC------AAUGCGCUGAUUGAGCGCGACGAUCGCCAGGUAAUCCUGGCCAGCCAUGCGC--CAACCAU-----
.((((((...(((..((((.....))))(((((....))))------).))).))))))(.(((((......((((((....))))))......)))))--)......----- ( -39.80)
>DroWil_CAF1 26140 107 + 1
AGAUCAGAGCAAGCCGCAUCUUAAACGCUGGCGCCA-CGCCAAGUUAAAUGUGCUGAUUGAGCGCCACGAUCGCC-AGCGAUCCUGGCAAGUAGUCGCA--GU--CUCCGGAA
...((.(((...((.((((.((.(((..(((((...-))))).))).)).)))).(((((...((((.(((((..-..))))).))))...))))))).--..--))).)).. ( -35.50)
>DroMoj_CAF1 22994 104 + 1
AGAUCAGAGAGAGCCGCAUCUUAAAUGCUGGCGCCAGCGCCAGUGCCAGUGCGCUGAUUGAGCGCGACGAUCGGCAGGUAAUCCUGGCGAGCAGUUGGC--CG--CAA-----
...............((.........(((((((....)))))))(((...(((((.....)))))(((..(((.((((....)))).)))...))))))--.)--)..----- ( -42.00)
>DroAna_CAF1 20157 106 + 1
AGAUCAGAGCAAGCCGCAUCUUAAACGCUGGCGCCGGCGCCAAGUUAAAUGCGCUGAUUGAGCGCCACGAUCGCC-GGCAAUCCUGGCAAGCAAUCCGACGUC--CGAC----
.(((((((((.....)).))).....(.((((((((((((..........)))))).....)))))))))))(((-((.....)))))...............--....---- ( -32.50)
>consensus
AGAUCAGAGAGAGCCGCAUCUUAAACGCUGGCGCCAGCGCCAAGUUAAAUGCGCUGAUUGAGCGCCACGAUCGCC_GGCAAUCCUGGCAAGCAGUCCGA__CG__CAA_____
.((((.......................(((((....)))))........(((((.....)))))...))))(((.((....)).)))......................... (-22.75 = -23.45 +   0.70)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 9

Location	8,981,596 – 8,981,700
Length	104
Sequences	6
Columns	113
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	78.54
Mean single sequence MFE	-42.17
Consensus MFE	-26.61
Energy contribution	-26.42
Covariance contribution	-0.19
Combinations/Pair	1.13
Mean z-score	-1.95
Structure conservation index	0.63
SVM decision value	0.97
SVM RNA-class probability	0.892518
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 8981596 104 - 23771897
----UUUG--AA--UUGGACUGCUCGCCAGGUUUGCC-GGUGAUCGUGGCGCUCAAUCAGCGCAUUUAACUUGGCGCCGGCGCCAGCGUUUAAGAUGCGGCUCGCUCUGAUCU
----....--.(--(..((..((..(((.(((..(((-((((...((.(((((.....))))).....))....)))))))))).(((((...))))))))..))))..)).. ( -37.50)
>DroVir_CAF1 22987 98 - 1
-----UUG--CG--GCGAACCGCUGGCCAGGAUUACCUGGCGAUCGUCGCGCUCAAUCAGCGCACU------GGCGCUGGCGCCAGCAUUUAAGAUGCGGCGCUCUCUGAUCU
-----..(--((--((((.....(.((((((....)))))).))))))))(.(((..((((((...------.))))))(((((.(((((...))))))))))....))).). ( -47.30)
>DroGri_CAF1 21943 100 - 1
-----AUGGUUG--GCGCAUGGCUGGCCAGGAUUACCUGGCGAUCGUCGCGCUCAAUCAGCGCAUU------GGCGCUGGCGCCAGCAUUUAAGAUGCGGUGCUCUCUGAUCU
-----..(((((--((((((((.(.((((((....)))))).))))).)))).)))))(((((...------.)))))((((((.(((((...)))))))))))......... ( -47.60)
>DroWil_CAF1 26140 107 - 1
UUCCGGAG--AC--UGCGACUACUUGCCAGGAUCGCU-GGCGAUCGUGGCGCUCAAUCAGCACAUUUAACUUGGCG-UGGCGCCAGCGUUUAAGAUGCGGCUUGCUCUGAUCU
...(((((--..--.((((.....(((((.(((((..-..))))).))))).....)).(((..((.(((((((((-...)))))).))).))..))).))...))))).... ( -39.20)
>DroMoj_CAF1 22994 104 - 1
-----UUG--CG--GCCAACUGCUCGCCAGGAUUACCUGCCGAUCGUCGCGCUCAAUCAGCGCACUGGCACUGGCGCUGGCGCCAGCAUUUAAGAUGCGGCUCUCUCUGAUCU
-----..(--((--((.....)).)))..((((((...(((((((((((((((.....)))))...))).((((((....)))))).......))).))))......)))))) ( -36.60)
>DroAna_CAF1 20157 106 - 1
----GUCG--GACGUCGGAUUGCUUGCCAGGAUUGCC-GGCGAUCGUGGCGCUCAAUCAGCGCAUUUAACUUGGCGCCGGCGCCAGCGUUUAAGAUGCGGCUUGCUCUGAUCU
----((((--((.((..(((((..(((((.(((((..-..))))).)))))..)))))((((((((((((((((((....)))))).)))..)))))).))).)))))))).. ( -44.80)
>consensus
_____UUG__AG__GCGGACUGCUCGCCAGGAUUACC_GGCGAUCGUCGCGCUCAAUCAGCGCAUUUAACUUGGCGCUGGCGCCAGCAUUUAAGAUGCGGCUCGCUCUGAUCU
.........................(((.((....)).)))((((...(((((.....))))).........((((....)))).(((((...)))))..........)))). (-26.61 = -26.42 +  -0.19)

alignment

secondary structure

dotplot

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