Locus 3094

Sequence ID	3L_DroMel_CAF1
Location	8,966,246 – 8,966,345
Length	99
Max. P	0.999982

overview

Window 3

Location	8,966,246 – 8,966,345
Length	99
Sequences	6
Columns	99
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	91.65
Mean single sequence MFE	-38.27
Consensus MFE	-37.40
Energy contribution	-36.73
Covariance contribution	-0.66
Combinations/Pair	1.26
Mean z-score	-4.06
Structure conservation index	0.98
SVM decision value	5.29
SVM RNA-class probability	0.999982
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 8966246 99 + 23771897
GCUGCCACUGCCCACGGCGGCAGCAGCUGCUGCCAAAAGUUGCAACUGUUGCUGGUUAAUCAAAUUGUUGUUCAGCAUGCUGUUGUUAUUAUUGUUGUU
((((((.(((....))).)))))).((....))(((.(((.(((((.(((((((..((((......))))..))))).)).))))).))).)))..... ( -32.80)
>DroSec_CAF1 5358 99 + 1
GCUGCCACUGCCCACGGCGGCGGCAGCUGCUGCCAACAGUUGCAACUGUUGCUGGUUAAUCAAAUUGUUGUUCAGCAUGCUGUUGUUAUUAUUGUUGUU
((((((.(((((...))))).))))))......(((((((.(((((.(((((((..((((......))))..))))).)).)))))....))))))).. ( -41.40)
>DroSim_CAF1 6017 99 + 1
GCUGCCACUGCCCACGGCGGCGGCAGCUGCUGCCAACAGUUGCAACUGUUGCUGGUUAAUCAAAUUGUUGUUCAGCAUGCUGUUGUUAUUAUUGUUGUU
((((((.(((((...))))).))))))......(((((((.(((((.(((((((..((((......))))..))))).)).)))))....))))))).. ( -41.40)
>DroEre_CAF1 5536 99 + 1
GCUGCCACUGCCCACGGCGGCGGCAGCUGCUGCCAACAGUUGCAACUGUUGCUGAUUAAUCAAAUUGUUGUUCAGCAUGCUGUUGUUAUUAUUGUUGUU
((((((.(((((...))))).))))))......(((((((.(((((.((((((((.((((......)))).)))))).)).)))))....))))))).. ( -42.20)
>DroWil_CAF1 6620 96 + 1
GCUACCAUUGCCGACAGCAGCGGCAGCCGCGGCCAGCAAUUGCAAUUGCUGUUGAUUAAUUAAAUUGUUGUUCAACACAUUGUUGUUA---UUGUUGUU
((..(..((((((.(....)))))))..)..))(((((((.(((((((.((((((.((((......)))).))))))))..))))).)---)))))).. ( -29.90)
>DroYak_CAF1 5453 99 + 1
GCUGCCACUGCCCACGGCGGCGGCAGCUGCUGCCAACAGUUGCAACUGUUGCUGAUUAAUCAAAUUAUUGUUCAGCAUGCUGUUGUUAUUAUUGUUGUU
((((((.(((((...))))).))))))......(((((((.(((((.((((((((.((((......)))).)))))).)).)))))....))))))).. ( -41.90)
>consensus
GCUGCCACUGCCCACGGCGGCGGCAGCUGCUGCCAACAGUUGCAACUGUUGCUGAUUAAUCAAAUUGUUGUUCAGCAUGCUGUUGUUAUUAUUGUUGUU
((((((.((((.....)))).))))))......(((((((.(((((.((((((((.((((......)))).)))))).)).)))))....))))))).. (-37.40 = -36.73 +  -0.66)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 4

Location	8,966,246 – 8,966,345
Length	99
Sequences	6
Columns	99
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	91.65
Mean single sequence MFE	-31.74
Consensus MFE	-29.87
Energy contribution	-29.15
Covariance contribution	-0.72
Combinations/Pair	1.31
Mean z-score	-3.29
Structure conservation index	0.94
SVM decision value	4.48
SVM RNA-class probability	0.999906
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 8966246 99 - 23771897
AACAACAAUAAUAACAACAGCAUGCUGAACAACAAUUUGAUUAACCAGCAACAGUUGCAACUUUUGGCAGCAGCUGCUGCCGCCGUGGGCAGUGGCAGC
..................(((.(((((..................)))))...(((((........))))).)))((((((((.(....).)))))))) ( -28.67)
>DroSec_CAF1 5358 99 - 1
AACAACAAUAAUAACAACAGCAUGCUGAACAACAAUUUGAUUAACCAGCAACAGUUGCAACUGUUGGCAGCAGCUGCCGCCGCCGUGGGCAGUGGCAGC
......................(((((..(((....))).........(((((((....))))))).)))))((((((((.(((...))).)))))))) ( -33.00)
>DroSim_CAF1 6017 99 - 1
AACAACAAUAAUAACAACAGCAUGCUGAACAACAAUUUGAUUAACCAGCAACAGUUGCAACUGUUGGCAGCAGCUGCCGCCGCCGUGGGCAGUGGCAGC
......................(((((..(((....))).........(((((((....))))))).)))))((((((((.(((...))).)))))))) ( -33.00)
>DroEre_CAF1 5536 99 - 1
AACAACAAUAAUAACAACAGCAUGCUGAACAACAAUUUGAUUAAUCAGCAACAGUUGCAACUGUUGGCAGCAGCUGCCGCCGCCGUGGGCAGUGGCAGC
......................(((((.........((((....))))(((((((....))))))).)))))((((((((.(((...))).)))))))) ( -33.80)
>DroWil_CAF1 6620 96 - 1
AACAACAA---UAACAACAAUGUGUUGAACAACAAUUUAAUUAAUCAACAGCAAUUGCAAUUGCUGGCCGCGGCUGCCGCUGCUGUCGGCAAUGGUAGC
........---.........((((((((................)))))).)).((((.(((((((((.(((((....))))).))))))))).)))). ( -28.09)
>DroYak_CAF1 5453 99 - 1
AACAACAAUAAUAACAACAGCAUGCUGAACAAUAAUUUGAUUAAUCAGCAACAGUUGCAACUGUUGGCAGCAGCUGCCGCCGCCGUGGGCAGUGGCAGC
......................(((((..(((....))).........(((((((....))))))).)))))((((((((.(((...))).)))))))) ( -33.90)
>consensus
AACAACAAUAAUAACAACAGCAUGCUGAACAACAAUUUGAUUAACCAGCAACAGUUGCAACUGUUGGCAGCAGCUGCCGCCGCCGUGGGCAGUGGCAGC
......................(((((.........(((......)))(((((((....))))))).)))))((((((((.(((...))).)))))))) (-29.87 = -29.15 +  -0.72)

alignment

secondary structure

dotplot

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