Locus 3093

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 8,961,752 – 8,961,872
Length 120
Max. P 0.824428
window4822

overview

Window 2

Location 8,961,752 – 8,961,872
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 81.11
Mean single sequence MFE -44.72
Consensus MFE -30.42
Energy contribution -30.40
Covariance contribution -0.02
Combinations/Pair 1.29
Mean z-score -2.04
Structure conservation index 0.68
SVM decision value 0.69
SVM RNA-class probability 0.824428
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 8961752 120 + 23771897
GCGGCGCCAUCGCCGUCCACUUUGCCCACAUGGCUCUGGUGCCCAAUUUGAUUGGAAUAACCGUCAUCGAUGUUGUGGAGGGCACAGCCAUGGAGGCACUAGCCAGCAUGCAGAGCUUUC
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>DroVir_CAF1 1999 120 + 1
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>DroGri_CAF1 690 120 + 1
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>DroWil_CAF1 770 120 + 1
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>DroMoj_CAF1 673 120 + 1
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>DroAna_CAF1 633 120 + 1
GCGGAGCCAUCGCUGUCCACUUCGCUCACAUGGCUCUGGUACCAAACCUAAUUGGUAUAACCGUCAUAGACGUGGUGGAGGGCACGGCCAUGGAGGCGCUGGCCAGCAUGCAGAGCUUUC
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>consensus
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alignment

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secondary structure

Postscript

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