Locus 3091

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 8,958,329 – 8,958,566
Length 237
Max. P 0.940729
window4817 window4818 window4819

overview

Window 7

Location 8,958,329 – 8,958,449
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 79.67
Mean single sequence MFE -49.58
Consensus MFE -25.27
Energy contribution -24.75
Covariance contribution -0.52
Combinations/Pair 1.48
Mean z-score -2.03
Structure conservation index 0.51
SVM decision value 0.04
SVM RNA-class probability 0.552325
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 8958329 120 - 23771897
GGUCAGCUCCGCUGUGUUGGCCACCGCACACGUCCAGGGCAAGAAACUAGAUCGCAGGGAGCUGGCUUCCAUUUCGGCCAUGUGUGAGCAGUACAUUGGAACGCACAGUGGUGGUAUGGA
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>DroVir_CAF1 28131 120 - 1
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>DroGri_CAF1 41011 120 - 1
AGUGAGUGCCGCUGUGCUGGCCACGGCCAAAGUGCAGGGCAUGAGGCUGGACCGCAAGCAGUUGGCAUCGAUUUCGGCCAGUUGUGAGCAGUACAUUGGCACACACAGCGGUGGCAUGGA
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>DroWil_CAF1 28035 120 - 1
GGUCAGCUCUGCAGUAUUGGCCACAGCCAAUGUGCAGGGCAUGCAGUUGGAUCGUAAGGAGCUGGCCUCCAUAUCGGCCAGGUGUGAGCAAUAUAUUGGCACGCAUAGCGGAGGAAUGGA
.....((((((((.(((((((....)))))))))))))))...(((((...((....))))))).(((((.((((((((((((((.....)))).))))).)).)))..)))))...... ( -47.70)
>DroMoj_CAF1 17309 120 - 1
GGUCAGCGCCGCUGUACUGGCUACAGGACAUACUCAGGGCAUGCCGUUGGAUCGCAAGCAGCUGGCCUCGAUUUCGGCAAGCUGUGAGCAAUAUAUUGGCACCCACAGCGGUGGCAUGGA
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>DroAna_CAF1 14894 120 - 1
GGUUAGCUCGGCAGUUCUGGCCACCGCCCAUGUCCAGGGCAUGCAGCUGGAUCGCCGGGAGCUGGCCUCUAUCUCCGCCAAGUGCGAGCAAUACAUUGGCACUCACAGUGGAGGCAUGGA
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>consensus
GGUCAGCGCCGCUGUGCUGGCCACAGCACAUGUGCAGGGCAUGCAGCUGGAUCGCAAGCAGCUGGCCUCGAUUUCGGCCAGGUGUGAGCAAUACAUUGGCACACACAGCGGUGGCAUGGA
......(((((((((....((((..............(((.....))).....((..(.(.(((((..........))))).).)..)).......))))....)))))))))....... (-25.27 = -24.75 +  -0.52)

alignment

Postscript

secondary structure

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dotplot

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Window 8

Location 8,958,369 – 8,958,489
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 77.44
Mean single sequence MFE -50.12
Consensus MFE -27.77
Energy contribution -27.42
Covariance contribution -0.35
Combinations/Pair 1.44
Mean z-score -1.68
Structure conservation index 0.55
SVM decision value 0.15
SVM RNA-class probability 0.608377
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 8958369 120 - 23771897
AUGUGCCCUUGGCGGCAGGACUCUCCAGUUCGAGUGCCAUGGUCAGCUCCGCUGUGUUGGCCACCGCACACGUCCAGGGCAAGAAACUAGAUCGCAGGGAGCUGGCUUCCAUUUCGGCCA
...((((((.((((...(((((....)))))..((((..((((((((........))))))))..)))).)))).))))))........(..((..(((((....)))))....))..). ( -47.20)
>DroVir_CAF1 28171 120 - 1
AUGUGCCACUUGCUGCUGGCUUGUCCAGCUCUAGUGCGUUGGUUAGCGCCGCUGUGCUGGCCACUGGACACGUGCAGGGCAUGCAGCUGGAUCGCAAGCAGCUAGCCUCGAUUUCAGCUA
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>DroGri_CAF1 41051 120 - 1
AUGUGCCACUUGCCGCUGGCCUGUCCAGCUCUAGUGCGCUAGUGAGUGCCGCUGUGCUGGCCACGGCCAAAGUGCAGGGCAUGAGGCUGGACCGCAAGCAGUUGGCAUCGAUUUCGGCCA
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>DroWil_CAF1 28075 120 - 1
AUGUUCCUCUGGCAGCUGGUCUCUCUAGCUCCAGUGCCAUGGUCAGCUCUGCAGUAUUGGCCACAGCCAAUGUGCAGGGCAUGCAGUUGGAUCGUAAGGAGCUGGCCUCCAUAUCGGCCA
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>DroMoj_CAF1 17349 120 - 1
ACGUUCCUUUGGCCGCCGGACUGUCCAGUUCCAGUGCUUUGGUCAGCGCCGCUGUACUGGCUACAGGACAUACUCAGGGCAUGCCGUUGGAUCGCAAGCAGCUGGCCUCGAUUUCGGCAA
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>DroAna_CAF1 14934 120 - 1
AUGUGCCAUUGGCCGCUGGCUUGUCCAGCUCGAGUGCCAUGGUUAGCUCGGCAGUUCUGGCCACCGCCCAUGUCCAGGGCAUGCAGCUGGAUCGCCGGGAGCUGGCCUCUAUCUCCGCCA
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>consensus
AUGUGCCACUGGCCGCUGGCCUGUCCAGCUCCAGUGCCAUGGUCAGCGCCGCUGUGCUGGCCACAGCACAUGUGCAGGGCAUGCAGCUGGAUCGCAAGCAGCUGGCCUCGAUUUCGGCCA
....(((..(((..(((((.((((((((((...(((((.(((((((..(....)..)))))))..(........)..)))))..))))))).(....)))))))))..)))....))).. (-27.77 = -27.42 +  -0.35)

alignment

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secondary structure

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Window 9

Location 8,958,449 – 8,958,566
Length 117
Sequences 6
Columns 117
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 74.70
Mean single sequence MFE -48.50
Consensus MFE -28.68
Energy contribution -31.05
Covariance contribution 2.37
Combinations/Pair 1.46
Mean z-score -1.91
Structure conservation index 0.59
SVM decision value 1.31
SVM RNA-class probability 0.940729
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 8958449 117 - 23771897
GUGCGGCAUCAAAGGAAUACAGGAGAGUCUGGGCAGCCAGUGGAAGCCCAUUGGCAUGCGCAUUGCUGUGGACGGUAAUGUGCCCUUGGCGGCAGGACUCUCCAGUUCGAGUGCCAU
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>DroVir_CAF1 28251 117 - 1
AUGCGGCAUCAAGGGCAUACAGGAGGAGCUGGAGAAGAAGUGGCGUCCCAUUGGCAUGCGCAUUGCACUUAGCGGCAAUGUGCCACUUGCUGCUGGCUUGUCCAGCUCUAGUGCGUU
(((((((.......))........(((((((((.(((.((..(((((.....)))..(((((((((........))))))))).....))..))..))).)))))))))..))))). ( -48.00)
>DroGri_CAF1 41131 117 - 1
GUGCGGCAUCAAGGGUGUACAGGAGGAGCUGGGCGAUAAGUGGCGGCCAGUUGGCAUGCGUGUUGCACUCUGUGGCAAUGUGCCACUUGCCGCUGGCCUGUCCAGCUCUAGUGCGCU
(((((((((.....))))......(((((((((((........)(((((((.((((.(((..((((.(.....)))))..)))....))))))))))).))))))))))..))))). ( -55.80)
>DroWil_CAF1 28155 117 - 1
CUGUGGCAUCAAGGGUGUCCAGGAACAUCUGGGGAGUAAGUGGCAGCCCCGGGGCAUGCGAAUUGCCGUUAUCGGCAAUGUUCCUCUGGCAGCUGGUCUCUCUAGCUCCAGUGCCAU
..((((((....((....))((((((.(((((((.((.....))..)))))))........(((((((....)))))))))))))((((.((((((.....)))))))))))))))) ( -49.90)
>DroMoj_CAF1 17429 117 - 1
GUGUGGCAUCAAAGGCAUACAGGAAGAGCUGAAUGACAAGUGGCGCCCAAUUGGUAUGCGCAUUGCUCUCAGUGGCAACGUUCCUUUGGCCGCCGGACUGUCCAGUUCCAGUGCUUU
(((((.(......).)))))..((((.((((..........((((.((((..((...(((..(((((......)))))))).)).)))).))))(((((....))))))))).)))) ( -37.70)
>DroAna_CAF1 15014 117 - 1
GUGCGGCAUUAAGGGAGUCCAGGAACAGCUGGCCAGCAAGUGGAGCCCCAUUGGGAUGCGUAUCGCUGUAGACGGGAAUGUGCCAUUGGCCGCUGGCUUGUCCAGCUCGAGUGCCAU
....((((((..((..(..((((..((((.((((((..(((((....))))).((.(((((.((.(((....)))))))))))).)))))))))).))))..)..))..)))))).. ( -42.60)
>consensus
GUGCGGCAUCAAGGGAAUACAGGAAGAGCUGGGCAACAAGUGGCGGCCCAUUGGCAUGCGCAUUGCUCUCAGCGGCAAUGUGCCACUGGCCGCUGGCCUGUCCAGCUCCAGUGCCAU
....(((((....(.....)......((((((((((..((((((.(((....)))..((((((((((......)))))))))).....))))))...))))))))))...))))).. (-28.68 = -31.05 +   2.37)

alignment

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