Locus 3090

Sequence ID	3L_DroMel_CAF1
Location	8,957,786 – 8,957,929
Length	143
Max. P	0.678052

overview

Window 5

Location	8,957,786 – 8,957,889
Length	103
Sequences	5
Columns	103
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	90.58
Mean single sequence MFE	-19.08
Consensus MFE	-15.09
Energy contribution	-14.73
Covariance contribution	-0.36
Combinations/Pair	1.12
Mean z-score	-1.55
Structure conservation index	0.79
SVM decision value	0.30
SVM RNA-class probability	0.678052
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 8957786 103 - 23771897
UUAUUCAGGGUAAGUUAAUCAUUUACAAUCAGGAUUUCACAUUUAAUCUGAAUCAUUACGUGUACAUUAAAUUUAUUGAUCACCAAAUGAAUAAUUACAGUCA
(((((((.(((..((((((.(((((...((((.(((........)))))))........(....)..)))))..)))))).)))...)))))))......... ( -12.40)
>DroSec_CAF1 15019 103 - 1
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(((((((.(((..((((((((..((((........(((((((...)))))))........))))........)))))))).)))...)))))))......... ( -18.89)
>DroSim_CAF1 15038 102 - 1
UUAUUCAGGGUAAGUUAAUCAUUUACAAUCAGGAUUUCAGAUUAAAUCUGAAUCA-UACGUGUACAUUAAAUUUAUUGAUCACCAAAUGAAUAAUUACAGUCA
(((((((.(((..((((((.(((((((.....((((.(((((...))))))))).-....)))).....)))..)))))).)))...)))))))......... ( -17.40)
>DroEre_CAF1 15663 103 - 1
UUAUUCAGGGUAGGUUAAUAAUUUACAAUCAGGAUUUCAGAUUUAAUCUGAAAUAUUGCAUGUACGUUAGGUUUAUUGAUCACCAAAUGAAUAAUUGCACUCA
(((((((.(((.(((((((((..((((..(((.(((((((((...))))))))).)))..))))(....)..))))))))))))...)))))))......... ( -26.00)
>DroYak_CAF1 15116 103 - 1
UUAUUCAGGGUAGGUUAAUCAUUUACAAUCAGGAUUUCAGAUUUAAUCUGAAAUAUUGCAUGUACGUUAAGUUUAUUGAUAACCAAAUGAGUAAUUACGCUCC
(((((((.(((............((((..(((.(((((((((...))))))))).)))..)))).(((((.....))))).)))...)))))))......... ( -20.70)
>consensus
UUAUUCAGGGUAAGUUAAUCAUUUACAAUCAGGAUUUCAGAUUUAAUCUGAAUCAUUACGUGUACAUUAAAUUUAUUGAUCACCAAAUGAAUAAUUACAGUCA
(((((((.(((............((((........(((((((...)))))))........)))).(((((.....))))).)))...)))))))......... (-15.09 = -14.73 +  -0.36)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 6

Location	8,957,826 – 8,957,929
Length	103
Sequences	6
Columns	108
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	83.81
Mean single sequence MFE	-26.37
Consensus MFE	-18.35
Energy contribution	-19.77
Covariance contribution	1.42
Combinations/Pair	1.14
Mean z-score	-1.84
Structure conservation index	0.70
SVM decision value	-0.02
SVM RNA-class probability	0.521219
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 8957826 103 - 23771897
CACAUGGAGCAGUUCAAGCUGCGUCAACGUGCUCUGCAUGUUAUUCAGGGUAAGUUAAUCAU-UUAC-AAUCAGGA---UUUCACAUUUAAUCUGAAUCAUUACGUGU
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>DroSec_CAF1 15059 103 - 1
CACAUGGAGCAGUUCAAGCUGCGUCAACGUGCUCUGCAUGUUAUUCAGGGUAAGUUAAUGAU-UUAC-AAUCAGAA---UUUCAGAUUAAAUCUGAAUCAUUACGUGU
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>DroSim_CAF1 15078 102 - 1
CACAUGGAGCAGUUCAAGCUGCGUCAACGUGCUCUGCAUGUUAUUCAGGGUAAGUUAAUCAU-UUAC-AAUCAGGA---UUUCAGAUUAAAUCUGAAUCA-UACGUGU
.((((((((((((....))))).))(((((((...)))))))(((((((((((((.....))-))))-((((....---.....))))...)))))))..-..))))) ( -25.90)
>DroEre_CAF1 15703 103 - 1
CACAUGGAGCAGUUCAAGCUGCGUCAACGUGCUCUGCAUGUUAUUCAGGGUAGGUUAAUAAU-UUAC-AAUCAGGA---UUUCAGAUUUAAUCUGAAAUAUUGCAUGU
.((((((((((((....))))).))(((.(((((((.(......)))))))).)))......-....-...(((.(---((((((((...))))))))).)))))))) ( -29.80)
>DroYak_CAF1 15156 103 - 1
CACAUGGAGCAGUUCAAGCUGCGUCAACGUGCUCUGCAUGUUAUUCAGGGUAGGUUAAUCAU-UUAC-AAUCAGGA---UUUCAGAUUUAAUCUGAAAUAUUGCAUGU
.((((((((((((....))))).))(((.(((((((.(......)))))))).)))......-....-...(((.(---((((((((...))))))))).)))))))) ( -29.80)
>DroAna_CAF1 14397 97 - 1
CAUAUGGAGCAGUUCAAGCUCCAACAACGUGCCCUGCAUGUUAUCCAAGGUAGGUUGGUUGUAUUACUGAUUAAGAAACCCUCUCAUUUCGAUUGAU-----------
....((((((.......))))))..(((((((...)))))))...(.((((..(..((((...(((.....)))..))))..)..)))).)......----------- ( -20.70)
>consensus
CACAUGGAGCAGUUCAAGCUGCGUCAACGUGCUCUGCAUGUUAUUCAGGGUAAGUUAAUCAU_UUAC_AAUCAGGA___UUUCAGAUUUAAUCUGAAUCAUUACGUGU
.((((((((((((....)))))...(((.(((((((.........))))))).)))..............))........(((((((...)))))))......))))) (-18.35 = -19.77 +   1.42)

alignment

secondary structure

dotplot

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