| Sequence ID | 3L_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 8,910,245 – 8,910,355 |
| Length | 110 |
| Max. P | 0.566007 |
| Location | 8,910,245 – 8,910,355 |
|---|---|
| Length | 110 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 117 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 78.62 |
| Mean single sequence MFE | -51.37 |
| Consensus MFE | -30.58 |
| Energy contribution | -31.05 |
| Covariance contribution | 0.47 |
| Combinations/Pair | 1.26 |
| Mean z-score | -1.53 |
| Structure conservation index | 0.60 |
| SVM decision value | 0.06 |
| SVM RNA-class probability | 0.566007 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 8910245 110 + 23771897 GGCCAGGCCACGUCGCAGACGAGAUCGCUCCGAG-------UGGCCAGUGGCUGCCACUGUUGGCACGUCGCCACUGCCCAAACUUAUGCUAUCGUGCUGCAGCAGCUCGGCCUCCA ((((..((...((.((((((((....((...(((-------(((.((((((((((((....)))))....))))))).))..))))..))..)))).)))).)).))..)))).... ( -47.90) >DroPse_CAF1 38151 116 + 1 GGCCAGGCCGCGACGCAGGCGAGAACGUUCUGCACCAGCUAUGGGUA-CGGCUGCGGCAGCUGCAACGUCGCCGCUGCCCAGGCUGCUGCUGUCGUGCUGCAGUUGCUCGGCCUCCG ((..(((((((((((((((((....)).))))).(((....)))(((-((((.((((((((((((.((....)).)))...))))))))).)))))))....)))))..))))))). ( -58.00) >DroEre_CAF1 3249 110 + 1 GGCCAGACCACGACGCAGGCGAGAUCGCUCCGAA-------UGGCCAGUGGCUGCCGUUGCUGGCACGUCGCCACUGCCCAAACUUAUGCUGUCGUGCUGCAGCAGCUCGGCCUCCA ((((.....((((((((((((....)))).....-------(((.((((((((((((....)))))....))))))).)))......))).)))))((((...))))..)))).... ( -47.40) >DroYak_CAF1 3227 110 + 1 GGCCAGACCACGACGCAGACGAGAUCGCUCCGAA-------UGGCCAGUGGCUGCCGUUGCUGGCACGUCGCCACUGCCCAAACUUAUGCUGUCGUGCUGUAGCAGCUCGGCCUCCA ((((.....((((((((...(((....)))....-------(((.((((((((((((....)))))....))))))).)))......))).)))))((((...))))..)))).... ( -44.40) >DroAna_CAF1 3348 107 + 1 GGCCAGUCCCCGACGCAGACGCGAUCGUUCCGAA-------UGGCCAGCAGCGGGAACAG---CGACGUCGACGCUUCCCAAGCUGCUGCUGUCGUGCUGGAGCACCUCGGCUUCCG (((((.((..((((((....))).)))....)).-------)))))((((((((((..((---((.......))))))))..))))))((((..((((....))))..))))..... ( -47.50) >DroPer_CAF1 44506 116 + 1 GGCCAGGCCGCGCCGCAGGCGGGAACGUUCUGCACCAGCUAUGGGUA-CGGCUGCGGCAGCUGCAACGUCGCCGCUGCCCAGGCUGCUGCUGUCGUGCUGCAGCUGCUCGGCCUCCG ((..((((((.((.(((((((....)).)))))...((((...((((-((((.((((((((((((.((....)).)))...))))))))).))))))))..)))))).)))))))). ( -63.00) >consensus GGCCAGGCCACGACGCAGACGAGAUCGCUCCGAA_______UGGCCAGCGGCUGCCGCAGCUGCCACGUCGCCACUGCCCAAACUGAUGCUGUCGUGCUGCAGCAGCUCGGCCUCCA ((((....(((((((((((((....))))............(((.(((((((.((............)).))))))).)))......))).))))))..((....))..)))).... (-30.58 = -31.05 + 0.47)
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