Locus 3058

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 8,842,980 – 8,843,073
Length 93
Max. P 0.919124
window4771

overview

Window 1

Location 8,842,980 – 8,843,073
Length 93
Sequences 6
Columns 100
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 79.70
Mean single sequence MFE -23.15
Consensus MFE -14.56
Energy contribution -15.03
Covariance contribution 0.47
Combinations/Pair 1.17
Mean z-score -2.32
Structure conservation index 0.63
SVM decision value 1.13
SVM RNA-class probability 0.919124
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 8842980 93 - 23771897
UGCAUUGUG--UAACGACAAUAUACUUUGCGUGUAAUGUGUUGCAUGUUAGUAGCUUUUAAUUAUAUGUUGAUUAUGUUUC-C-GAGCAAUAUCAGC---
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>DroVir_CAF1 123366 97 - 1
UGUAUUGU-UCGGACUACAAGAUACUUUGCGUGUAAUUUGUUGCAUGUUAGUAGCUUUUAAUUAUAUGCUGAUUAUGUUUU-G-GGGCACAAACAACAAC
....((((-(.(..(..(((((((....((((((((((.(((((......)))))....))))))))))......))))))-)-..)..).))))).... ( -24.40)
>DroGri_CAF1 106808 98 - 1
UGUAUUGUGUAAGACUACCAGAUACUUUGCGUGUAAUUUGUUGCAUGUUAGUAGCUUUUAAUUAUAUGCUGAUUAUGUUUU-G-CGGCACAAUCAACAAC
.(((((..(((....)))..)))))...((((((((((.(((((......)))))....))))))))))(((((.(((...-.-..))).)))))..... ( -22.60)
>DroWil_CAF1 135248 94 - 1
UGUAUUGUG--UAACUACAAGAUACUUUGCGUGUAAUUUGUUGCAUGUUAGUAGCUUUUAAUUAUAUGCUGAUUAUGUUUUCG-GGGCAAUAUCAAC---
.(((((((.--(....(((.(((.....((((((((((.(((((......)))))....))))))))))..))).))).....-).)))))))....--- ( -22.30)
>DroMoj_CAF1 124831 83 - 1
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-----((--(((((....((((......((((((((((....(((.......)))....)))))))))).......)))).-)))))))---------.. ( -22.42)
>DroAna_CAF1 104242 96 - 1
AGCAUUGUG--UAACUACAAUAUAGUUGGCGUGUAAUUUGUUGCAUGUUAGUGGCUUUUAAUUAUAUGUUGAUUAUGCUAC-G-GAGCAAUAUCAGGCAC
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>consensus
UGUAUUGUG__UAACUACAAGAUACUUUGCGUGUAAUUUGUUGCAUGUUAGUAGCUUUUAAUUAUAUGCUGAUUAUGUUUU_G_GGGCAAUAUCAAC_AC
............................((((((((((.(((((......)))))....))))))))))((((..((((......))))..))))..... (-14.56 = -15.03 +   0.47)

alignment

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secondary structure

Postscript

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