Locus 3047

Sequence ID	3L_DroMel_CAF1
Location	8,763,069 – 8,763,161
Length	92
Max. P	0.978326

overview

Window 8

Location	8,763,069 – 8,763,161
Length	92
Sequences	6
Columns	99
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	78.10
Mean single sequence MFE	-38.07
Consensus MFE	-22.08
Energy contribution	-21.94
Covariance contribution	-0.14
Combinations/Pair	1.33
Mean z-score	-2.41
Structure conservation index	0.58
SVM decision value	1.45
SVM RNA-class probability	0.954890
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 8763069 92 + 23771897
CCCCCGCCGCCUCCCCCGCUGGGUGGAGCCAUUG---CCCCACCGCCAAUGAUGCCUCCAAGCUUGGCACCACCACCCAUGUACGGAUAUGGCGG----
...((((((..(((...(((((((((...(((((---(......).))))).((((.........))))...))))))).))..)))..))))))---- ( -36.10)
>DroGri_CAF1 33580 99 + 1
CCGCCACCACCACCACCCUUUGGUGGUGGCAUGGUGUUGCCACCGCCCAUGAUGCCACCCUGUCUGGCACCGCCGCCCAUGUUCAGCUACGGCGGCUAC
..((((((((((........))))))))))..((((....))))......(.(((((.......))))).)((((((...(.....)...))))))... ( -43.70)
>DroEre_CAF1 30215 92 + 1
CCCCCGCCGCCACCCCCGUUGGGUGGAGCCAUUG---CCCCACCGCCCAUGAUGCCGCCCAGCCUGGCGCCUCCACCCAUGUACGGAUAUGGCGG----
......((((((...(((((((((((((.(((.(---(......))..)))....((((......)))).)))))))))...))))...))))))---- ( -38.30)
>DroYak_CAF1 30429 92 + 1
CCACCGCCGCCACCCCCACUGGGUGGAGCCAUUG---CCCCACCGCCCAUGAUGCCACCCAGCCUGGCACCUCCACCCAUGUACGGCUAUGGCGG----
......((((((.((..(((((((((((.(((.(---(......))..))).(((((.......))))).))))))))).))..))...))))))---- ( -35.80)
>DroMoj_CAF1 35065 99 + 1
CCGCCACCACCGCCGCCACUGGGCGGAGGCAUGGUGAUGCCGCCGCCCAUGAUGCCGCCCUGCCUGAUGCCGCCGCCCAUGUUCAGCUAUGCGGGCUAC
..(((..((..((.(..(((((((((.(((((((((..((.((..........)).))..))))..))))).))))))).)).).))..))..)))... ( -38.40)
>DroAna_CAF1 28963 92 + 1
CCCCCACCGCCACCACCACUGGGCGGUGUCAUAG---CCCCACCGCCCAUGAUGCCACCCAGUCUGGCACCACCGCCCAUGUUCAGUUACGGCGG----
......(((((......((((((.((((((((.(---(......))..)))))))).))))))..(((......))).............)))))---- ( -36.10)
>consensus
CCCCCACCGCCACCCCCACUGGGUGGAGCCAUUG___CCCCACCGCCCAUGAUGCCACCCAGCCUGGCACCACCACCCAUGUACAGCUAUGGCGG____
......(((((........(((((((((.(((................))).(((((.......))))).))))))))).((......))))))).... (-22.08 = -21.94 +  -0.14)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 9

Location	8,763,069 – 8,763,161
Length	92
Sequences	6
Columns	99
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	78.10
Mean single sequence MFE	-48.70
Consensus MFE	-30.43
Energy contribution	-30.35
Covariance contribution	-0.08
Combinations/Pair	1.46
Mean z-score	-2.63
Structure conservation index	0.62
SVM decision value	1.81
SVM RNA-class probability	0.978326
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 8763069 92 - 23771897
----CCGCCAUAUCCGUACAUGGGUGGUGGUGCCAAGCUUGGAGGCAUCAUUGGCGGUGGGG---CAAUGGCUCCACCCAGCGGGGGAGGCGGCGGGGG
----(((((...(((((.....(.((((((((((.........)))))))))).)(((((((---(....))))))))..)))))...)))))...... ( -44.80)
>DroGri_CAF1 33580 99 - 1
GUAGCCGCCGUAGCUGAACAUGGGCGGCGGUGCCAGACAGGGUGGCAUCAUGGGCGGUGGCAACACCAUGCCACCACCAAAGGGUGGUGGUGGUGGCGG
((.((((((((.((((........))))(((((((.......)))))))....))))))))..((((..(((((((((....))))))))))))))).. ( -54.40)
>DroEre_CAF1 30215 92 - 1
----CCGCCAUAUCCGUACAUGGGUGGAGGCGCCAGGCUGGGCGGCAUCAUGGGCGGUGGGG---CAAUGGCUCCACCCAACGGGGGUGGCGGCGGGGG
----(((((((..((((...(((((((((.((((......))).((..(((.....)))..)---)...).)))))))))))))..)))))))...... ( -48.50)
>DroYak_CAF1 30429 92 - 1
----CCGCCAUAGCCGUACAUGGGUGGAGGUGCCAGGCUGGGUGGCAUCAUGGGCGGUGGGG---CAAUGGCUCCACCCAGUGGGGGUGGCGGCGGUGG
----(((((.((.((.(((.(((((((((.((((..((((.(((....)))...))))..))---))....)))))))))))).)).))..)))))... ( -47.40)
>DroMoj_CAF1 35065 99 - 1
GUAGCCCGCAUAGCUGAACAUGGGCGGCGGCAUCAGGCAGGGCGGCAUCAUGGGCGGCGGCAUCACCAUGCCUCCGCCCAGUGGCGGCGGUGGUGGCGG
.....((((...((((..(((((((.((.((.....))...)).)).)))))..))))..(((((((..(((.((((...)))).)))))))))))))) ( -47.60)
>DroAna_CAF1 28963 92 - 1
----CCGCCGUAACUGAACAUGGGCGGUGGUGCCAGACUGGGUGGCAUCAUGGGCGGUGGGG---CUAUGACACCGCCCAGUGGUGGUGGCGGUGGGGG
----(((((((.((((.((.(((((((((.(((((.......)))))((((((.(.....).---)))))))))))))))))..)))).)))))))... ( -49.50)
>consensus
____CCGCCAUAGCCGAACAUGGGCGGAGGUGCCAGGCUGGGUGGCAUCAUGGGCGGUGGGG___CAAUGGCUCCACCCAGUGGGGGUGGCGGCGGGGG
....(((((((.((((....(((((((.(.((((......)))).)..(((((............)))))...))))))).)))).)))))))...... (-30.43 = -30.35 +  -0.08)

alignment

secondary structure

dotplot

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