Locus 3033

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 8,705,971 – 8,706,061
Length 90
Max. P 0.500000
window4742

overview

Window 2

Location 8,705,971 – 8,706,061
Length 90
Sequences 6
Columns 96
Reading direction forward
Mean pairwise identity 82.39
Mean single sequence MFE -41.85
Consensus MFE -29.84
Energy contribution -30.73
Covariance contribution 0.89
Combinations/Pair 1.24
Mean z-score -1.33
Structure conservation index 0.71
SVM decision value -0.07
SVM RNA-class probability 0.500000
Prediction OTHER

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 8705971 90 + 23771897
CCUGCUGCGUCGCCCUGGCUGUGGCCAAUCGCCCCAACUACGGCGGAUC------CGGAUACGGAGCCAGCUACGGCGAUGUGGUUAAGGCCGCUG
(((((..(((((((.(((((..(((...(((((........))))).((------((....)))))))))))).)))))))..))..)))...... ( -42.50)
>DroPse_CAF1 11670 84 + 1
CCUGCUACAUCUCGGCCAUUGCGGCCCACAGGCCCAGCUACCG---CUC------CGGUUCCGGC---GGCUACGUGGAUGUGGUCAGGGCCGCCG
((((((((((((.((((..((.((((....))))))(((((((---...------))))...)))---))))....)))))))).))))....... ( -35.80)
>DroSec_CAF1 11543 90 + 1
CCUGCUGCGUCGCCCUGGCUGUGGCCAAUCGCCCCCACUACGGCGGAUC------CGGAUACGGAGCCAGCUACGGCGAUGUGGUUAAGGCCGCUG
(((((..(((((((.(((((..(((...(((((........))))).((------((....)))))))))))).)))))))..))..)))...... ( -42.50)
>DroSim_CAF1 12359 90 + 1
CCUGCUGCGUCGCCCUGGCUGUGGCCAAUCGCCCCAACUACGGCGGAUC------CGGAUACGGAGCCAGCUACGGCGAUGUGGUUAAGGCCGCUG
(((((..(((((((.(((((..(((...(((((........))))).((------((....)))))))))))).)))))))..))..)))...... ( -42.50)
>DroEre_CAF1 11434 96 + 1
CCUGCUGCGUCGCCCUGGCCGUGGCCAAUCGUCCGCACUACGGCGGAUCCGGAUCCGGAUACGGCGCCAGCUACGGCGAUGUGGUCAAGGCCGCCG
(((((..(((((((.((((.(..(((.....(((((......)))))((((....))))...)))..).)))).)))))))..))..)))...... ( -45.40)
>DroYak_CAF1 11604 90 + 1
CCUGCUGCGUCGCCCUGGCCGUGGCCAAUCGUCCGCAAUACGGCGGAUC------CGGAUACGGCGCCAGCUACGGCGAUGUGGUCAAGGCUGCCG
(((((..(((((((.((((..((((.....((((((......))))))(------((....))).)))))))).)))))))..))..)))...... ( -42.40)
>consensus
CCUGCUGCGUCGCCCUGGCUGUGGCCAAUCGCCCCAACUACGGCGGAUC______CGGAUACGGAGCCAGCUACGGCGAUGUGGUCAAGGCCGCCG
((((((((((((((.((((..((((...(((((........))))).........((....))..)))))))).)))))))))))..)))...... (-29.84 = -30.73 +   0.89)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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