Locus 3006

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 8,651,900 – 8,652,017
Length 117
Max. P 0.617228
window4690

overview

Window 0

Location 8,651,900 – 8,652,017
Length 117
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 88.47
Mean single sequence MFE -40.80
Consensus MFE -33.91
Energy contribution -34.00
Covariance contribution 0.09
Combinations/Pair 1.12
Mean z-score -1.81
Structure conservation index 0.83
SVM decision value 0.17
SVM RNA-class probability 0.617228
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 8651900 117 + 23771897
CCUACCUCUUUGGU---AUCCAGCAGACGGCCAGCGGUUACUUUCUGCCCAAUGGCAUGCAGGUGAUCCCCACCAAGCUGCCCAACGGUAGCAUUGCCCUCGUGUUGCCCCAGAGCCUGC
.......((((((.---...(((((((.(((....((((((((.(((((....)))).).))))))))........((((((....))))))...))).)).)))))..))))))..... ( -38.60)
>DroPse_CAF1 42358 118 + 1
--CAUCUGUUCGGACAGAUCCAGCAGACGGCCAACGGAUAUUUUCUGCCCAAUGGCAUGCAGGUGAUCCCCACCAAGCUGCCCAACGGCAGCAUUGCCCUCGUCCUGCCCCAGAGCCUGU
--.....(((((((....))).(((((((((((.((((.....)))).....))))..(((((((.....))))..((((((....))))))..)))...))).))))....)))).... ( -40.70)
>DroSec_CAF1 39812 117 + 1
CCUACCUCUUUGGU---AUCCAGCAGACGGCCAGCGGUUACUUUCUGCCCAAUGGCAUGCAGGUGAUCCCCACCAAGCUGCCCAACGGCAGCAUUGCCCUCGUGUUGCCCCAGAGCCUGC
.......((((((.---...(((((((.(((....((((((((.(((((....)))).).))))))))........((((((....))))))...))).)).)))))..))))))..... ( -40.60)
>DroEre_CAF1 41269 120 + 1
CCUACCUCUUUGGCCAAAUCCAGCAGACGGCCAGCGGCUACUUCCUGCCCAAUGGCAUGCAGGUGAUCCCCACCAAGCUGCCCAACGGCAGCAUUGCCCUCGUGCUGCCCCAGAGUCUGC
..........(((......)))((((((((.(((((((........)))....((((....((((.....))))..((((((....))))))..)))).....)))).))....)))))) ( -43.80)
>DroAna_CAF1 37914 120 + 1
GCUACCUCUUCGGACAGAUCCAGCAGACAGCCGGAGGCUACUUCUUACCCAACGGCAUGCAGGUGAUCCCCACCAAGCUGCCCAACGGAAGCAUCGCCCUGGUGCUGCCCCAGAGUCUGC
((...((((..(((....))).((((...(((((.(((.....(((.((....((((.((.((((.....))))..))))))....)))))....)))))))).))))...))))...)) ( -40.40)
>DroPer_CAF1 42987 118 + 1
--CAUCUGUUCGGACAGAUCCAGCAGACGGCCAACGGAUAUUUUCUGCCCAAUGGCAUGCAGGUGAUCCCCACCAAGCUGCCCAACGGCAGCAUUGCCCUCGUCCUGCCCCAGAGCCUGU
--.....(((((((....))).(((((((((((.((((.....)))).....))))..(((((((.....))))..((((((....))))))..)))...))).))))....)))).... ( -40.70)
>consensus
CCUACCUCUUCGGACAGAUCCAGCAGACGGCCAGCGGAUACUUUCUGCCCAAUGGCAUGCAGGUGAUCCCCACCAAGCUGCCCAACGGCAGCAUUGCCCUCGUGCUGCCCCAGAGCCUGC
.....((((..((......)).(((((((((((..((.((.....)).))..))))..(((((((.....))))..((((((....))))))..)))...))).))))...))))..... (-33.91 = -34.00 +   0.09)

alignment

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secondary structure

Postscript

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