| Sequence ID | 3L_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 857,991 – 858,086 |
| Length | 95 |
| Max. P | 0.833972 |
| Location | 857,991 – 858,086 |
|---|---|
| Length | 95 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 110 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 74.94 |
| Mean single sequence MFE | -39.85 |
| Consensus MFE | -14.61 |
| Energy contribution | -16.03 |
| Covariance contribution | 1.42 |
| Combinations/Pair | 1.25 |
| Mean z-score | -2.34 |
| Structure conservation index | 0.37 |
| SVM decision value | 0.73 |
| SVM RNA-class probability | 0.833972 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 857991 95 - 23771897 ACGUUCAUCCA------CUCC---CGGCUGGCCAGCGUCUUCGGGUACAUACUGGUACUCAGCCGGAUGCAUCAUG---GGGUAGAUGUACCCACC---GUGGUUGAACC ..(((((.(((------(..(---(((((((((((..((....))......)))))...)))))))..........---(((((....)))))...---)))).))))). ( -38.60) >DroVir_CAF1 476 110 - 1 ACGCUCAUCGACAACGGCGCCCUGGGCUUGGCCACCGUCGUCGGACACGUACUGAUACUCCGACUGCGGCAGCACUUGCUGAUAGAAAUAGCCGCCCAUAUAGUUGUACA .............(((((....(((((..(((..((((.((((((...(((....))))))))).))))((((....)))).........))))))))....)))))... ( -37.70) >DroSec_CAF1 1044 95 - 1 GCGUUCAUCCA------CUCC---CGGCUGGCCAGCGUCUUCGGGUACAUACUGGUACUCGGCCGGGUGCAUCAUG---GGGUAGAUGUACCCACC---GUGGUUGAACC ..(((((.(((------(...---.(((.(((....)))..(((((((......))))))))))(((((((((...---.....)))))))))...---)))).))))). ( -42.90) >DroEre_CAF1 1072 95 - 1 ACGUUCAUCGA------CACC---CGGCUGGCCAGCGUCUUCUGGUACAUACUGGUACUCGGCCGGAUGCAUCAUG---GGGUAGAUGUACCCACC---GUGAUUGAACC ..(((((..(.------((.(---(((((((((((......)))))((......))...))))))).)))((((((---(((((....))))..))---)))))))))). ( -34.20) >DroYak_CAF1 1029 95 - 1 ACGUUCAUCCA------CUCC---CGGCUGGCCAGCGUCUUCGGGCACAUACUGGUACUCGGCCGGAUGCAUCAUG---GGGUAGAUGUACCCACC---GUGAUUGAACC ..(((((..((------(..(---(((((((((((.(((....))).....)))))...)))))))..........---(((((....)))))...---)))..))))). ( -38.40) >DroMoj_CAF1 470 110 - 1 GCGGUCAUCAACUACGCCGCCCUGCGGCUGGCCAGCGUCGUCGGGCAAGUAUUGAUAUUCAGACGGCUGCAUAAGUGGCUGGUAGAAACAGCCACCCAUGUAGUUGUACA ..((..(((((.(((...((((.(((((........))))).))))..))))))))..))..((((((((((..(((((((.......)))))))..))))))))))... ( -47.30) >consensus ACGUUCAUCCA______CUCC___CGGCUGGCCAGCGUCUUCGGGCACAUACUGGUACUCGGCCGGAUGCAUCAUG___GGGUAGAUGUACCCACC___GUGGUUGAACC ..(((((.................(((((((((((.(((....))).....)))))...))))))..............(((((....)))))...........))))). (-14.61 = -16.03 + 1.42)
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