Locus 2988

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 8,575,548 – 8,575,698
Length 150
Max. P 0.682950
window4669 window4670

overview

Window 9

Location 8,575,548 – 8,575,658
Length 110
Sequences 6
Columns 118
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 74.93
Mean single sequence MFE -26.34
Consensus MFE -17.82
Energy contribution -18.18
Covariance contribution 0.36
Combinations/Pair 1.05
Mean z-score -1.13
Structure conservation index 0.68
SVM decision value 0.31
SVM RNA-class probability 0.682950
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 8575548 110 - 23771897
GAUGCAGAUUGUUCAAUCUGUAUUCCUGACGGGGCACGCCAGUCAGAGGACCAUCUACCAGAACCUGAAA-AGUG--AAAAGCCAUUAAU-UAGUUUGGA-UCACUUUA---ACCAUG
((((((((((....)))))))))).(((((..((....)).))))).((.........(((...))).((-((((--(....(((.....-.....))).-))))))).---.))... ( -29.90)
>DroVir_CAF1 302 110 - 1
GAUGCAGAUUGUUCAAUCUGUAUUCCUGACGUGGAACACCAGUCAGCGGACCAUCAACCAAAACCUGCAA--UCA--AUAUGU--A-UAUAUAGUU-AAGUUCUAUUUAAUUUACUUU
((((((((((....)))))))))).(((((.(((....)))))))).((((....(((.......((((.--...--...)))--)-......)))-..))))............... ( -20.32)
>DroEre_CAF1 297 111 - 1
GAUGCAGAUUGUUCAAUCUGUAUUCCUGACGGGGCACGCCAGUCAGGGGACCAUCAACCAGAACCUGCAG-AGUG--AUAAGCCAGUAAU-UAGUUUGGAUGCUCUAUA---CACAUU
((((((((((....))))))))))((((((..((....)).))))))(((.((((...(((...)))(((-(.((--((.........))-)).)))))))).)))...---...... ( -32.20)
>DroWil_CAF1 309 102 - 1
GAUGCAGAUUGUUCAAUCUGUAUUCCUGACGGGGAACACCGGUGAGAGGGCCAUCAACCAAAACCUGCGGUAAUG--CAAAAC---AAAU-UAGUAUUC-------AUA---UUUAUU
((((((((((....)))))))))).((.((.((.....)).)).)).((........))......((((....))--))....---....-........-------...---...... ( -21.90)
>DroYak_CAF1 299 113 - 1
GGUGCAGAUUGUUCAAUCUGUAUUCCUGACGGGGCACGCCAGUCAGAGGACCAUCGACCAGCACCUGAAG-AGUGAGAUAAGCCAGUAAU-UAGUUUUGGGGCUCUAUA---CACAUU
((((((((((....)))))...((((((((..((....)).))))).)))..........))))).....-.(((..(((((((..(((.-.....))).)))).))).---)))... ( -31.30)
>DroMoj_CAF1 317 104 - 1
GAUGCAGAUUGUUCAAUCUGUAUUCCUGACGUGGAACACCAGUCAGAGGUCCAUCAACCAAAACCUGUAA--GAA--AUAAAU--A-AAU-UAGUUCAACUGCAAUACAA------UU
((((((((((....)))))))))).(((((.(((....)))))))).(((......)))......((((.--(((--.(((..--.-..)-)).)))...))))......------.. ( -22.40)
>consensus
GAUGCAGAUUGUUCAAUCUGUAUUCCUGACGGGGAACACCAGUCAGAGGACCAUCAACCAAAACCUGCAA_AGUG__AUAAGC__AUAAU_UAGUUUAGAUGCUCUAUA___CACAUU
((((((((((....)))))))))).(((((.((.....)).))))).((........))........................................................... (-17.82 = -18.18 +   0.36)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 0

Location 8,575,581 – 8,575,698
Length 117
Sequences 6
Columns 118
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 84.93
Mean single sequence MFE -39.58
Consensus MFE -33.46
Energy contribution -34.35
Covariance contribution 0.89
Combinations/Pair 1.19
Mean z-score -1.56
Structure conservation index 0.85
SVM decision value 0.13
SVM RNA-class probability 0.599627
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 8575581 117 - 23771897
GUGGGCGCGGUGUAGGGGAACUUGAUGCGGUACUUGGUCAGAUGCAGAUUGUUCAAUCUGUAUUCCUGACGGGGCACGCCAGUCAGAGGACCAUCUACCAGAACCUGAAA-AGUGAAA
..(((.(((...((((....)))).)))((((..(((((.((((((((((....)))))))))).(((((..((....)).)))))..)))))..))))....)))....-....... ( -43.40)
>DroVir_CAF1 336 116 - 1
GUGGGCGCGGUGUAUGGGAACUUGAUGCGGUAUUUGGUCAGAUGCAGAUUGUUCAAUCUGUAUUCCUGACGUGGAACACCAGUCAGCGGACCAUCAACCAAAACCUGCAA--UCAAUA
(..((.(((...((.(....).)).)))(((...(((((.((((((((((....))))))))))((((((.(((....)))))))).))))))...)))....))..)..--...... ( -39.60)
>DroGri_CAF1 354 116 - 1
GUGGCCGCGGUGUAGGGGAACUUAAUGCGGUAUUUGGUCAGAUGCAGAUUGUUCAAUCUGUACUCCUGACGUGGAACACCGGUCAAUGGCCCAUCAACCAAUACCUGCAA--UUUAUG
(((((((((...((((....)))).)))))).....(((((.((((((((....))))))))...)))))......))).(((...(((........)))..))).....--...... ( -35.30)
>DroWil_CAF1 333 118 - 1
GUGGGCGCUGUGUAGGGGAACUUGAUGCGGUACUUGGUCAGAUGCAGAUUGUUCAAUCUGUAUUCCUGACGGGGAACACCGGUGAGAGGGCCAUCAACCAAAACCUGCGGUAAUGCAA
(..((.((....((((....))))..))(((...(((((.((((((((((....)))))))))).((.((.((.....)).)).))..)))))...)))....))..).......... ( -40.10)
>DroAna_CAF1 316 117 - 1
GUGGGCGCGGUGUAGGGGAACUUGAUGCGGUACUUGGUCAGGUGCAGGUUGCUCAGCCUGUAUUCCUGACGGGGCACGCCAGUCAGAGGGCCAUCGACCAGAACCUAUGG-AUCAAAG
(((((.(((...((((....)))).)))(((...(((((.((((((((((....)))))))))).(((((..((....)).)))))..)))))...)))....)))))..-....... ( -45.00)
>DroPer_CAF1 357 116 - 1
GUGGGCGCGGUGAAUGGGAACUUAAUGCGGUAUUUGGUCAGAUGCAGAUUGUUCAAUCUGUAUUCCUGACGUGGAACACCGGUCAAAGGACCAUCAACCAAAACCUAAA--AGAGAAG
.((((...(((..((((...(((....((((.(((.((((((((((((((....)))))))))..)))))...))).))))....)))..))))..)))....))))..--....... ( -34.10)
>consensus
GUGGGCGCGGUGUAGGGGAACUUGAUGCGGUACUUGGUCAGAUGCAGAUUGUUCAAUCUGUAUUCCUGACGGGGAACACCAGUCAGAGGACCAUCAACCAAAACCUGCAA_AUUGAAA
(((((.(((...((((....)))).)))(((...(((((.((((((((((....)))))))))).(((((..((....)).)))))..)))))...)))....))))).......... (-33.46 = -34.35 +   0.89)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 10:46:52 2006