Locus 2984

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 8,562,500 – 8,562,604
Length 104
Max. P 0.980558
window4664

overview

Window 4

Location 8,562,500 – 8,562,604
Length 104
Sequences 6
Columns 107
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 76.99
Mean single sequence MFE -45.80
Consensus MFE -28.89
Energy contribution -29.58
Covariance contribution 0.70
Combinations/Pair 1.42
Mean z-score -2.42
Structure conservation index 0.63
SVM decision value 1.86
SVM RNA-class probability 0.980558
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 8562500 104 - 23771897
AUCUGGACUGAUGUCCAUGGGUUC---AUCACUCUCCUCGGUAACGGGUGAAAGUUGCGCCAGGCGGGCGCGAUCUUCAUCCGACGAGGUGGAGUCUAUGGACGAGA
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>DroVir_CAF1 14266 101 - 1
UUCG---CUGACCUCCGCGGGCUC---AUCGCUUUCCUCGGCCACGGGGGAGAGCUGCGCCAGGCGUGCACGAUCCUCGUCCGAGGAAGUGGAGUCAAUGGAUGAAA
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>DroPse_CAF1 14878 104 - 1
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.....---...(((((((.(((((......((((.(((.(((.((((.(....))))))))))).))))...(.(((((.....))))).)))))).)))))))... ( -48.40)
>DroGri_CAF1 13373 101 - 1
UUCG---CUAGUCUCCAUCGGUUC---GUCGCUUUCCUCGGCCACUGGAGUCAGCUGUGCCAGACGUGCGCGAUCCUCGUCGGAGGAAGUGGAGUCUAUGGAUGAUA
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>DroYak_CAF1 14070 104 - 1
AUCUGGACUGAUAUCCAUGGGUUC---AUCACUCUCCUCGGUAACGGGCGAAAGCUGCGCCAGGCGGGCGCGAUCUUCAUCCGAGGAGGUGGAGUCUAUGGAUGAUA
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>DroMoj_CAF1 13384 101 - 1
CUCG---GUAAUCUCGGAUGGCUC---GUCGCUCUCCUCGACAACGGGCGACAGCUGUGCGAGACGCGCACGGUCUUCAUCCGAGGACGUGGAGUCUAUGGACGAGA
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>consensus
AUCG___CUGAUCUCCAUGGGCUC___AUCGCUCUCCUCGGCAACGGGCGACAGCUGCGCCAGGCGGGCGCGAUCCUCAUCCGAGGAGGUGGAGUCUAUGGAUGAGA
...........(((((((.(((((.....(((.((((((((.....(((....)))(((((.....))))).........)))))))))))))))).)))))))... (-28.89 = -29.58 +   0.70)

alignment

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